HsaINT0011340 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000213390 | ARHGAP19
Description
Rho GTPase activating protein 19 [Source:HGNC Symbol;Acc:23724]
Coordinates
chr10:98981930-98988982:-
Coord C1 exon
chr10:98988904-98988982
Coord A exon
chr10:98985890-98988903
Coord C2 exon
chr10:98981930-98985889
Length
3014 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACTA
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
TTGTTTTTCCTTCAACCTAGGAT
3' ss Score
9.83
Exon sequences
Seq C1 exon
TTATTTTCTGGCTCTCCAGCTGTCACGATGACACCAACAAGATTGAAGTGGTCTGAAGGGAAGAAAGAGGGGAAAAAAG
Seq A exon
GTACTAATTGTACTTACTCTCTGTTCTTACTAAATGTAATTCCTTTCTGCATCTAGTCAGTAGCATTTGTTTGAATTCCCAGGATAGTACATTTGTAGTCAGAAGTGACATAAAAATTACAAGGCCAGGTCCTTGCCCTTGAGTTCATTCACCAGATGGTTATTGAACCATTTACTCAGCATTGTCTTGGGTGCTAAGGGTAGAGCTGTGAACACAGACCCACATGGTCCCTGTGTTCTTGGACAGACAGGACACATGGGGGAAAATACCTTAAGAATACTTGCGAAGCAAATTAAAAACAAGTGTAAATGAATTTGTGAAACCAAGTTCAACAGTGCTGGGAGTATGCTTATGGAATAGTTAGGTTCCTTTTCTGTGTAGGCCAGCCCTAATTAGTGAAGCTTTCTAGATCAACAGCTCGTGCCTAAGGATCCTGGAAGTCATATCATACAGCATATTTTGGGGGCTATTTAGGACAAAGAGGACTATTTAATGCTGGGACTGCTGATTGTCCCAGGCTCTTCTGGTAAAAGCCTGCTGTGCCTTCCTCTGAAGGAGCCAAGTGGGTCAATGGAAAGACCGTGAGATTTGTGGTTAGTCCTGATGGGAGTTATCATTCCTCTGACCCAGGAAAACCACCCATTCTCTATGAATTCAAGTTTTCTCCTCTGAAAATGAGGATAAAAGTTACATCTACTTCACAGATTTATTAATTTATTATGAGGCTCAATTGAAATAATGTTTTGGCAGCACATTGTCATTGTTAAATCATTAACAAGTGGTTATAGTTGTTACTGTAGAAAACGGGCTGAAACCTGGTCTTGTTATATAAGGCTCATGTGGCAGCTGAAGTGAGTCTGGTTTGACATGATTGTTTTATCACTGGGATATGAGCATAATTACTATTTGAGACATCAGCAATAGGCAGAGATCAAAAGCCTAATCCTTATGGATAAATTCTTTTCTGGAAAATTAGATTTCAGTATATTCTTCTTACTTATCCTTGAATGAATTATCTAAACTCTCTTTTCTTTCCTCGTTGCTTCTGTCTTCCAGGCTGGGCTGTCTAATTGAGACAAGATGGGGGTTTGAGTTTTTTGTGTCTAAATATTTCTGTATGTCCATGAATCAAAACCAAGCATAAGTTATTTTTGAAGGCTACATTGTTTTGTATCAGTTACAACTTTTGTTGCTGTCATTTTTGAAAGACATGCGGAAATAATACCTTTCTGTATTGACAGCTCTACCTTGGAAAGAAAGAAAGACGTTTTTTAAAAACCAGTCTAATATTTCACCAATAAGCTTTAGAGCAGGGATTGTTGACCTTGTCATCTGTGGACTTCCTAAATGGTCTAATAAAGTTCCCGGTATTGTTGATGCAATCTTTTGTGTAGGTACATATGTGTATTTTTCTGGGGGAGAGAATATATGGTTCTAATTAGATTCTCAAAAATGTTAGTAGTTCAGAGAAGTCGAGATAATGAATGACCCTCAATTGGATCAGGCAATGGCATTTTCACTTTACTCTCTCCTGGTCACTTCCTCTATCTGGAAATGCCTTCCTGGTGTTATGATGCTACATTATTCTCGTTCTTCTTCCTCTTTAATTCTTTTCCTTATCTGCAGTGGCTTACTGTTGTTTGCCTATTCCACTACATCTTTATTTTTTTCAATGCTCTATCTTAAGTTCTGCTCTTAAGTTCTGTTCGTTTCTGCACCTGCTTCTCCTGCCTCTTTGCAGCTTGGTCTCCTTCCACTGCTCAGCTCTGCTCTCTGTATGATAACTACTTCCAGCCTGGCAATGCCAGGTCTGAACTCTCTTCAGACATTGGCAGTCTCCAAGCCCACAGATCCAGGTGCCTGCCATGTATTTCTTTTATACAACAATGAATATACAACCTCAGATTTTTTGATAGTGATGTTTATAATAAAAGTAACATATTCTTTGAAGAAGATAATGTAATTTTATTACTGTGATCAACAACATAATCCAAAAAGACTATTATTTAGTACAGGATTTCTCAACCTTGGCACACTACTGACATGTTGGTTCAGATAATGCTTTGTTGTAGGAGCTGCCATGTGCACTGTATGATGAGCAGCCTTCCTGGCCTTTACCCCATCGATGCTGGGAGCATCCTTCCCCCAGTTGTGATAAGTAAAAGTGCTTCTAGACATTGCCAAATGTCCCATGGTGGGTGAGGAGGCAAAGTCATCTCCACATGAGAACCACTGATTTAGCACCTACTTATTATGGCCATTATTTTCAGTAGTCAAAATCTTACCCATTCTTCAAAGTCTAGCCTAAATCTCACCTCCTCTTTGAAACTTTCTCTGGCTAACACAGCCAAATATAATACTTTTTCCTTTGAACTTATTAATGCTACAAAAATATTGACACTTAGTATGATTTACTGTATTTACTTCACATATTGTCTTATCTCTGTAACTAGTTTTTCTTCTAGAAGACAAAGGTCAGACTTAGTGTATTTGTGGCCTTCTGTCTCCTGTTCTTCTCATCTTCCGAAAAATGACAGTGCCTTGTGCTGAGTCGGCTTTTAGTAAACATTGAGTGTTGAGAGGGGCGGTGGTGGTAGGAGCATGAGTTCTGCATTCAGCTGGGCTTGGGTTCCATTCCCAGTTTTGCTGCTTAATAGCTTATATATTAGTCCTCGGGCAAATGAACTATGTAGGCTGCAGATTCTTACTCTGTAAAATGGTAGGAGTAGTACCTCATATACTGGTTATTGTGAGGATAAATAATGTACATAAATAACTTAGAGCAGCACAAAATATGTACTTACTGTTAGCTGTTACGGCCATTAAGATGATTTAATGAACGAGATTATATCAGGCAGATGTTTATTTGGTAGAGTCACACATTCTTAATTAAACTCATTAGCCTTCAGTTTGGAGAAAATATTAAGTGTAGACCCTGTAGCTTTTGAGTGGGATGTTTGCAAAAAGAAATATTTAAGAACATGTCTAACGCTCTTGTTTTTCCTTCAACCTAG
Seq C2 exon
