HsaINT0000737 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000154265 | ABCA5
Description
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:35]
Coordinates
chr17:67240576-67244458:-
Coord C1 exon
chr17:67244403-67244458
Coord A exon
chr17:67243786-67244402
Coord C2 exon
chr17:67240576-67243785
Length
617 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTA
5' ss Score
7.64
3' ss Seq
ATTTATTTCTTTTCACCTAGGTT
3' ss Score
8.61
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAAACATGCTTTTGCCATTGAAGAATATAGCTTTTCTCAAGCAACATTGGAACAG
Seq A exon
GTACTATAAAGTTAAATTTTTAAAAATTATTTTATAGAAGAAAGTATCTGATATCGATTGTTTTGGTTTATATTAGAGAGGGAGAGATATCGTAAACCAGTGACAAATTGGTACAGAATGATCTTAAACTTGGTATAATTTTAATCAACCTTAGGTTCTTCACTTACTAATTTTTTAAATTTTATTTTTTAAATTGATATTATTTTAAATTGACAAATCACACTGTTTATTGGGTACAGTGATGTTTTGATACATGTGTGCAATATGGAATGCTTAAATCAAGCTAACTTTCATTTGCTGATTTTGAATATCTGTTTTTTTCATTTTGTAAAGAAAGTGAGTCATGATGGTGGTGTTTCACATTAGTGTATTTGAAATTACATTGTTTAAGTAGTTATGAATTATTTTTTAAAAAACATATCTATTAATCTAAAATAGTATTCATCTTTGCATGTAACTTTTGAAAATAATCTGTTTGAATAATGTTAATGTTAATAAATCTCTTGATACTTGTTGATATAACTAGATATAGCCTTGTACCATTTCTGATTTAGTTAAAAGTTCTTTGAGGTACTTGAGATACAGCATACTGTATTCATTTATTTCTTTTCACCTAG
Seq C2 exon
GTTTTTGTAGAACTCACTAAAGAACAAGAGGAGGAAGATAATAGTTGTGGAACTTTAAACAGCACACTTTGGTGGGAACGAACACAAGAAGATAGAGTAGTATTTTGAATTTGTATTGTTCGGTCTGCTTACTGGGACTTCTTTCTTTTTCACTTAATTTTAACTTTGGTTTAAAAAGTTTTTTATTGGAATGGTAACTGGAGAACCAAGAACGCACTTGAAATTTTTCTAAGCTCCTTAATTGAAATGCTGTGGTTGTGTGTTTTGCTTTTCTTTAAATAAAACGTATGTATAATTAAGTGAAGCTGCATGTTTGTATTGAAGTATATTGAACTATATAGTTTGTATGTCATCTTTTTCACCATTCAGAAACAGTGCTTCTGAATTTGTGATTTAAAGGAATTGTAATAGAATAGTTTTATTTTTAAGTTATCTTTAAGTTTATGCCATCTTCTTAAATAAGTACGTAATGTTCCAATCTAAATAAAAAACTAATTCATAACTAATGCATAGAAAAGATACATAAAGCAATGTGAAAGTTTCTTGCTTCTCCTTTTTAATTTCTAAAAAAGCCACTTTGAATGGAAGTTGTCATCCGTAAAAGCTGAAGTGTAAGCACTAGGAAATCTCAATATAGAGATTTGAGGAAAGTTATATCCACTAGGTGGCAGTCATTGATCATAATAAGTGAAATGAGCCCTTGTTCTAGTACATGATTTTAGGCTTAGGTAATTAGGTATGTGAAATTACATTTCTTTAATTTAAAGTAAAATTCAGAAGGTTTTAGTTATTATAATTAAAGGAAGACTGTGTGTAGAATCTTACGTAATAGTCTGATTCTTTGACTCTGTGGCTAGAATGACAGTTATCTATGGAGGTGGTAGAATTAAGCCATACCTTTTCCTTCATCACTCTTGGAACATATAAATTTTTTGTCATCTTCCTTGCAAAGGGCACATTTAATTTTGTTCTTGAATAAAATATTTTATTGGGTATTTGTTTTTATTGGTAAACTTTAGTGAATCTCTTCTATAAAATTGTAAGTAGATCAGTGTGTAGATTTATTTAGTAACTTACCTCATTGACTTTGGAACATGGTAGGATATGAATAAACTCTTTCAAGGGTTAAATTAAGAATTGTAAGTGCAGTGCGCCTATTTCTTTTTAATAAGAACCAGAATTTCATTTTTGATAGAGTTAAAGGCATGGCTAATATTTTCTTAGAAATACTTCCTTGTACAACCCATGTATTGGCTCAAGGTATAAAATAGTGTAAATAATGCTAGTTGACATTACATTTCAACCAAATGAAAGTATTAACTTCATAAAACAAATATATTGAGAGTGTGATTATTGTATTAGACAACAACAACAGCAATGACAGAAGGATTTGGTACTGAATTACTTTAAATAAGCAAAACCTTTCAGTGGCATTATTCATTCTTTAATGTAGGCAAAATTTAATGAACTTTTAGCTTTATTGTGTAATAAGACATCTGTGATTTTAGGCTCTAGCAGTGGATTTAAAAGTGTTCTTTCTCGGTACAAAGTACGTGGCTGATATTTTCCCCCATTGCTGGGGGCAGTTGCTATACACTTTCCTAAAGTATATATAATGTTCACATAAATACCCAGGGACCTCTTTTTTGGGATGTGCTTTTGTAATTATGTGTAACCTTGAATACTTAAGTTTAGTAAAAGCAACAAAATTATATCTATAGTTTACTAAGGCAGTCACGAAAAAGCATAGTTTTTTTTAGAACCTGACCATCCTAAGAAAGTTATGTCATCTGAAGATAGAGCATGACTAATGAAGAAAATTACCTGCTTTTGCACGTAGATTTGGTAACTTTCACTTTACATTTGTGAATGTGTAATTGGTGCAAAGTAAATTTTTTTTCCTGCAAAGTGAAAGTTGAGTAGTCACAATCATGTTATTTATTTTGTTCATTTAGTTACTTTGCTTTTAATGTATATGAATACATGCTCTTGTAAACAATTTTAAAAGACATTCAAATTTTTTTTTAGTTTTTATATACTCAGAATATATTTTGGTTGTTAAATTAAATTATGTTCCCTTTTTCACAGTAACAAAATCTGACTCAGGAGAAATATAACTTAATTCTTAGGAAAACAAGGGTAAGTGAGCTGGAAAGCAAAGGAGGCAAAAAGTGAAATATATTTATTTACAGTGTACAGTTCATGTTTATGAACATACTAATTTTAAAATGTCTTAAATTACTGATCTCAAAACTTTTTTCTATGTCAGTACAGATAAATAAATAAATATACATATTAGGCAAAAGCAACATCACCAACCTTATATTTCCCATTCATGGTCAAATTTTCAAAGGAAAGTAAAAGCTGAGCTTTACTGAGTGAGTGTTTACTGACTAATAAGGCAAGAAAAAACATGATGAGTGTACTTTACATCTTACTTTTGTGGGCTCTTAATTTTTTTCTCTAGTTTGTTTTCAGTAAAGACAGTGGGTTTTCTTTAAAATAATTTTTTTCTTTTAAATTTGCACAAATTATCTTAGGTCAGTATTTTGGTTTTAATCATTAAAACATTTTTAGAGTAATGTAATTTAACAAATATTTTAAGTGATTATGTTTCCAGAAATGGATTCTTTGGAGAGAACTCGGATGACTATCAGTTTTGGCCCTGTAAGATCGTGGAGATCTGTAAGATAGATACTTATATAACTTACATAAAATATATATAATATATTACTTATATAACTTATATAACTAGCTATTATTTTATATAACTAACTATAATATGACAAATCCTTTGCTAGTAGTACTAACAACGTTTTATAGGAGCACAATTAATTTTACTTAGGATAAGTGTTGTTATTATTGTTTTTATTGTTGTTCTGTTAGTTACTCAAAACTTCATTCTAATTGTGCCCTGAGTTTGTTAAAATACCATACTGTATTTTTGTGTAACATGTAAATAGGCATTAATTTTTGAGAAATAGAAATGTTTATCCTTAATGTATTTTTAATTTGCTAACATTGATTTTTTATTTTCTTTCCTGAAATAGCTTATTTCCTAAAATGAAAGAATTTATTCTCAGATGAATAATTTTTATATCAGCTATTCTTATCAGGTAAAAGTTTAATTATTTTTTATTTATAATATATGTAAGCAATTCTCAATGCTGCTCTTTAAGAAAAATAAATATGATTATATTAATAATAAGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154265-ABCA5:NM_018672:37
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TTCTCAAGCAACATTGGAACAG
R:
TCAATACAAACATGCAGCTTCACT
Band lengths:
344-961
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)