DreINT0023744 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000074041 | abca5
Description
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 5 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050517-5]
Coordinates
chr12:38676815-38681547:+
Coord C1 exon
chr12:38676815-38676870
Coord A exon
chr12:38676871-38680038
Coord C2 exon
chr12:38680039-38681547
Length
3168 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTATGT
5' ss Score
7.44
3' ss Seq
ACCATACACCCGTTCTGCAGGTT
3' ss Score
8.01
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAAACAGAACTTCAACTTTGAAGAGTACAACTTTTCCCAGTCAACTCTTGAACAA
Seq A exon
GTATGTCAAAATGTTCTTATTTAAAAAGTATTATTTTTGTCAACATTTTAAAATAGGCAAGGCAAACTTTATTTATAGAGCACAATTTTATACAACCGTAGTTGATCCAAAGTGCTTTACAATGAAATAAAATATTTAAGAAAATAAAATAAAACTTGTATTAAAAATATAAGGAAATCAAATAAATATGTATATATGTAATACTAAAATACAGATAAGAAATTACATGTATGAGTCACTCAAAAGCAAGGGAGTAAAAATAAGTCTTTAAATTAGATTTAAAAGTATCCAAGGATGGAGAAATCCTCATGTTCAATGGGAGACTGTTGCAGAGCCTTGGGGCCACAACACAAAAAGCTCGATCACCACAGAGGGATCGACAAAAGAAACTGATCATGGGACCTTAATGCTCTACTAGCTGTACATAGCCTAGTAAGCTCGCTGACCTAAACCAGGGCGGAATTGTGCGAAGCTTTAAATGTGAAAAGGATTTTAAAATCAATTTTATAGGATGCCAGTGCAATGAGGCGAGGACAGGGGAGATATGATCTCTATTTTAGTTCCTGGTATTAATGTGGCGGCTGCATTCCGGACCAACTGTAACCAATAGAGTGTTGACTGGGGTAGACCAATGTACAATGAGTTGCAGTAGTCAAACTGAGAGAAAATTAAAGCATGGGTTACAGTACCTGTAACCTGTACAGTTTGCCCTTACAGGTTACAGGAACAGTTTCCCCTGTACTTACATGTTACAGACCAAATAATGGTCCATTAGTTGATGTATTAACTAACATGAACAAACTATTAGTAATACATCTGTTACGGTATTTATTCATGTCCGTTAATGTTGTTTCATCTAATGTTCAATCATGTTAACTCATGGTAAAGCCAGACTGAATCTGCGGATGTTTTTTTCTATTTCTGCTGAGAATTTTGCTAAAAATTTGTGGATTTCTGCGGAATTATTTTGGGAGTATCATAACTAAAACCTTATTATGTGAAATAAAAAATTATATCTTTTTAACTTTTATTTAATGTTTAAAATGCAAATACATTTAGATTCACTTTATTTGGTAAACAAAGCAAGTTTCTTATATAATATATCTTCTAAAAGACAGAAAATATTACTGTACAAACTGCATTGTTCTTAAATCAGATGAATATACTCAAATTAGCCAAAAATATTACTGTAATTAATTTAAAAACTAGATAAATATTTACACACATTTACTTGAGTAAATAAACAGAATTAATGATGGGCTAAAAATCTGCAGAATTCTGCCCGCACAGATTCCTTGTGGGCCTACTCATGGTGCATTATTTAATGTTAACTAATCTATTTTTGTGTTTTAAAATTGCAATAATGTTGAACTATGATTAATAAATGTTTTACAGGATTATTTATGCTTAATGTCAGTAAACACATTAACCAATGGAACATCATTCTAAAGTTTTACCTTTCTTTTTTATTTATTTATTTTAAAAATACTGATTAAAAAATGTGTAAATGTTGTTCAATGACAAATGGGTTTTCGGACATCAAAACAAGTGTAATGCAGATGAATCATTTTACTGTAAATTAGAATGTGCATCATTTAAATTATTATTTTTTCAAAACAAAGAAAAGGAAACCACATGTTTACTATTATTTGTGACCCTGGATGGCAAAATCTGATTGATTTGTTAAGTTGATATATTTTTGATAATTTACCTTGTAAAATTGCATTTTTTGGATTCAATCGTAGATTTTTCTTTAATTCCAAAAATGATTTGAGTATTAAGAGAAATGCATGTTCCATTTGACATGTCCTAATGTACTAATCTAATATTGAGTTTAATAAATTAAATGTGTGTGGCTGAGCACTTTCAATTTTAAGGCTGATTTTTTCAACATATTTGAGAAAATCATAAATTTCAGATTTTCAATCGTTTTATTTCTACCAAATATTGTCCTATTCTAACAAACCATACATTAATTGAAAGCTTATTTTTACTGTTGTACTGTAATATTTATTTATATCTCACTTGGACAAGTGTTAAGACTTAGCAAGTCTGCTAAAACACTTAAACAAATGAGTTTGGTTTGTCCAGTGTAATTATGATCCCCATGTCAAATGAACAATAAGAAAAAATATTCCAATTTCAAAAACATTAAGACTTATGACTGGATTTGCGGTCCAGGGTCACATTTTATTTATTTATTTATTTATATATTTATTATTATTATTTTTTTTTTCGTAATTCAGTTTTTTATTTCCAAAAGTGAGAATATACAATTTTTACAATCAGATAACAAAATACTTTTAACAGACATTACCCCATATATATTCCCCATCCCCCCACCCCATTATACGCACATCAGGAAACACAGAATAACTATAGTTTAGACCAAGCTGTTAGATAATTTACATTAAGTTGTCATTACTATTATTATTTTATTTACTCCTTTTTATTTAATATTGTTGCTGTTATTATTGTCATTTATCATTATATTATTGTCATTTATCATTATATAGTTTTTTTATATATATAAATGTTTTGTTGTTCTGTCACAAAAGTTTAAAAGTGGAAAGCCTTTCACTTTGTCTGTCATATCAGTCATTTATGTTCTTTTCACTCAAAAAAAAAAATTGTCATCAAATATGCAGACAAAAATAAACTTCTAGATTTCAACTTTATACAAGCTAAAAGTGTTATAGCTTTTGTGTTATACTTAAATGCGGTCTCCTTTAGGTCGCTTTATAAATGAATAGAAAAAAAAATGGATGTCTTTGGAAAGATGACTGTAATTTAAAATTCAATGTAATAACGTTTTTGTTTTGTTTTTATTATTATTTTTATATACGCACACACATTGGTCAATTTGAATGTATTTTATTTTATGATTTATTTTAAATGTCTTTTCTGTTTAGCAAATGTTGCGGTGGGAAAGTTAATATTCTGTATTGTTTGCTGGGTTTTATAATATAATTCAAATCAATAAAAACAACCTTGGGAAAAAAAAAACATATAAAGTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATTAAATAAATAAATAAATAAAATAGTTGACAAGATCAGTTTACTGAAAATAATTAGGATTATTGCTTTATTTATCTCTGTCTACATAACCTGAACAAGAGAATTTAATTAACCATACACCCGTTCTGCAG
Seq C2 exon
GTTTTCATGGAGTTTGCCAAGGAGCAGGAGAACGAGGAAGAAGAGGTCGGATCACTAAGCACGACTTTTCAATGGCAGAGACTGAGACAGGACGGCCCTGTATCTATTAATCACGCTGACAGCATAGTACACCAGCTATGAACCAATCCTGTTCCCTGAAGCGTTCTGCCCTTGCCTCTTTCTCCTTTTCCTTCGTTCTGCATGTGCCGTCTTTTGCCTTAAGAGCCTTAAACCCATGGGACTCACAGGACAATCGACTCCAGAGACTCCAATGGCCACTAACGCACACTAATAACGTGTGTATGTGTGTGTGTGTTTATGTGGCTCTGGCACTGGCACTTGCTCAGAAGGAATCAGACACACGACTTGAGTGTCATCCGTTAAACACAGAGCTAGACTCGTCGTCATCTGTTTTTACAACGACAAAAAAAAAAAGATTTTATTTTTTAAACTCTCACTTCTACTTGTATCTATCAAGCTCACTGTTTTCTTGTGTCCATATAACACACGTCTATCACTGGGAAATGAATTTGCATGAAGCGGGTTCCACGTTATCAAAACAGTACCAAAGTTTTCACTCACATCGACACCAAACTGCTTTTATTTCGATTTTTTTTTTGGTGTCTGTAGCATGGGATATAAACAAACTCGCATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTGTATGCGTGTGTGTAGATATTGTTAATATCGATGGGTGTAATATACGTTTTCAGATAGGAGAATCTGATTTACTGTGTGCAGCATTAACACTGAGATTAACCAGCATGTAGGGGCTGCTCTCCGCTTCTCGTACTCTTCTGTTTCAGGACGGAGCGGCCCTGCCAGGTGCATGAAGCCTCTTCTGTCTCTGCTGCACTGGGAGATCCACACGACTCCTTTCTCAAACACCAGCACGCGTTTCAGGCTTTCACACACAGAGCTCTCCAAAGAAAAACAGGGCTAAAGCACTCACAGTGAGTAAGCCGATGGGTTGAAATCAAGACAATGAAGAACTATTTCTCTTTCATCCCGTTTTCTTTCTGTCTAGTCTGGTGGCCTTCCTTTAGGAGCAGTTTTAAAAATCAGTAGCTTAAGAATGTAGTTTTCACCGTTTCCAACCATGTAGCATTCTAGATTTGGTCACATACTGCTGAGTGAGTGTGTTTTTGTTTTCTTTAATGAAGGTAAGAGTACTGTAGGAACCGTGAGCCTTGAATGTACAGTGGTGTTTAATGATGTTGCTTAGGTTTTTCGGGTGTACGTCTTCTCTTTTGGGAAGGCTTCTAAATGAGATGTTTGCATCCTGCTCCTTTTAAAGTCGTTGGTTCTTGTTTGAGAGGGTGCTTTTTTATGTATATTATGGAATATATATGTTTTTGGTTTGTTTTTAATGTGAATTTGATTAAATGATCACATCTTATTTTTTATGTTAGTCAAATTGTGGAATTGGTGTCTGTGTTGCACACTGGAGAGTATATTTCAGGAATTAATCCTTTACAAATATATATTTAAAAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000074041:ENSDART00000155563:38
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.043
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]