GgaINT1011792 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004485 | DOLPP1
Description
dolichyldiphosphatase 1 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001025860]
Coordinates
chr17:5477916-5484226:+
Coord C1 exon
chr17:5477916-5478012
Coord A exon
chr17:5478013-5484125
Coord C2 exon
chr17:5484126-5484226
Length
6113 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAG
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TCTCTTGTTTGTTTCCCTAGGTG
3' ss Score
12.46
Exon sequences
Seq C1 exon
CCGGCCCGGTATCCGGGTAAGATGGCCGCAGTCGGAGAGTGCTCGCTCCCCGCTCCGTGGCGGCCGGTCTCCCTCACTCACGTCGAGTATCCCGCAG
Seq A exon
GTAAAGCTCCGCTTCGCCCCCGCCCGACCTCCCCGGTCCTCGCCGCGTTGCTCCTCCGGGCGGGCCCCGCCCGCCGCTCCACGGTACCTCTGAGGGCCAGGCTGGCGGCTGCCAAATAGTGAGCCATTGAGAGGGCGCCCGGAGGCGGCGGGACGCGCGTGCGCGCTGGGGGACGTTGGAGCTTGCTGCGGGATAGTGAGCCGCGAGGGGGACTCGGCGCATGCGCGCTGTGCGGGGCGCTGTGCCTCAGGGGCTGTGGGGATGGGGCCGTGAGGGGGGGTTGAAGGCGAGGTCCTGTCCTCACAGCGGAGTGAGGGCCCTGGGGCCCGGCCCGCCCTCCCCGCCGCCCCTCGGCGCGGTTGGGTGAAGCCCTGAGGTCCCGGTGGCGGTGGTAAATGCCTGTTCACACAGCAGCTGTCACGGCGGTGGGTGGGTCTGGGGGCTCCTCAGGCGCTTTGCGCTGTGCTGAGGCAGAAAGACCTTTCTTTTGTAATGTTCGTAGGCAGAAAATAAGTTAAAGCAGCACGTGAAGTGTCAGGGCGTTAGTCTTGGCTAATCTTTGGTCTGGTCAAAGTCTGAATGTGGTGCTGGTGTTGCTGGTTTGCCTCACTGTTCCCCAGCTTGCCTTGCAGTGTCCTCGGCCGTGCTTTGTTTCAGCAGCAGGGCTTTGGTTCCTGATGCTGCCCTCAGAAGTGCAGTACTGAGAGCTGCTGAAGCGCTTTGGAGTCCGCTGGGCTGAAAGTGCCGACATAGCTGAGAGTTTTGTGACAGAGCACTGAGAAGCACAGTTCCTGTGCACCCCCCATGGTAGCTGTTGGTAGGGTTTTCCTCAGCATTGTGCATAAAAGATCATCCCTTCCTTTTCTGTATGTTTCCTTCACCCTACGTGTTCTTCTGCTGACCTGCTTCTCAAGCGTGCCACTGTGAAAGCTAAGGAGAAGAGAGGGGAATCTTTCCTCGTAGCACAGATTCGTCTCCATCTTCTCTCTTCACCTGAACCTGGCAGTGCAGTGTCCGGTGTGCTCCTCCATGGGCTGTGTTGGGAAATGAGGGTGGTTGAAATCTGCAGGTTTGACTGTGCAACGGTCACCCCACAGACCTTAAGGAATCATCGTCATAGAATCTGTTGAGCTGGAAGGGACCCTGAATGTGAAAGGGACCCCTGAGGAATGTGGCAGGATGATTCTTTTCTCTCGTCATTGACTGCTTTTTTTACAGGCCTGTGCAGAAGGTGGTTGTGTGAGGCAGATAAATCACCACCAGCTTAGGGCTCTGTGTTACAGGGAAGAGCAGTGTGCTGGGCTTGGGTTAAATAAGTGATTCTGGAAGCCCAGAACCAGGGATAAAGGACTGAAGGATTAAAACGTCTCTAGGTATTAAAGTTTCTTCATCCATGCTGATCTAGAAAAATGCATTGCAATAAGATGGTCAGTCTGATGTTTTGCCTTGGATTCAGGGGAAGTGCTCTAACTTTATTTGGAAAGCTGTTATGTTCTGGCCGTGTAGGGCTTAAGTCCAGATCCATTAAGGCTGCTAGATAATATATTTATAAAATAATGATGAGCAGTATGCTCAGTACAGTGGAATTGATGTAACCTTGTGCTGACAGAGAGGGGTCAGAATGAGAAATAGATCCTGCTTTTACCAACATAAATTATTAAACTCTCTTGGCACGTCACGTACTGTGGTGTGACAAACTCTCTTGCTCTTGGCTGATCCCTGGGGCTACTGGCCTGGCATGCAGCGAGCTGAGCCATGGTGGCAACTGACTCTTCAAATCTCTCGTCTTTAAAGACTTCCAGCACAGAACTGCTGTTGTCCCAGCTTTCGTCTGCAGCCAGTGAGTACCCTTCCACTGTGATCAGCTGAAAATCGGCCTTTGCTGATGTTTGTCTGACAGAGGAAGCCTGTTCTTGGGCTTCTGCTAGTGGCTGTGAAAGGGGCAGGTGCCTTCAGAAGGGTGCCCATCTTTCCTGCCTCCCTCTAGTTTCCTTGTCAGTACAGATACTTCAGATATTTGTATGTGGTGCTTGGGTGGCTGCACAGTCTTTGGGGCTTTCTGCAGTGTCAGCTTGGAGGAACAACAGATAAATGCTCTGCTGGAATTATCTGCAAACGGATGGAGCAATGGCATTTTTGAGAACCTAACTGAAAAATTAGTGATAGAAAACATCAAAATCAAAGCTAGAGAAAAGACTAACAGTGGCAGTGCTACTTGACAATGAATTAAAGCATGCTGCTTGAGAGGATGGTCTTTAAAAACATCCTGCTGTCACTTTTCATAGCAGCAACTGTGCTTTTGTGAGACCAAGGGATCATTTGGCACAGTGTCCAGTCCCTGGCAGGTGGGCAGGAGTAATGCTTCTTCTGTATATCTTCCAGTAATGAGTTGGTGATTGCATCAGGATTGTTATGTCCTTTAATGGGTTCGTAAAAGCTATACTCTGATTTTTGTCTCATTGCTCTTTGAACCCATTTCCACTTTGGATCTCTACAGTAGCACTGGCGCTGAGCTTTGTAATAGCTTAATGTTTTTTCTGCTTTTAAGCCCACTGCTCAGTAATTTCATTGGATGCTCTCTATTTCATGTGCACTGAGATGTAACAAATGCTTACTATTTCTCAGGATCATGCATGAACCAGTCCTATTGCATTATGTTTCCTTTTCACTTGAAAACTGGAGTTCCTTGATACAAGTGGCTGCTGTTCCGTTTCTGTTATCTTGATGCTCTTTCTATTTGCCTTTGCTGTGTTTGCTGTTACAGTACATCAGGAATCGCATAATGCTTTTTTTTTTGTGATTTTTGGATCAGTAACTTCTAGCTCTTAAAATGTTCTCCTTGGTTTTTGGACTGCTCCAGAGCACTGGATGCTGCTCTGAAGGTATTGGCTCATGCTAAGCCAGAGGTGATTTTTAACTGAACTAAATCCCACTGCTGTGCGTGTATAATTAGGGCTGTTTTGTTCCATGTGCATTACTTTGCATGGGATGACTTTGTGTTGCAGACTTAAGACACATCTTCAGGGACTTCCTGCCTGTAGGGTGAGTTTCACTGGAGGAGCAACACAGAGTTCTGGGATTTGTCTTTTTCACACTGGACAAACTCTGAGGAGAGAACCCTGCAGTGGCAAACCCCTTCTCTGCAGGATGGCAGAGAATCCTCCTGTTTTCTCTTAGGTATGTTTGCTGTTGTCGGGCAGAGGTGGAGAGGCAAGTGTGCAGAGCTGGCTGAGAGTCAGCCTGTGATGCTCCTATAAGCACATCTGTTCTGCAGGCCCTTGCCCTGATCTGTCCTGCAGGCTCTTACCCTGCTTTCTGCTTAGGGTGGTAGCTCACCAGCTGGGGCTCATTTCACACCTCAGTATTTCTTTGAAACCCAATGATTTGGTTCCTTCAATGCTGGGTTTTATGTTCAGTCTTTCTGCAGAAGTTTGATGTCTGTGTGCCTCGTGGTGTAAATATTTTTATTGTTCCACAGCTTGTGACAGCAGGATATGTGCAAGTAGAGGAAATGGAAATCAGTCGTGAGTACTTACTGGTGTCAGTGCACATGAAACAAAACACACTGTTTGTCTGTGCAACTTGCACCTAGACCAGCAGCAGTGCCACAAGTAGATGTCTCAATAGGAAGCCGCAGTGGTAAAGCCAGGTCTTGTGGTAGGATGTGGGTAGTGCTGTTGATTCACATTTTTCTGATGTGCAGGTTGAGCTGGTGTGGCAAACCTTGCATGTTTCCCCTGAAAGAATGCTGGGTAAAATGTTGAATTAGAGCAGAAGTAAATGCTGAATGAAGGCGGAAGAAATGATGTACTTCTGAGCTACGAGTGGTGTTTCTTCTGTTCATCCTTTGCATGCCTATAATTGAGGTAGTTAGGTTCTTTATTTTTTCATCTTCCTCCTTAAATGATGCTAAATAAACAACCGCAACAAACAAGAACCCAGACTGTGCATTAAATATATTTTTTTCTCTTGCAGTTTCCAGAGATTTTGGTGCTTCTAATGAGGTGTGTTCTCCGTGGTTGTAGGCATTGCTTTGTATTCTCGAGTTGAAGCAAAATTGAACAACTATTGTTACAGAAGGTAGTGTGGAACCTGCTTGCTCGATCTGACTGGACGTGAAGCTGTCAGCTCTCCTGCGATTCCCTGCTCCCTGGGAAGCGGTCCCTGAGTGTGTTGGAGCGTGAGAGTGAGCAGAAGTGACACAAGTTGTCATTCCCTGGGGCTCTGAGCAGTGCTCAACATGGCCCTGCCCTCCGAGCTCCCTCTGCCTGCGCTTCCAGTCATTTCAGAGCTGGTTCAGTTAGTGTAGCTCTGCCTTAACCTGCTAATCTAGTGAGTGCTTTTATGATGGTGTTAATGAGTTTCTGGTGCAGTTTGCAGGGCACAGCCTTCAGTTAATGCACTGCTATTTTGTCACCTCATCTAGAAAGAGCTGCTTCAGAATGTGATTGATTGATTACTGTTGGTTACAGCGATAGGAAATGCTATGGGTACTGTCTCTGTTCTGTTTTAAAGGGACAGTTAAGTGTTGAGGGGGCTGATTTGTGGTGTTGGGTTCAGGTGGGAAATGTGTGCTGGTGGTTTGATTTATTGGGAATGCTCTATGATAACACTGTGGAGGATCCTCAATATGATGTTACTGGTGCTATTTAAGTTAAAGACAACTTCCTGACGTATTCCTCTGTCTGTGCAGGTAATAAACATCCCCCTGCCCTTCCCCAGAAGACAAATAATTTGGTTTCTGTTGACAAAATAATGTCTTGACTACCATAATACTCATGTACCATGGATTTACAGGGAGTGATCTGAAATACAGTGATTCCTCAGTGAGGAACTAACCCTTATTGACAACACTGGAGCTGAGGCTTCTGGAAAGTGTTCCTAAAGCTTTCAGTTTGGGTTGCCTGGTAGCTAATCTCATGAATTTCTTCTTCATTTAAGGTCAGTTCGTAGAGTATAACTTATATGAAGCCGTAAGGGGCATGATGCTCTGTTGTTGG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Seq C2 exon
GTGATTTCTCTGGTCAGCTTTTAGCTTATTTGAGTCTTGGTCCAATATTCATTATTGTTGGCTTTGTAACGCTCATCATATTCAAGAGAGAGCTTCACACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004485:ENSGALT00000007143:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.067 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0156916=PAP2=PU(0.8=2.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]