HsaINT0000737 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000154265 | ABCA5
Description
ATP binding cassette subfamily A member 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:35]
Coordinates
chr17:69244311-69248317:-
Coord C1 exon
chr17:69248262-69248317
Coord A exon
chr17:69247645-69248261
Coord C2 exon
chr17:69244311-69247644
Length
617 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTA
5' ss Score
7.64
3' ss Seq
ATTTATTTCTTTTCACCTAGGTT
3' ss Score
8.61
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAAACATGCTTTTGCCATTGAAGAATATAGCTTTTCTCAAGCAACATTGGAACAG
Seq A exon
GTACTATAAAGTTAAATTTTTAAAAATTATTTTATAGAAGAAAGTATCTGATATCGATTGTTTTGGTTTATATTAGAGAGGGAGAGATATCGTAAACCAGTGACAAATTGGTACAGAATGATCTTAAACTTGGTATAATTTTAATCAACCTTAGGTTCTTCACTTACTAATTTTTTAAATTTTATTTTTTAAATTGATATTATTTTAAATTGACAAATCACACTGTTTATTGGGTACAGTGATGTTTTGATACATGTGTGCAATATGGAATGCTTAAATCAAGCTAACTTTCATTTGCTGATTTTGAATATCTGTTTTTTTCATTTTGTAAAGAAAGTGAGTCATGATGGTGGTGTTTCACATTAGTGTATTTGAAATTACATTGTTTAAGTAGTTATGAATTATTTTTTAAAAAACATATCTATTAATCTAAAATAGTATTCATCTTTGCATGTAACTTTTGAAAATAATCTGTTTGAATAATGTTAATGTTAATAAATCTCTTGATACTTGTTGATATAACTAGATATAGCCTTGTACCATTTCTGATTTAGTTAAAAGTTCTTTGAGGTACTTGAGATACAGCATACTGTATTCATTTATTTCTTTTCACCTAG
Seq C2 exon
GTTTTTGTAGAACTCACTAAAGAACAAGAGGAGGAAGATAATAGTTGTGGAACTTTAAACAGCACACTTTGGTGGGAACGAACACAAGAAGATAGAGTAGTATTTTGAATTTGTATTGTTCGGTCTGCTTACTGGGACTTCTTTCTTTTTCACTTAATTTTAACTTTGGTTTAAAAAGTTTTTTATTGGAATGGTAACTGGAGAACCAAGAACGCACTTGAAATTTTTCTAAGCTCCTTAATTGAAATGCTGTGGTTGTGTGTTTTGCTTTTCTTTAAATAAAACGTATGTATAATTAAGTGAAGCTGCATGTTTGTATTGAAGTATATTGAACTATATAGTTTGTATGTCATCTTTTTCACCATTCAGAAACAGTGCTTCTGAATTTGTGATTTAAAGGAATTGTAATAGAATAGTTTTATTTTTAAGTTATCTTTAAGTTTATGCCATCTTCTTAAATAAGTACGTAATGTTCCAATCTAAATAAAAAACTAATTCATAACTAATGCATAGAAAAGATACATAAAGCAATGTGAAAGTTTCTTGCTTCTCCTTTTTAATTTCTAAAAAAGCCACTTTGAATGGAAGTTGTCATCCGTAAAAGCTGAAGTGTAAGCACTAGGAAATCTCAATATAGAGATTTGAGGAAAGTTATATCCACTAGGTGGCAGTCATTGATCATAATAAGTGAAATGAGCCCTTGTTCTAGTACATGATTTTAGGCTTAGGTAATTAGGTATGTGAAATTACATTTCTTTAATTTAAAGTAAAATTCAGAAGGTTTTAGTTATTATAATTAAAGGAAGACTGTGTGTAGAATCTTACGTAATAGTCTGATTCTTTGACTCTGTGGCTAGAATGACAGTTATCTATGGAGGTGGTAGAATTAAGCCATACCTTTTCCTTCATCACTCTTGGAACATATAAATTTTTTGTCATCTTCCTTGCAAAGGGCACATTTAATTTTGTTCTTGAATAAAATATTTTATTGGGTATTTGTTTTTATTGGTAAACTTTAGTGAATCTCTTCTATAAAATTGTAAGTAGATCAGTGTGTAGATTTATTTAGTAACTTACCTCATTGACTTTGGAACATGGTAGGATATGAATAAACTCTTTCAAGGGTTAAATTAAGAATTGTAAGTGCAGTGCGCCTATTTCTTTTTAATAAGAACCAGAATTTCATTTTTGATAGAGTTAAAGGCATGGCTAATATTTTCTTAGAAATACTTCCTTGTACAACCCATGTATTGGCTCAAGGTATAAAATAGTGTAAATAATGCTAGTTGACATTACATTTCAACCAAATGAAAGTATTAACTTCATAAAACAAATATATTGAGAGTGTGATTATTGTATTAGACAACAACAACAGCAATGACAGAAGGATTTGGTACTGAATTACTTTAAATAAGCAAAACCTTTCAGTGGCATTATTCATTCTTTAATGTAGGCAAAATTTAATGAACTTTTAGCTTTATTGTGTAATAAGACATCTGTGATTTTAGGCTCTAGCAGTGGATTTAAAAGTGTTCTTTCTCGGTACAAAGTACGTGGCTGATATTTTCCCCCATTGCTGGGGGCAGTTGCTATACACTTTCCTAAAGTATATATAATGTTCACATAAATACCCAGGGACCTCTTTTTTGGGATGTGCTTTTGTAATTATGTGTAACCTTGAATACTTAAGTTTAGTAAAAGCAACAAAATTATATCTATAGTTTACTAAGGCAGTCACGAAAAAGCATAGTTTTTTTTAGAACCTGACCATCCTAAGAAAGTTATGTCATCTGAAGATAGAGCATGACTAATGAAGAAAATTACCTGCTTTTGCACGTAGATTTGGTAACTTTCACTTTACATTTGTGAATGTGTAATTGGTGCAAAGTAAATTTTTTTTCCTGCAAAGTGAAAGTTGAGTAGTCACAATCATGTTATTTATTTTGTTCATTTAGTTACTTTGCTTTTAATGTATATGAATACATGCTCTTGTAAACAATTTTAAAAGACATTCAAATTTTTTTTTAGTTTTTATATACTCAGAATATATTTTGGTTGTTAAATTAAATTATGTTCCCTTTTTCACAGTAACAAAATCTGACTCAGGAGAAATATAACTTAATTCTTAGGAAAACAAGGGTAAGTGAGCTGGAAAGCAAAGGAGGCAAAAAGTGAAATATATTTATTTACAGTGTACAGTTCATGTTTATGAACATACTAATTTTAAAATGTCTTAAATTACTGATCTCAAAACTTTTTTCTATGTCAGTACAGATAAATAAATAAATATACATATTAGGCAAAAGCAACATCACCAACCTTATATTTCCCATTCATGGTCAAATTTTCAAAGGAAAGTAAAAGCTGAGCTTTACTGAGTGAGTGTTTACTGACTAATAAGGCAAGAAAAAACATGATGAGTGTACTTTACATCTTACTTTTGTGGGCTCTTAATTTTTTTTTCTAGTTTGTTTTCAGTAAAGACAGTGGGTTTTCTTTAAAATAATTTTTTTCTTTTAAATTTGCACAAATTATCTTAGGTCAGTATTTTGGTTTTAATCATTAAAACATTTTTAGAGTAATGTAATTTAACAAATATTTTAAGTGATTATGTTTCCAGAAATGGATTCTTTGGAGAGAACTCGGATGACTATCAGTTTTGGCCCTGTAAGATCGTGGAGATCTGTAAGATAGATACTTATATAACTTACATAAAATATATATAATATATTACTTATATAACTTATATAACTAGCTATTATTTTATATAACTAACTATAATATGACAAATCCTTTGCTAGTAGTACTAACAACGTTTTATAGGAGCACAATTAATTTTACTTAGGATAAGTGTTGTTATTATTGTTTTTATTGTTGTTCTGTTAGTTACTCAAAACTTCATTCTAATTGTGCCCTGAGTTTGTTAAAATACCATACTGTATTTTTGTGTAACATGTAAATAGGCATTAATTTTTGAGAAATAGAAATGTTTATCCTTAATGTATTTTTAATTTGCTAACATTGATTTTTTATTTTCTTTCCTGAAATAGCTTATTTCCTAAAATGAAAGAATTTATTCTCAGATGAATAATTTTTATATCAGCTATTCTTATCAGGTAAAAGTTTAATTATTTTTTATTTATAATATATGTAAGCAATTCTCAATGCTGCTCTTTAAGAAAAATAAATATGATTATATTAATAATAAGCTTTAAGAGTTGAAAATTTAAGACAAGTCATTTTGTATACTGAAGTGAATTCTTTGTTATTTAGTGCTGATAATTGAATAATGAGTAGCTCATATTAAAAATGATGCAAAAACCTGGCACTAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154265:ENST00000392676:38
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TTCTCAAGCAACATTGGAACAG
R:
TCAATACAAACATGCAGCTTCACT
Band lengths:
344-961
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development