GATTTCTCTGAAGGATCCAGAGTTGTCTCCTATGGTCCATGCAGAATTTTCTGTTTAGTGGGCAGGTGTTATTCCTGCCCACAGCAAAGCTTGGACTTGCAGCTTGCTTGCTGCATTTTGAATTGTCAAAGCCAACTAATACCGTGACCCGACTGATACCTCTAACCCCACTCACTGGATGATGTTTGCAAGCTGTGCCTTCTGAGAGAGTGCTTAGGCCCTGTCTCTCTTTTTTAATATTATGGGGAAACCACTAACTATCCAACCAGCTTATACAGCACACTAAGGTGGGCTTCAGTGCTCACTCAATGTGTTTAGGCAGATTCCACTTTTGAAAAAAAATATGAAATGTGTGCTCAACTGCCAGTAATTTTTTAAAAAGCACTGTCCCAGTGGATTGATGTTGTTTTTAATGGATATTTTGGGTTTTTCTCTGTTTTGATAGTATTGGGTATTTGGTTGTTTTTGTTTGTTTATTTCTTTGTTTTAAAAGCCATGTTTTTGGTTGGGCTCTAAGCTAGATATCTTTCCCTCTTTTTCACTTTGAGCTTTGGGAAAACTCTTTATCTTATGAGGCTGTATTCCTCAATACCTAATTTGTGTCCAAAGAATTTATAGCTTTTCTGGACATTTTTTATTATTTCTTGGGTGTGACATCAGAGTATTTGACCTGCAGTATTGAAAAAGGAGAATTCAGAATGATACAGTATTTTAACAAATCTTAATTATTAAACTCTTTTCCTTCCTTCCATTTCTCCCTCCCTTGTCCATCTCTCTCTCTCTTTCCCTTTCCTCAGTGATGTGAAAATAATTGTGTTTTGCTGAACTTGTTATCTTCATTCAATTTCCTCTTGACTAAAACATCTCTGGTGCCAACGTAATACTTCTGAACCAAATCACTGTGACTCAAGGAAAGTCACTGACAGCATAAGAGAAGTTTGCTAAAATATTTGTATGTGGGGGAAGCTCTGGAGTGTGCCTAGGAGGGGGCTGGCTGCCTTTATGTCCCAGGATGACTCTTTATGGGTGGGATTACATTGCACCCTCTGAGGGTGCAGGCTAGACCGTCTCCTGAGAGGAAGTTAGGATCAGAAAGAAGAAGCAAGCAGCAACCTCTGCAGGGCTGACAGGATTTAAAGGAGAGAATGTTCTTATTTGGAAGCAGCTGTGGCTTGTCACCAATGTTCAAGGAGTGTTACTGTTCCGCCCTCTCTTTGTCAGAAGGGACACAGGTGGTAATTTGGAGATGGGGCCAGAGCTTCTGGCTTTTGGATTTGGTGTGTTCACTTGTGTTGGATAGAGCAGTGGCATGGCTTTGACCTAGTATGAACTGGTGTCTGCCCAGAGAGCAGCATGTAGCAGGGGGGAATGCTCAGGTTTGTGCCTGGCTCTGTGGAGCTGTACAACCCTTCTCACCCTGTGGGTTGGAGCCGAGTCAGGCCACTATGGGGAAGCAGTTGCCCCACAAAATGTGGTTTGCTGACCTATTTCTAAACTGTTGAATATGCTGCACCATTGCTGAAATGAAAGATGACTCTGGGGGAGCAGAGCTTGGCCTTGTGCCCAGCTGGCAGCCCCCTCTGCCAGCCTTTCTGCTGCTTTTGCTGCTGTAACAGCAATAGTGGAGAAAAATGTAAAATTTGGTCTTCCAGCTTAATGCAGTGTGAACAATAGATGGTTAGGAAAACAAAACTGCTTAGAAGCCCCTTTCTCTAGAGCAGTTTTATGTCATTTGTAAAAACACATATTAGCAAATTCGTTTGCGTAGGTTTCTATTAAATATTTGACTTTTTTTTTCTTATTAAGAAAATGAAATCCCTTACACCAGATATCAGTTAATTCAAACAGAAAACCCTTTGGGTATCACCAAATTGAAATGGTATTCTTCCTTAACTCTTCCTTCTTTCCTTTATTTGTTTAGACGTGCTTCATCCCGAAGTGGTGCTATGGTCTGTTAAACAGGGCTGGCATCAGGTAGAGGGAGCAGAGTGGTGACCTGATAGCTCCTGTCATCGTGTTAGTTTTTGATTCTATTTAAGGGAAGTAGCTGAGATTTAGACGGATGTAGATGCTCTTTGGGTGAATGGAATCATAAGCAAAGGTTGTGTTCTGGGGTGAGGATCATGAGAGAGATATTTATCACATGCACATGCCTTTATATAGCTGGTCTCCTTGGGTGGTTTATGTGTGTTTTGTTTATTTATTGAATATGTTTTCCCTTGCTTTAGGGGTTTTATAGGTCATTTTTCTTAATAGAAGCTGTGATCGACTTAGAATCCAAATTTGAGGAGTAAGCAGCATAACCTTCTACCTTGTAATATGTAACTATTCTAATCCAGTGGAATCTTACGGAAAACACAGAGAAAACCCCTTTTATCATTTGCCACAGAAGGCTGCTGTCTCCCTTCTGATTTGGTGGGCAGGTATTGTTTTTGAGCCAGTATTTAACAGAGTTTTTTAATCTATAAGATTTTTTTTGAATCTATTTCATTGTGTTTGTTTTTCATGTTGGAACAATCTCTCTGGAAGTGCCTCTTCTTGTGGCTTTTACAACTTCATTTCTTTCTGGGGTCACCTGTGATGGGCTTTGATGTGGTGTCAATTTGGGGCCTTGTGTTTGTGCCAGAGGGATACACATATTAAACTGCAGGCCACCTTCCTGGTCCAGACTGTACTGTGTGAACCCCACTGACTAAATTAGTGAGAACCATAGGCGTTGGAATTTCTCACCTTTTACAATGATAGACTTTTGCATTGGGACCAATGAATCTGGTGTGAAAAACCCTGCTGTAGTAGTGAAAGAGCATCAGGAGATACTGACTGTACCTGAGGGCCAAAACAGGAGCAGGTAACGAACCGTAAAAAAAGGAGCAGGTAATGAATCGTAACCAAAACTACAGTTGATCCTCCGCAAAGGAAAGCTCTTTACCCAGAATGTCCTTCCAGAGTCATTCAGGAAGGACAAGGGAACACCCTTGGGAAATGGGCTAGTGGAGGGCTGTTGACTGCAGTGACACCTGGGTGCTCCGGAGGTATCTGTTCTGTTGACCTGTAAGGAAGCAGTCGATCCTAGAGTGTCAGAACAGAGCCATTCTCTCCTCCTGAGTAGGAACGTTTCTGTTCAGTTTCCCTCACAGCAGCCTGTGTTAGCATGCAGTTGAAAATACTGCCGTCTAGGAGAACCTGTGGTCACTGGGAACGTGCCCCACAGTGACTGGCCATGCAACCAGGTGATTTTTAGGAATAGATGTCTCTAGACTCTGTCTCCTTTCCTACAAGGCCTCACACAGATGCTTGAGGCTAATGGCCCCCATTCTGAGGTCATTTTTGTGTAGAACTCCTTTCCCCAGGAGAGAGCCTTATCTCTGCCCTCCTTTACCCTGAAGGCTTCAAACGGAAGACAGGACCTAGATCTAAACCTAGATACTAGCATTTTGTGGGATTGTCTAGAATTTGGGGAAGATTTGGGTTCCTAAGATGCACAAGCGTTTTACACCAGTGGTGATTAACTCAACTAAAACCCACTGTAGGAAGTTAGCTTCCCCAGACAGCTAATGCCGAGATCTTCTACCAGCGTAGAGTTGACAGAAGCAGGCCAGCGAGGAGGTGTGGGACATAATAGCCTGAGTGCTTGGGTTACCATGGAGACTGGAGTGTGTGAGGCCACAGCCTGTGCTAAAGAGCCATGGAGCCCTCCCCTGGCCATGTCTGGGGACAGATAGAACCTGTTGGGGGAAATATTCCCTCACCCCAGGGTTCTTTCTGCAGAGCAAGGGTTGCCTTTGTCCTATCCCTGAGCTTGCTCAACAAGAGAAACAAGGTTTCTTAAGTGTTTTGGTTAAAGTTTTCATTCTTATTTGACTATGTATATGTAATTGTAAAGAAACGATCCTATGCATTGTCTTTCTTTTATATTCTTGTAATATTCTGAAATTAAAATTGTTTTGTTTCATATCCAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213390-ARHGAP19:NM_032900:11
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.859 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)