HsaINT0002978 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000166743 | ACSM1
Description
acyl-CoA synthetase medium-chain family member 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:18049]
Coordinates
chr16:20638511-20648162:-
Coord C1 exon
chr16:20648061-20648162
Coord A exon
chr16:20638639-20648060
Coord C2 exon
chr16:20638511-20638638
Length
9422 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAATG
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
GAGCTCTCTTCTTTTTGCAGGGT
3' ss Score
9.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCATTGATGACAAGGGCAGCATCCTGCCACCTAACACAGAAGGAAACATTGGCATCAGAATCAAACCTGTCAGGCCTGTGAGCCTCTTCATGTGCTATGAG
Seq A exon
GTAATGACCCCCCATCTGCCCCCATCCTGGCCCCAAGGATCCCAACAGGGAGCTCTGCATCCTGAGGCTTCTTCAAGTCCTCTTTTATTTGCTCTAACTCAATGAAATGAATGAGTTTTCATTCAACTCGAAGCTCACCGTGCATTCTCCCATCCTTTCCTGTCTGAACCCACCTGGAACTTTTGGGATGTTGGGGTAGAATGAAGACTGGCTTCAGAACCATCAGACTTGGGTTTCAATGATCTACTGTAGTCAAGAATATAGGCTTTGACTGGATTCAAATAATACCATCTCACTTACCAACAACAGAGTGTAAACAAATCACTTATCCTCGCTGAGCCTCCAGGGAACTCTATTATCCCATTTTACAGAGAGAAAAGCTGCAGATTAAAAGCCCTGCACATCTTCTGCACATCAAATAAATGGTAGGTTTAGGATTAAAAAAAAGTAAAAACCAGAGATTATAGAAAACTGAGATGGATTACAAGGAAACCTGCTGAAACTCCTGATCAAATAAGCAATGGCCCTCCCAGGATAGGAATGGCCACAAAGAGGAAAATCTTAGCTCCCAATATTGGCCATGGAAGGATGACCAGACCCTGAAATTGATTTCAGACTTCATCTCCTTTCTCTAAAGACACTTTCATTGGCGGCTGTCCTGGTGTCACTGCCATCCTCACACTGTGGTTTCAAGGGAGCGATGGTTCCTTTGTGATACTTTTGACCAAAGGGGAACATACAGGCCTTACTTAGCATTAATTCTCAGCAACACAACTTAAAGATTGGATAAAAGAAAATTAGGCAGGGTGGGGTGGCTCACACTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAAGCCTAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGTTCGAAACCAGCCTGGTTGACACAGTGAAACCCCATCTCCACTAAAAATACAAAAGATTAGCTGGGCATGGTGGCATGCACCTGTAATTTCAGCTACTTGGGAAGCTGAGGCAGGAGAATCACTTAAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAACCAAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGTGTGACAGAGCTAGACACCATCTCAAAATGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAGAAAAATTAAACATGGGGTAACACATATATTTTATATAATGTCCAGGCATCTTTGAGGACCACAGATATATATCTGCATATTACAATCATTTCAGGAGATTTTTTAAAATAGTAGTACTTGGATGCAACCAGAGATTCTGATTGAGCTGAAATGGGGATAATCCAAAGAAATATATTTAAAGAAAAAAACAAGGTCTTGCTCTGTCACCGAGCTGGAGTGCAGGAGCGTGATTAAAGTTCACTGTATCCTGGACCTCCTGAGCTCAAGTGATATTCCCAACTCAGCCTCCCAAGGAGCTGGGACCACGGGCAGGTACCACCATGCCCAGCTAATTTTTTGATTTTTTGTAGAGATAAGGTCTCACTATGTTGCCCAGACTACTTTCAAACTCCTGGGCACAAGTAACCCCCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGTGATTACAGATGTGAGCTATTGCACCCAGCTAATTTTTTTTTGATTGAGCATGACATATTTTATTTTCCAAAGAACTCCTAACATATACCCACACCTACGTATCCATGAAATGTCAGTATTCCTCCATTGGGACTTCTTTGGGTTTTTTTCCCTCCTTATTTATGTAAAAGAATTACAGAATTACCATGAGACCCAGCAATTCTACTTCTAAGGCTACTTACTACCAAGAAGTGGCAGCAGGAACTTGAACAGATACTTTATTTTTTACTTTATATTTTATTTATATAAAATGTAACATAAAATTACTCTTTTCACCATTTTTGAGTGTACAATTCAGTAGTATCAAATAAAGTAACAATGTTGTACAGCCATCACGATTACCCATCTTCAGAAAATGTTTACCATCCCAAACAGAAATTCTACTAATAAGCAACATCTCACTGCCCCAGTCTCCAGCACATGATAATCTCTAATCTGCTTTTTAAAATCTATGAATTTGCCTATTTTAGGTTCCTCATATAAGTGAAAATATACAACATTTGCCCTTTTGCGTTTGGCTTATTTCACTTAGCATAACGTTTTCAAGGTTCATCTATGTCTTAGCATGTAACAAAATGTCATTCCTCTGTAAGTCTGAATAAAATTCCACTGTATGTATACAACACATTTTGTGTACTCAGTTGTCTCTTAATGGACATTTTGGTTATTTCCACATTTTGCTTATTGAGAATGTTGCTTCTATGACCACTGTTGTTTAAGTATCTGTTCAAGTTCCTGCTTCCATTTCTTGGGAGTATAGACCTAGATGTGGAATTGCTGGGTTCCATGGTAATTCTATGTTGAACTTTTTGAAATAAATTACCAAACCACTTTCACAATGGCTGCACCATTTTATATACCCACCAGAATATTTTTGATCCATTTTGAGTTAACTTTTGTATGTGTTGTAAGGTAACTTCATTATTTTGCAATTGGGCATTGAAGTTTCCCAGCACTATTTGTTGACGACTGACCTTTCTCCATGGAATGGTTTTGGCACCTATACTTAAATCAATTGACAATATATGGGAGAGTTTCTTCCAGGACTCTCTATTCTATTGCAATGATCTGTCTGTCTTTATGCCAATACCACACTGTTTCTATTACTGTAGTTTTGTAGTAAGTTTTGAGGTCAGGAAGTGTGAGTTTTCCAACTTTATTCTCCTTTTTCAAAAATTTTTATTTCCTTTTATTTTTGAGGCCAGATTGCAAGACTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCTCCATATTGCCCAGGTTTGTTTTGAACTCCTGGCCTCCAGCGATCCACCTGCCTTAGGCTTCCCAAAGTGCTGGGATTATGGATGTGAGCTACCGCGCCTGGCCTTTATTCACCTTTTTAAAGATTGTTTTGGCAGTTTGGGGTCCTTTGAGATTCTATATGCATTTTAGGATAGGTATTTCTAGTTCTGCAACAACAACAAAAAACCATTGGGATTTTGACAGGAATTGTGTTGCCTCTGTAGATAGCTTTGGGCAGTATTGTCATCTTAATATTAAGTCTCCAATAAATGAGTATCATATGTCTTTTCATTTACTTATCTCTTCTTTAATTTCTGTAGTAACGTTTTGTAGTTTTCAGTGTACAAGTCTTTTGCCTCCCTGATTAAATTTATTATGAGTACTACTGTCTTGTATTCTTTTTGATGCTATTGTAAATAGAATTGCTTTCTTAATTTCCTCTTTGGATTTTTAATTTTTAGTGCACAGAAGTGCAATTGAGTTTTTGTGTGTGTATGGATTCTGTTTTTTACAAGTTTACTGAATTTATGTATTAGCTTTAACATTTTTTTTGAGTGTGTAAAATTCTTCGGGTTTTCTATATATGGTCATGCCATCTGCATGCAGAGATAATTTTACTTCATCTTTCCAATTCAGATGCCTCTTATTTTTCTTTCTTGCCTGATTGATTTGGCTAGAGCTTCCGGGACTATGTAGAATAGAAGTGGTGAAAGCAGGCATCCTTGTGTTTTTGGTCTTAGGAGAAAATCTTTCCAACTTTCACCATTGAGAATAATATTAGCTGTTGGTTTTTTATATGTGGCCTCATCATGTTGAGGAAGTTTCCTAGTTTATTTAGTGTTTTTACCATGAAAGGGTATTGAGTTTTGTCAAGTGCTTTCTCTGCCTCAACTGAGAGAAAACCTTGTGGTTATTTTCTTTTCATCCTATTAATGTGGTTTATTATATTTGTTGACTTTTGTATGTTGAAACAGGAATAAATCCCACTTGGTCATGATGTATAATTCTTTTAAAGTGTTTCTGGATTTGGTTTGCTAGTGTTTTGCTGAGATTTTTGCATCAATATTCATAAGAGTTATTGGTCTGTAGTTTTCTTCTCTTGCAGTGTTTGTCTGGCTTTGGTGTCAGGGTAATGCTGGCCTCATAGATTGACTTATAAAATTTTTCCTTTTCTTTAATTTTGTAAAAAGAGTTGGAAAAGGATTGGTCTTAATTCTTCTTTAAATATTTGTCAGAACTCATCAGTGAAGCCATCTGGCCTAGGCCTTTTCTCTTTTGGAAGGTGTTGATAACTAATTTTACCTCCTTATGAGTTACAGATCTATTCAGAGTTCTATTTCTTTGTGACTCCTGTTTTTGGTAGATTGTGTGTTTCCAGTAGTTTTTCCATTTTATCTAGGTAATCAAACCTTTTAGCATACAATTGTTCATAGTATTCTCTTATAATTCTTTTCATTTCTGTAAAATGTTAGTAATTTAAATTTTCACTTTTTTATTAATCAATCTAGCTGAAGACTTGTCATCTCTTCAAAAGAAATAACTTTTGATTAAGTTTTCTTTGTTGTTTTTCTATTTGCCATTTTATTTATATGAACTCTAATCTTTATTTCCTGCTTCTGCTATGCTTGGGTTTAGTTTGCTCTTCTTATTCTGGTTCCCTAAAGTGTAAGGTTTTCGGCTTGAGATCTTTTTTAACGTATGTGCTAAAGACTGAATGTTTGTGTGTCCCCCAGATTCATATGTTGAAATCCTAACCCCCAATGCAATATTTGGAGATGATTATATCGTGAGCATGGGGTCCTCATGAATGGTGTTAGTGCCCTTTTAATTTTTTTATTTTAGTAGTTTTGGGGGTACAGGTGGTTGTTGGCTACATGGATAAGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAAATTTTAGTGCATCCATCACCTGAACAGTGTGGTCTTTTAACCCTTACCCCCTGCCAACTTTGCCCTCTAGTCCCCAAAGTCCATTATATCATTCTTTGCCTTTGTGCCTTCATAGCTTAGCTCCCACTTAGAAGTGAGAACATACGCTATTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAATAATGGCCTCCAGCTCCTTCCAAGTTGCCACGAAAGACATGATTTCACAGCTTTTTATGGCTTAATAGCATCCCATGGTGTATATATACCACATTTTCTGTATCCACTCATTGGTTGATGGGCACTTTGGTTGGTTCCATATCTTTGCAATTGCAAATTGTGCTATAAACACGCATGTGCATATGTCTTTTTCATATAATGACTTCTTTTTATTTGGGTAGATACGCAGTAGTGGGATTGCTGGATCGAATGGTAGTTCTACTTTTAGTTCTTGAAGGAATCTCTATACTGTTTTCCATAGCAGCTGTACTAATTTACATTCCCACCAGCAGTGTAAAAGTGTTCCCACAACCATGCCAAAATCTATTGTTTTCTGATTTTTTTAACAATGACAATTTTTGCAGGAGTAAGGTAATATCTCATTGTGGTTTTAATTTGCATTTCCTTGATGATTAGTGATATTAGTGCCCTTTAAAAAGCAACTCCAGTAGGGTTCTCCAGAAGAGTCCCATTCTCCATGTGAGGCCCCATCAAGAAGACAGCCATCTATGAAGCCTCACCAGACACCAAATTTGTTGGTGACTTGATCTTGCATTCCCAGTCTCCAGAGCTCTAAGAGATAATATCTATTGTTTATAACCCACCCAGTTTATGGCATTTTGTTACAGCAGCCTGAATGGGCTAAGACAGTATGTGTGTAAATTACCTTTTTAGCACTGTGTTTGCTGCAATCTATAAGTTTTAATATGCTGTGTTTTTTATTTCATTTGTCTCAAGATAATTTCTAAATTTCCTCGTGACTTCTTCTTTGATTCATTGGTTAGTTAAGAGTATGTTGTTTAATTTTGCAAAGATTGGGAAAATTTGTGATTTTTTAAAAGTTTTCCTTCTGTTAATTCCTTTCATGTGACTTGATAAGATGCTTTGTATAATTTCTGTCTTTTAAAGTTAATTAATACTTCTCTTCTGGCCTAATATATGGTCCATCCTTGAGAATGTTCCATGTGCACTTGAGAAAAATGTGTGTTCTTCTGCCGTTGGATGGAGTTTCCTGTATATGTCTGCTAGATCCAGTTAATTTGTGGTGGTGTTCGAGTCCTCCATTTTCTTATTGATCTTCTCTCTGGTTTTTCTACTCGTTATTGAAAGTGGTATATTAAATTCTCCAACTATTGCTGTAGAACTGTACAGTTCTTCCTTAAATTCTGACAATGTTTGCTTCATGTATTTTGGGGCTCTGAGGTTTATTGCTTATATGTTTATGATTATTATATCTTCTTGGTGAATTGACCCTTCTATTAATAGACAATATCATTTTTTATCTTTTGCAATTATTTTTAACTTAAACTTTATTTTGACCGGGCATCGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCAGTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGATAAACATGGAGAAACCCCATCTCTACTAAAAATAAAAAAGATTAGCCGGGCACGGTGGTATGCGCCTGTAATCCCAGCTACTGGAGGCGGAGGTTGTGGTGAGCTGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCGAAACTCTGACTCAAAAAAAAAAAAAAACAAGTTTTTTCTGTCGGATATTAGTATAACAACCCACAACCCAAGCTCTCTTTTGGTTACAATTCACAGGGAATATATTTTTATCCATCCTTTAACTTTCAACATATTTGTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTTGGAGTCTCCCTCTGTTTCCAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCGATTTCAGCTCACTGCAATATCTGACTTCCTGGTTCAAGTGATTCTCTTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGCACACACCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGCAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCATGATCCACCCGCCTCAGCCTCCAAAAATGCTGGGATTACAGTTGTGAGCCACCACGCCCAGTGGAATTCGTGTCTTTAAATCTAAAATGAATCTCTTGTAGATAGTGTATATTTGGATCGTGTTTTATTATCCACTTAGCCAATTCCTTCCTTTGGATTGGAAAGCTTACTCCACCTACATTTAAAGTAATTACTGATAAGGAAGGACTTCTACCATTTTGCTATTTGTCTTCTGTGTGGCTTAATATTTTCTGGCCCTCATTTCCTTTATAACTGCCTTCTTTTACGTTTAGTTTCCTTTTTGTAGTGACACATTTTTTCCCTTCTGATTTTCTTTTGTTTATATTCTACAGATATTTTCTTTATGATTACTATATTACATACAACATCCTAAGGTTGTAACAATCTAATTTGAATTAATACCTACTTAACTTCAATTGTATAAAAAAAAACTGTACTCCTGTATGGTTCCATCTTCCATTTATGTTGTTGATGTCATCTTGTACCTCTCAACTCAGTCCATAAAGGCACTCACATTGATCTAATATCATGAGTGGAAAACAGTATTACTTGCCATAAACAGAAGGCATTTATAACCATAACTATAGGCTTAAAAAAAACAATTTTCTCATAGTCTCCCTAAATCCTATTCTCATTGGAAGCTCTGATCCTGAAGCATGTCTTCCTCTTGAGACTTCCAGAGAGTTCAAAGCATATCAGCACTAAACTAAGAATCAACTTGATATACTCAGAACAATCAGAAGTGAATCCAAAAAGGGATGTAATTTGATGTTTTTAAAATGTTTTTTTCGGGTAGCTCTTAAAACCATTTCATGTTCCACAAGAGCTATTGCTTAGGGGTCAAGTGAATCGGTCATGAAGCAAGAATTAAATTCAAATATCAACCCTCTCAGTGAGCAGCTGAGTGACTCTGAGCAAGCAAATGTGCCTCCCTCAAGCTTAGGTTTTTTTCTTATTTAAAATGGGCGACAAAAAAAGTGCCAACTTCACACAAAAACATGTATGCAAATGTACATAGCAGCTTTACTCTAAATAGTCAAAACCTGAAGACAACAATCCAGATGGCTTTCAACAGGTAAATGGTTAAACAAAAACTCAGCTACATCCATAACATGGAATACTGTTCAGCAACAAAAAGGATCAAACCGTTTGTGCATGCAACTTGGATGAATCTCTGGGGGATTATGCTGAGAAAAAAAAAAACAGTCCCAAACAGTTATATGCTGTATGATTCTATTTATATAACATTCTTGAAACAGCAAAATTATAAAAATAGAGAACAAATTAGTTGTTAGCAAGGGGTCAGGGAAGGTGAGAGGAGAGGAAGAGGAAATGAGAGGGAGGTGGGTGTGGTTATAAAAGAGCACCATCAGAGATCTTCCTGATGAGGTGGGGAATGCACAAACCTACATATGTGATAAAACTGCATACAACTAAATACACAGACACACAAGTGAAATGGGACATCTGAAGACTGGTGGATTGTATCAAGGTCAGTATTCTGCCTAAGATACTGATCATATGGTTTTGCAAGATGGTACCACTGTGGAAAACTAGTGAAGAGTACAGGGCATCGATCCACATTATTTTTTATAACTACATGCCATCCACATTTGTCTTAAAATGAAAAGTTAACTTAAAAACATACTAGACTCATAGGCTTTCTGTGAGGATGAAATGAGATAGTATTTAGGGAAGAAAATTCCCTCAGCAAATGTTTATTGACCCCTCTCATCTGTCCAGGCTCTATGTGAATGCTGAGCTTATAGCAGTAAGCAAGGTTCACACCATAATGGAAATTTCATTCTAGTGTAGTGTCACACAAAATGAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTATACATACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGAAGTCTCACTCTGTTGCCCAAGCTGGATTGCAGTGGCGCGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACTATGTTGGGCAGGCTGGCCTTGAACTCCTGACCTCATGATCCACCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACGTGGCAGAATTGATATTTTTAAACATTGTCATTGAAATTGGTTTAATCACAACCACTCATAGAGCAGTCGCATGCATCATGCGCTACATGTAATGAAAATAGACTCAGAAATGGCAAAACTTGCCCAGGTACCGAGTAGAAACAGAGGCAGAATTCAAACCCAGATTGGAACCCAAGGTTGTGGCTCATCACCTCTAAATTCACTGCCTTCAACAAAGGAGCTCTCTTCTTTTTGCAG
Seq C2 exon
GGTGACCCAGAGAAGACAGCTAAAGTGGAATGTGGGGACTTCTACAACACTGGGGACAGAGGTAAGATGGATGAAGAGGGCTACATTTGTTTCCTGGGGAGGAGTGATGACATCATTAATGCCTCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000166743-ACSM1:NM_052956:9
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.004 A=NA C2=0.087
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0050123=AMP-binding=FE(36.2=100)
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=PD(0.1=0.0),PF0050123=AMP-binding=PD(91.3=95.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)