HsaINT0008665 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000107890 | ANKRD26
Description
ankyrin repeat domain 26 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29186]
Coordinates
chr10:27086539-27092512:-
Coord C1 exon
chr10:27092406-27092512
Coord A exon
chr10:27086610-27092405
Coord C2 exon
chr10:27086539-27086609
Length
5796 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACAG
5' ss Score
8.04
3' ss Seq
TTACATTTTTCTATACATAGCAG
3' ss Score
4.96
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGACCTCACACCACTTTTACTTGCAGTAAGTGGAAAAAAGCAGCAAATGGTGGAATTTTTAATAAAGAAAAAAGCAAATGTAAATGCAGTAGATAAGTTGGAAAG
Seq A exon
GTACAGTAGCTGGTTTTGTTTTGGATTTTTAAACTTGTATGTTTAAAAGTTTTTTTAGATCTGTGTTTTGCATGTTACAGGTTTTTTAAACCTGCTTGTTCTTGAGGGGCAACAGTGATTCGTTGGTGTTTCTCACTCAAGTCAGAAATATTAATTTAATAAGAAGGTTAACATAATTATGGGGATATAGTGACAAATAGCAACACAAATCAGTTAGGAAGAAAAGCAGTTGCTTGGATTGGGCAATATAAAAGAAGACTATACAGTAGGATTCATCTTCTCTTATAATATTGACTGATGTTTGTTATTTGTAAACCCATGTTTTTGGCCATGTGATCTGTTAGCTAAAGAGGTTTCTTATCAGTTTTATTAGTTTTATAAAATGCGGACTTTAACTTTTAGTTTACTTTTTTTTTTTTTTACATGGAGTCTCCCCCGTCACTCAGGCTAGAGTGCAGTGGCGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCTGAGTAGCTGGGATTACTGGTGCACACCACCACACCTGACTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCATCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTTGGCCTTCCAAAGTACTGGGATTACAGGCATTAAGCCACTGCGCCCGGCCACTTTTTAACTCAATATTGAACTTCTTCACCCTTTTATGGTATTGTTCTAACCTCTGCTTATGTACTTTTCCTTCAGAAATGCTGTGTTAAACATCAATAGCAGTTTTTGTCTTTTGAGTGCCTCTTTGCTTTAAGTTGCTTTCTTTGAAGAGTACGGATGTTAGGTTATCCCTAGGTGATTGTTGATCGCTATTGCCAGATACTATAGTTTCATTATTTTTTTCCTTTTCTATTTCTAGTATATTTTGATGTTTTTATTTTTAATTGGTATGGGCAAAGGGAAGAAAGACAGCTTTTATTGGATAAACTTTTCCTTTATTGAAGACAAGCCATAGATGGGTGATAAAGAGAAAAGAGGCTTTAAATTCACACGAGACTGGATTTAATTCCTTGCTTTCCCACTTGTTAAGTGTGTAAGCTTGGGGACCTTACTTATCACCAAATATGTTTTCTGATATAAAAAGGGGGATACTAAATATATCTCAAGGTGGTTGTATTTAAATAAGATTATATAGCATTTGATTCAGTGCCTAGCCCACGCTTATCAGCATCATTGGCTGAAACTACTGTGACTCCTATTATTACCTTTATTATTATTATTATTATTATTTGAGACAGGGTCTGGCTCTGTCACGGGCTGGAGTGCAATGGTGTGATGTTGGCTCCCTGCAACCTCTGTCTCTTGGGCTCAAGCAATCCCCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCATGTGCCACCACATCCAGCTAATTTTTGCATTTTTTGTAGAGATGGGATTTCCCCATATTACCCAGGCTGGCCTCAAACTCCTGGACTGTAGTGATCCACCCATCTTGGCCTCCCAAAGTGCTTAGATTATAGGCATGAGCTGCTGCACCTGGCTACCATTATTATTAATACTGTTTTAAGCCTGCAGATAGCTCTTATCTGACCCCTAGCTGACTGCAATTGTAATATATCAGACTAGAGAAGAAATGGAGAATTCTTCATTTAAATCTTTGCCTACTTTAGATAAGTAAACTCAGCATAGGTTTTTGCCATGAAAGGACTTCTAGTATGTAATACCCCAGTGAGACAAGAGGCCTCTTTTTTGTCCCTTCCTTTTAGCCTTGGTGGTAATTTACAAAGATGAGCACTTGAGCACCCAAGATGCTTATGTCTATTAGTAGATGTAAATAGTTAATTCTACACAGACAGGCAAGATACTAAATTGGTAAAGTATATCAAATTATCTGTGCACATAACCTTATTAAAGTTCCTGGGGTGAAATTACCTCTTATTTTATTTTTATTTATTTATTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAGTCGGCTCACTGCAACCTCTACCTCCCGGGTTTAAGCATTTTCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACTGTGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACTTCAAGTGATCCACCCGCTTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATCACAGGCATGAGCCACCATGGCTGGCCATATCTCTCTTATTTTAGAACACCCCTCATGCCCACTATATTTTATGAATCATCAAGTATAGTCAGGCTTTTTGTTCAGCAGAGTTTTGATGTTTTTTCTTAATATGTCTAGGGATGGACTACAGAAAAATATGCTGTTGTTAGTGGTTTAGTATGTAAATGTTTACAATAAAAGGCTAGTTAACACTAAATAGAGGTTTAAAATAATTATCATGATTGCATCTTATACATCAGTTGAGATTTCATAGTTTGGGTCAGGTAATTTTAGAATGGCAGTGAATTAGCCTACTTCATCAGCCAGAAATCAAGCAAAAGGCTAGACTAGTTAGAAGCAGCAATGCATGTAGGATTCTTTTTGTTTTGTTTTGTTTCTGAGACAGGGTCTCACTCTGTCACCTGGGCTGGAGTGCAGGGGCACGATCACAGGTCACCACAGCTTCAAGCCGTGGGCTAAGGAGATTCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAAGCACATACCACCATGCCCGGCTAATTTTATGTATTTTTTGTAGAGATGAGTTTTGCCATGTTGCTTAGGGTGGTCTCAAACTCCTAGGCTCAAGCAATCCATCAACCTTGGCTTTCCAAAGTGCTGGAATTATAGGCATGAGCCACTGTGTCCAACCGGGTATAGAATTTTTTTATCTCAGGACTTTTACGAACTTAATCCATAGGGGTCCCAATATCATTCATTTCATTCCAATTATAACCCCTATGCATGGGATAAAAAATACTATCACATGTTTAATTTTTCTAGTTGGTTATTTGAGTCTTGAAATGTCCAGTTTGGCAGATAATCTTGAACTGTCCCCCTGGGGGCCATCTGCTATGCCCTCTGCCTTGAATTTTTCAGGAACCGAAGGGGTTCCTTAAGTCCAAGGAAGACAGTCCTCTTTTATAAATCAGGAGGGGACAAAGGACATTCTAATCATTCTTTTGTTACCAGTGATTTTGTTGCTGCATTGTTGCCACTGAGACTGGTCCTGCAGTCTGGAAATGATTGACCTTTGCTACAAGGATGCTCTTACTGATTGAGATCCCTCAGCCTTCATGGTGATCCATAGGTAGACTTCAAAGTTAGGACTTTTTTTCAGTTCACATACAAGTGTTTATATGCCCAGCCATTGTTCCTAAAGCACCAGCACCCTGCTCTGGCAGCTGGCCTCCTGGAAGCTTTAGCCACACACAGAGTGAGCAAATTGACCCTTCCACCTACACTCAAAACCTTATATGGAGACCATATCTTAGCCTTGACTTAGCCTTGACCTTCATGGTAAGTTACCCATGGAGGCTTTTGTTTGTCTTTTCTCTAGCAAATATTAGTTGGGATTGTTCTCAACTGTCAGGTTCAAATAATGTTGCAGGAAGAGATCAGAGTTTCTTTTTTTCTTTGCTACCAGGAATGTACTCCAAAGCCCCTTTACATTCTGTGTAGCACATTTTCTTAGGTAGTGAAAGGTTCCATATTGTCCTTCGCTGGAGTAGTGGCCACCAACTTGTGGTTGACCCCTAAAGTGATCTGTTTTTCATAATGAAAATCTCCCAAGCTGCTTGCATCTCTACCTTAAGTTTTTAAAATATTTTCAGATTGTACCTCACAAGGAAGCCATTCAACAGAATTCTCTGAGCGTAAAGTAGGTTAGTTGGATTGAACAGAGCTAAGCCTGTTCCATGACTCATCAGTATCCATGTATAAAAGTCGGGTTTTGTGCTTGCTTCAGCAGCACATATACTAAAATTTGAACAATGTAGAGAAGATCAGCATGGCCCCTGTATAAAGATGACACACACATTCTTGAAGCGTTCCATATTTTGCACAGTCCCTGGAAGGCCATTTTACTATTTGCTAACAGTGTGAGTCAAAGCAAAAGGGTGGCACCCAGTATTGAAATTGTGATTTTCATGACAAAAATATTCATGTAAGGTGATCTGTGAAATGAGAATGGAGCTAACACATGGGATGTTACGTGCAAATATGTTGTTAGTAGGTATCACAGAAATGAGAAAATGTCAATTCACATCTCCTTCATGGAACTTAAAATAAAAGTGAGGCCAGGTGCAGTGGCTCACGTCTTTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCACAGGCAGGAGAATTGCTTGAGGCCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATAGCAAGACCCCATTGGTACAAAAAATAATGAAGAAAAATTAGCCAGGTGTGATGGTGTGCACCTGGAGTCCTAGCTACTCGTGGGGCTGAGGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCCAGGCGGCAGTGGATTATGACCATGCCACTGCACTCCATCTTGGGTGATAGAATACCTTGTCTCTAAATAAAAGTAGAGTTTTGTTTTCCACGTCAGTTGGAATGATGAACATGAAGATTAAGCACCGTTCTAACAAAGATCTGCTGGTTCAGAGTTTGAGGAGGTAGAGAAGCAAAAGTCGTTGTCTAAACCAGGCCTTAACATCTGTTAGTTTTCTGCCCTTGCTGTGATCAGTTAGTTCAGTAATAAGGGACAATTATGTTATCTAATTTAATGAGATGCTATATTTATAAGTGAATTCAGTTACAAATTATGAAATTCACTGGGATTGGAAACCACAAAGAATAGAATAACTAATAACCAAAATTAGGACTTAGTAACATTTTCTGAAAATGGCAACATTTGAATATTAGAACCTTTGGAGAAACATTTAATTGGGTTTTATTTGGGATTCCAAAA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Seq C2 exon
CAGTCACCAACTAATTTCAGAATATAAAGAAGAAAGGATACCTAAACATTCTTCTCAAAATAGTAATTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000107890:ENST00000376087:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.724
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002325=Ank=WD(100=91.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development