GgaINT1006771 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002040 | ARVCF
Description
armadillo repeat gene deleted in velocardiofacial syndrome [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_989796]
Coordinates
chr15:1105312-1113642:-
Coord C1 exon
chr15:1113035-1113642
Coord A exon
chr15:1105812-1113034
Coord C2 exon
chr15:1105312-1105811
Length
7223 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
GGGACCGTTGCTTCTTGCAGGGG
3' ss Score
6.29
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTACCAAGATGGTCAAAACAGTCACCACTAGAACAGTGCGTCAGGTCCCGCTCGGACCCGACGGCCTGCCGTCAATGGATGGTTCATCTCCCATGGGCAGCTACACAGATTCAATAGACAGAAGGTATATGAAGAATGGGGAGCGGTACATCACCCCACAGGCGTCGTCCACGTTAACCAGATCTTACAACAGCTACAATGATTCCTACCCTGACGGCCACGAAGGCCAGTATCGTCCTTATATCAGTCACGATGGTTATGGAGATCTAGCAGACAACTATGGCAGCCTGTCACGTGGCGTCAATTACCGTCCTCGCTACGCCTACGTGCCAGGAAACAGCTACCGGCCTGACGACGGGAGCTTCACGTTGCCAAGCAGAAGGGATAACTATGGTCCTGTTGCCCAGCCTCAGGTACCAGTGGGCAGCAGTGTTGACTTGAACCGCTCTCAGCCAGAACGTTTCCAGCCGGAGCCCTATGGGCTAGAGGATGATAACCGCAGCCTTGGAGTCGATGACGAAGGATATGAACTGGATCCTGATTATTCTACTGTGAACCGAAGGACATCTGCAGGTGTGCCGGAGAGAGGAAGACCTCACAAAGGAAG
Seq A exon
GTAAAAATCCATTTGTTTCTTACAGTGCTTTCTGCAGCTGTTTTGCTCGGTTGAACATTTGAACTCTTAATGGTTTGGTAAGGTCACAATTACTTGGCAGGAAAAAAAATGCAGTGGTTGGATTGTGGTTAATGTAATTGTTAGAATGAAATAAACATCTTAAAATCTCCTAAATGGGAAAACTGAGGGGTGGAAGGAGAAAGGTCTTAGACAAGGGACAAAAAACAAACCCGTTTGGGGTTGCAGTGTACTTGTGATTTTTGGCTAGAGAAATAATGAGCATTTCTTGAAAACAACCGTAGGCAAAACCAGCATGTCCTAAACATTGTGGGAAGAGAAAGCTGACCTACGTGGAGAAGAGGGGAGCTGCCTTACTGTGCTGTGAACAAGGCAGAACGCATCATTTCATTAGCCAATAAATAACTGCAAAATGCACGTGAAATACAAAAGAGAGTGATTCTTGTGCTCCAAATCCCTCTTGGTGTGTTTCTGGACCACTTCATTTAGGCTGAATTTAGCAAGAAAAAGATGATTTCCTGAAAGAGGGATAGGTCTTTTTTTCTTCCTCAAGAAGAAGTGTGACCACACTGCATTTTCCCTGTGCTGTCTCACACTGGCAAGGTGAAAAGAGGTCTTGTAATCTTTGAGGTCTGGTTATGTGCACATCTGCCAAACAGTTTTGAACAGCTGGTTGGTTGCAGATGAGCTGATAGCTGGTGATGAAGGGACGCCTCGTTATGGAGGAGCTGCCTGGTGAGGTGCCTGACAGCCTCAGCTCCTGGGCCTGTGCTTATCGTACGCCCTCAGCTGTGTGACAAGGTTGTGCTGAGCCCCAGTGAAGTACTTCAGCGTTTGTAAGATCAGATTGTTATTTTGTCCTGTCAGCCTAAATAAAGGGGAGATAAGAGCATCTGTCTTGAACTAAATGTAACTGAGGAGACCAATCACAAATTACTTCTGGTTCAGTCCCCTTCTGAAGAGACGTGCTATTTTATGCCCTTAGTTGTGCTGTGCTGTCAGCTCTTGCATTGGAAGTGTGTCTGGGCCTCCTGCACGGGAGGGACGTGGAGGTTGGGAACAGGTTCAGAGGGAGCTCTCCTGCTTGGAGAAGTGATGCTGCTTGTGGTTTCGTTCATCCTTCTGTAGCTCAGTCTCCCTTCATGTTTCTGGAAGTTCATTTCAAAGGGAATCAAGCACCTACACATTTTTATCTATATTTAAAAAAATAATAATTAAAAAAATCAAAATAAAGAAGAGGATGACAAGGCGTATCTGCCAGAACCCTCTTGAGGTCCCCCGGCATCTTTTCCTGGCAGCTCACAACCATTGGGACCGCGTCAGGGTTTTATGGGGCTGAAGTGAATGCCAGTGGGTGCCAGGACACTGATCTGCTTATCAGACTGCTGTTTCTGGTCCTCTGCATCTAAGCAAGGTTTGCAGTTCTAGTTAGAGCAGTCAGGCAGCGCTGCTTGTAAAGTTTTATTAACATTCTTCAAACTACATTCATGATAAGTAATTGAATGCATTCTTAGAACCTGCCCATTTGTATTTTTAAAGTGTACTTTTAAGCATCCCTTTGATTTATTGTTCCTTGCAGTTCGGATAGGACCAGTTTACAATTTTTGTTTTACATTCCTTTTGTTGTGAGTTTTCCATATTTAATATGATCAAGAGGATTTGACAAGCAATTAGCCTGACTGCGGCAGCAAACCTTAGCTTGTGAGAGCGGTAAGATTGCGTGAGGGCCTCTTCAGATGTAGCTGCTTTCTGACATTTCAAAGAAACACTTGAGCAACTCAGTAAACCTCTATTTCAGATCTGCTACTGCCAGAAATAATGATAAGAAATAGTGCTTTGAGCTAGATGAGGGTAATTACTACTTCATTACTTCTCTCTAGTTTTGTTTTTTTTTTGAATGAGGTTATTACTTGAGGAAACGATGAAATGAACGTGGTGAATTGATGGCACCTTTGGTTTCACAGTGTTGGTATGTGTGGGACAGGCCTGGTGCTGCAGCCAGCAGGCCTCTGCCTCGCAGCGCTGTGCAGCACGGGCGCCTCCATCACACAGCTGCGGCGGGCAGAGCCCTCACTGACCTGCAGCACGAGCATTATTCCTTCTTCCTCTTTCCTCTCTGTCTGTCTGTTGTACTCATCTCACCCCCAGCCTCCATTTAAGCTACCTATGTTTCCTTTTTAAATGGGAAGAATCATCATCTCCACGTGCATCTCCAGACCAGACAAGTGCAAATACTGCATCTGTTTGCTCTTCCGTGCACATGGATGGGTTTCCTTCTTGTTTTCTTTTGCACTGAGCCTCTGCTGTAGCAGACATTTTCTCCTGAAAGAGGACGACAAATTATGGTGAGGAAAAGGCATTTGGGTGTATTATATTGATCTTACAGTATTCAAATTTATTTGTGATGGTTTTTACATAGCTTTAATTAGCTTTATGTCCCTTTTTCTTCACTGAGTAGGTTGTTTTCATTAAATAATGGTTATTTTTATTATAGTTTCTAAATATATGTGGCCTTATGGTGTTGCTGGGCTTTTTGTATATAGCTCTTTTCAAAGTGAGGCAGGAATTACTGGGTATTTTTCATTTACAAAAGACATGCCAAGTATTATTTGAATATTTATGATCATTACATTGAACTTAACACAAACAAGCAGGAGAAAATGGCCAGTCATAACTAATCCTTTCTTTAAATCATCTTCTGCTCAACACCAACTCTTCTGCTTTCGTAGCGACTTGTTTGCATGGCTCATCTCTATGGTTTGTACTTGTACTAGCATCCATAGGATTTGTTTTTCCCTAAAAACTAAGGAGCAGCTTTTGCTACTGGGTATTCCAGACCAGGCAGGATGTGAATTTTTAATTGTAATGGAATTAACAGCAAAACAGCTTTCTGCTGCTCAATTTTCTATGGCAGAAGCCTGAGTTAAGAGATTGATGCTACATGTTGCTGGTTATTTCATGATCTAAGCAACTGTCACTGGGAAATGGGCTGGGTTTTAGGTAAAGTAGCTGTAAAATTAGGTCTCTCTTGCTTTGTTATGCAGAGACAGCGTGGAAGATTGGTATCACACATTTCTTATTCATGTTCTACTTCAGTTTGACTAATGTTTGCAGACTTTCCATTGGTGCTTCTGGCCTAAGTCTGCTTGCATCGAGTCTGGCCTCCCAGCAGCATGTAGGCTGGCATCCTTAAAGCTGGGGAAAGGTCTGTCCCCAAAAATCAGCCTCTTTGGTTTAGCAGCAAAATGTGAACGTCGTGCCACAGTGTAGCTAGCACTGGGATGCTGGGCAGTTCAGGGCAGGAGTGTACAGACGTGCCTGAGCAGAATGGAGTGAGGCCAAAATGCAATCAGTTTGAAAGCATTGATTGTTGTTTTCTCAGGCTCCTCTGTAGAGTGAATTTACTTGATATGGGTTAGTTGATGTGGATGCAGACAGCAGAAGACTGATGTGTGGCTGAGTTTTTTGTGGCAGTCTGCAGCCTGGGTCAGCTCATCCATTAGTAGCTGTTAGGTGCTTCCAGACGAGGTGATTTCAAGTGTTTTAACCACACAGCTGCTAACTCAGACTTGCCTGAACAGAGAATTCAGTCCAGCCTTTGAATCCCCTTGCACATCCTCCCATCAGAGAGCAGAGGCTGGCAAAAGCAGGACCTCGTTCTGCAAAGTCTTTGCATCTCCTCTTCGTTGGCACAAAGCTCCCTCCTGAAATCCCGAGCCTTTCTGGTCTTGTATCCTAAGCAGACACCAGCTGCAAGCTGTGATGAGTGTAGCTGTTGTATAATTGATGGGGATTAAATGTGGAAATCCTTCACCTGTTTACTCAAACATGCCTGTGCTGAAGCCACAAGTAAGATGATAAATCCGCAAGCATTTTCCCAGATTTTATCTGTGCTAGGATATGATTTGATCAATTCCCTCAGACAGGTGATTAGTGAGACCTACAGCATCCCAAAATCCCAACTGACATGCTGCAGCAGATGGAAGGCAAGATGCTCGCAGTCAGCAACCCTGGCACACCACCAGTCCAAGAGTGAAGAGCCCGTGGCCTCCTGAGCGTGGTGGGCTGTTCCTGGTGAAGTTCTCATCGCTCCTCCTCCTCCTGTGCCAAGCAGCCTGCCTTTCTGAGAGCGGTCAGCTGGGGTGCAGGAAAAACCTCACTTGGCCCTCCCAGACTGGCTCAGATGATTTCTTCACTGCTTGGTTGTCAACGTGCTTCTGATTTTACTCATTTGCTTTCAGAAATGGGATGTGTTTAACTCCTGATAATACTTGTGTATGGCTTCTTGCCCCTTGCCTGGTGTGCGCTTCTCTGGCCCCAGCTCCTCTGTTAAGGGGGAGGAGATGAGGCTTAGCACAGGACAGAGCATCTCACCAGCACTGGGAGCAGGGATCCCTTAGTGCCAGGTCAGCCCAAGGCTTTGTGTTCGTTCTGCATGCCACTGCTGTGCCAGTTACTTTCTTCTTGGCAGACAGTCTCTGTGGGTAACCTGCTTCCTTCCCCTTGAGGCTGCTGAGCGATGGCAGAGTTGACATTTAGACCTTCTCTTGCGAAGTGCTTCAGGATTTTTTGTCCTTAATTTCAGTGTCAGTTGGGTAGTGGTGGTGTTTTACCCTCTCTACTTGACTGCTGTATTGAGTCATGTGAATCTGAACTGGTATGGTGCTTGCTTCCACCAAGCTTTCCTGTACAGCCCTTAAGTTCATGGGGTTTCTAGATACTTATTCCTGGTGTTGAATGGCCAAGTATCCAGCTGTTTGCTTTGCTGCCTCATAAAGCTGTTGGGTTTGCAGCTTGTGCTTTTACCAGTGGTTGGTGAGCTCTTAACACAGTTTTCGTACAGAGGTATGTGGAACCTGACCTGTGCAGGAATGTTTTAGCCGTAGCGTTTCCTATGTTCATCCTCTCTCTAAAAATGCTGTTTAAAAAAACCTGTTTGAATGTAACTGTCTTGGTGAGCTAAAAAGCTCCCGTTAGAGCTGTGTGCTGGTTCTTAGTGGAGACGTGGCCCTGCGGAGTCAGGCTGAGATGGGCAGGAGAAGAGCTGTGTAAGTGAGCAGTTCGCGGGGGGGTGGAACTGGATGAAAACCTTGTTATTGCTGCTGTAGGAGTTATGTGATGCTCCCTCTGGTCCTGGCAGCATTTAAAGTCCTAATTGTGAAGTTTTACTTTAGCAAATGTAATGGAACCGGAGAGCTTTGTGTGGCACAGGGGAGAACAGCGCAACAGAGTCGGGATCAGCTGTTCAGTTCTGTTTGTAAGGCTCCATATGGCAGTAATGGAAGAGAACTGCATCCCAAGATGATAATTATCTTTGTGTATTGCATGGGTTTGAGGGAGGGAGAACGTTAATTACGCAGGTGTAGCTGGGGCAGTGCATGGTTACTGTGTAGGCAGCTCCGAGGGCTGAGAAGTGCAGAACTGCAGGGTACCGAATCAAGCAGCAGCTGTGCGCAGGGCAGTTATTAATCTGCTACTTTTACACAGTCACTAAGAATTTAATAAGAGGCTGAGCATGAGGAAAGTTTGCTTTTGTTATAGTTTTAATGCTGGTTGGCACAAATTTGCACATGTATAAACAAAGTACAGCTTAGGGGCTTTGTTATTACTTGTGCCCTGTGTACATGCACACAAGTAAATATTTTCAAGTTGTTACTTTCCTCTTGGAATGATGGGGGCAGCTTTGTTCTGCTCTGTCCGGACGTGGTAAATCACTGCAGAGCAAGTAATGAATTACGCATACACAAATAACTGCATCAATACGAGGACTTCTGATGCATTCTGAGCTCTGGATGCTGGCCCATTTTATCCTGCCATTCAGCTCATTGCTTAGAACAGCAGCTAAAGCAACTTGAAGTCACTAGAGGTGCTTTTAACATCAAAAGCATTAATTGTCCAATGCTAAGTTCAGTCTCCGCCTCCGATTGCACTTCTCGGAGTCTGCTTTAATGAGCAGTCCCTTTAGGGGAGCAGTGAGCTCCGTTTTGTTTGAGTTCTAGTGCTCTATATTTCCTTATGCATGACATCCACAACTTCAGTAACGTCAGCCAGTGCTTAAAAGTCTGTACAGATCATTTTGTAGCAATTAAAAGTACATACCTGCAAGTGCAGAAGTAGGAGCTGACATCTGTCCGGGAGGGGCAGGAGGAGGAAGGCCCGGGCTGCTGCTGCTGGTTGGGAGGAAGGCAAATAACTGCTCGCAGCTGGGAGTATGGGAGCTGTGCTGATGTTTGAAACGTGTTGGAAACGATGAGCTGTTCTCAATTCTGTAGGGCTTTTCTAAATAGTAACCTTAATTTTTCTTTTAAATTCTTCCCATCTGTTAGCTTTACTGAGCAGCAAAAGAAGACGTGAACCTAACGTGAGAAGTCAGTTTAACGTATTGTGCAGTGAGAGCAGTGGGACGGCAGGATGAAAATAAGAATTTTCTGGGCTTGAGGTTAAAAGCAATTGAGTGAATGGGAAGTTTGACTCAGATCCGTAGCTGCCATCAGCGTTGCCCCTCAGGCAGGGCTGAGCCTCGAGGCTGGGCCTGGGGGCACGGGATGGGGCAGCCCCTCACTGCCAGCAGTGGTCTCTCTGCTGCCCTCGGTCACACCTAACAGTGAGGAACAAGCAAACTTTTGTCAGGACCGGGTGGTTGCTGTAAGTGAGCTGCAGGCGTCCTCCGCTCCATCTCCCGGCTGTCAGCTTAGGTGTGAGCTCACAGGGAGCGCACCTCACACACGCTGTGTGAGCTCTGAGTCCTAATGGAAGTGCAGTGGATCTCCTCTTACTTCCAGAGCACTGTGCTCTCTTTCTGCCCAGCCTAGAACTCCTTCAATTAGCGTTTTGGTTTGTTGCAGAATTGGTATGTTAACGAAGCTCAGTCTTTCCTACTGAATGTAATCCAGTGCTAACATAATTGCTTTGCTAAGTGACCAAAATGAAAGCAGTCTGTTTGATGTGCAGCTCCTGTCATCGGCTCACTGCCAGCCAAACAAACGCTGTGCTCTAGTCCCATTGCTGCTGAGTGCTCAGCTATGATTAATTTTCAAGTTACTAGAAATAAATTATTTGAAAATGTAAATATGTTGTCCCTGATGATGTTTGCGATATTAAAGGGTTTGATCACAGCTGAAATCTCCATATTGACTTGGAGGCACAGAATGTTTAAATTATATATATTTTTCCTTTCTTTCTCTCGGGACCGTTGCTTCTTGCAG
Seq C2 exon
GGGCTATGATGACCCCATTGAGACAGAGATGGTGGAAGAGAGGATCCCTTACCTCCACGGCAGCTACGCGGCACCGCTGGCACAGCCAGAGCGAGGAAGCATGGCCAGCATCGACCGCCTGGGGAAGCGCTCCCCCTCTATTGACAGCATTCGCAAGGACCCCAGGTGGAGGGACCCTGACCTCCCCGAGGTCATTGCCATGCTCAGCCACCCGATTGACCCGGTCAAGTCTAACGCCGCTGCCTACTTGCAGCACCTGTGCTACGAGAATGATAAAATCAAAAAGGACGTGAGGCACCTTAAGGGGATCCCCATCTTGGTGGGCCTGCTCGATCATCCAAAGCCAGAGGTCCATCGCAAAGCCTGCGGGGCCCTCAGGAACATCTCCTATGGGAAAGATAACGAAAACAAGGTGGCTATAAAGAACTGTGATGGGATCCCTGCTTTGATCAGACTCTTGCGAAAAACAAATGACATGGAAGTCAGAGAGCTAATTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002040:ENSGALT00000003170:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.980 A=NA C2=0.286
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF136461=HEAT_2=PU(97.2=63.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]