HsaINT0008118 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000145362 | ANK2
Description
ankyrin 2, neuronal [Source:HGNC Symbol;Acc:493]
Coordinates
chr4:114294441-114304896:+
Coord C1 exon
chr4:114294441-114294605
Coord A exon
chr4:114294606-114302612
Coord C2 exon
chr4:114302613-114304896
Length
8007 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGA
5' ss Score
7.66
3' ss Seq
TCTTGTCTGCTTTTCTCCAGGAC
3' ss Score
11.01
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000145362-ANK2:NM_020977:44
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.669 A=NA C2=0.558
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)