HsaINT0011340 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000213390 | ARHGAP19
Description
Rho GTPase activating protein 19 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23724]
Coordinates
chr10:97222176-97229225:-
Coord C1 exon
chr10:97229147-97229225
Coord A exon
chr10:97226133-97229146
Coord C2 exon
chr10:97222176-97226132
Length
3014 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACTA
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
TTGTTTTTCCTTCAACCTAGGAT
3' ss Score
9.83
Exon sequences
Seq C1 exon
TTATTTTCTGGCTCTCCAGCTGTCACGATGACACCAACAAGATTGAAGTGGTCTGAAGGGAAGAAAGAGGGGAAAAAAG
Seq A exon
GTACTAATTGTACTTACTCTCTGTTCTTACTAAATGTAATTCCTTTCTGCATCTAGTCAGTAGCATTTGTTTGAATTCCCAGGATAGTACATTTGTAGTCAGAAGTGACATAAAAATTACAAGGCCAGGTCCTTGCCCTTGAGTTCATTCACCAGATGGTTATTGAACCATTTACTCAGCATTGTCTTGGGTGCTAAGGGTAGAGCTGTGAACACAGACCCACATGGTCCCTGTGTTCTTGGACAGACAGGACACATGGGGGAAAATACCTTAAGAATACTTGCGAAGCAAATTAAAAACAAGTGTAAATGAATTTGTGAAACCAAGTTCAACAGTGCTGGGAGTATGCTTATGGAATAGTTAGGTTCCTTTTCTGTGTAGGCCAGCCCTAATTAGTGAAGCTTTCTAGATCAACAGCTCGTGCCTAAGGATCCTGGAAGTCATATCATACAGCATATTTTGGGGGCTATTTAGGACAAAGAGGACTATTTAATGCTGGGACTGCTGATTGTCCCAGGCTCTTCTGGTAAAAGCCTGCTGTGCCTTCCTCTGAAGGAGCCAAGTGGGTCAATGGAAAGACCGTGAGATTTGTGGTTAGTCCTGATGGGAGTTATCATTCCTCTGACCCAGGAAAACCACCCATTCTCTATGAATTCAAGTTTTCTCCTCTGAAAATGAGGATAAAAGTTACATCTACTTCACAGATTTATTAATTTATTATGAGGCTCAATTGAAATAATGTTTTGGCAGCACATTGTCATTGTTAAATCATTAACAAGTGGTTATAGTTGTTACTGTAGAAAACGGGCTGAAACCTGGTCTTGTTATATAAGGCTCATGTGGCAGCTGAAGTGAGTCTGGTTTGACATGATTGTTTTATCACTGGGATATGAGCATAATTACTATTTGAGACATCAGCAATAGGCAGAGATCAAAAGCCTAATCCTTATGGATAAATTCTTTTCTGGAAAATTAGATTTCAGTATATTCTTCTTACTTATCCTTGAATGAATTATCTAAACTCTCTTTTCTTTCCTCGTTGCTTCTGTCTTCCAGGCTGGGCTGTCTAATTGAGACAAGATGGGGGTTTGAGTTTTTTGTGTCTAAATATTTCTGTATGTCCATGAATCAAAACCAAGCATAAGTTATTTTTGAAGGCTACATTGTTTTGTATCAGTTACAACTTTTGTTGCTGTCATTTTTGAAAGACATGCGGAAATAATACCTTTCTGTATTGACAGCTCTACCTTGGAAAGAAAGAAAGACGTTTTTTAAAAACCAGTCTAATATTTCACCAATAAGCTTTAGAGCAGGGATTGTTGACCTTGTCATCTGTGGACTTCCTAAATGGTCTAATAAAGTTCCCGGTATTGTTGATGCAATCTTTTGTGTAGGTACATATGTGTATTTTTCTGGGGGAGAGAATATATGGTTCTAATTAGATTCTCAAAAATGTTAGTAGTTCAGAGAAGTCGAGATAATGAATGACCCTCAATTGGATCAGGCAATGGCATTTTCACTTTACTCTCTCCTGGTCACTTCCTCTATCTGGAAATGCCTTCCTGGTGTTATGATGCTACATTATTCTCGTTCTTCTTCCTCTTTAATTCTTTTCCTTATCTGCAGTGGCTTACTGTTGTTTGCCTATTCCACTACATCTTTATTTTTTTCAATGCTCTATCTTAAGTTCTGCTCTTAAGTTCTGTTCGTTTCTGCACCTGCTTCTCCTGCCTCTTTGCAGCTTGGTCTCCTTCCACTGCTCAGCTCTGCTCTCTGTATGATAACTACTTCCAGCCTGGCAATGCCAGGTCTGAACTCTCTTCAGACATTGGCAGTCTCCAAGCCCACAGATCCAGGTGCCTGCCATGTATTTCTTTTATACAACAATGAATATACAACCTCAGATTTTTTGATAGTGATGTTTATAATAAAAGTAACATATTCTTTGAAGAAGATAATGTAATTTTATTACTGTGATCAACAACATAATCCAAAAAGACTATTATTTAGTACAGGATTTCTCAACCTTGGCACACTACTGACATGTTGGTTCAGATAATGCTTTGTTGTAGGAGCTGCCATGTGCACTGTATGATGAGCAGCCTTCCTGGCCTTTACCCCATCGATGCTGGGAGCATCCTTCCCCCAGTTGTGATAAGTAAAAGTGCTTCTAGACATTGCCAAATGTCCCATGGTGGGTGAGGAGGCAAAGTCATCTCCACATGAGAACCACTGATTTAGCACCTACTTATTATGGCCATTATTTTCAGTAGTCAAAATCTTACCCATTCTTCAAAGTCTAGCCTAAATCTCACCTCCTCTTTGAAACTTTCTCTGGCTAACACAGCCAAATATAATACTTTTTCCTTTGAACTTATTAATGCTACAAAAATATTGACACTTAGTATGATTTACTGTATTTACTTCACATATTGTCTTATCTCTGTAACTAGTTTTTCTTCTAGAAGACAAAGGTCAGACTTAGTGTATTTGTGGCCTTCTGTCTCCTGTTCTTCTCATCTTCCGAAAAATGACAGTGCCTTGTGCTGAGTCGGCTTTTAGTAAACATTGAGTGTTGAGAGGGGCGGTGGTGGTAGGAGCATGAGTTCTGCATTCAGCTGGGCTTGGGTTCCATTCCCAGTTTTGCTGCTTAATAGCTTATATATTAGTCCTCGGGCAAATGAACTATGTAGGCTGCAGATTCTTACTCTGTAAAATGGTAGGAGTAGTACCTCATATACTGGTTATTGTGAGGATAAATAATGTACATAAATAACTTAGAGCAGCACAAAATATGTACTTACTGTTAGCTGTTACGGCCATTAAGATGATTTAATGAACGAGATTATATCAGGCAGATGTTTATTTGGTAGAGTCACACATTCTTAATTAAACTCATTAGCCTTCAGTTTGGAGAAAATATTAAGTGTAGACCCTGTAGCTTTTGAGTGGGATGTTTGCAAAAAGAAATATTTAAGAACATGTCTAACGCTCTTGTTTTTCCTTCAACCTAG
Seq C2 exon
GATTTCTCTGAAGGATCCAGAGTTGTCTCCTATGGTCCATGCAGAATTTTCTGTTTAGTGGGCAGGTGTTATTCCTGCCCACAGCAAAGCTTGGACTTGCAGCTTGCTTGCTGCATTTTGAATTGTCAAAGCCAACTAATACCGTGACCCGACTGATACCTCTAACCCCACTCACTGGATGATGTTTGCAAGCTGTGCCTTCTGAGAGAGTGCTTAGGCCCTGTCTCTCTTTTTTAATATTATGGGGAAACCACTAACTATCCAACCAGCTTATACAGCACACTAAGGTGGGCTTCAGTGCTCACTCAATGTGTTTAGGCAGATTCCACTTTTGAAAAAAAATATGAAATGTGTGCTCAACTGCCAGTAATTTTTTAAAAAGCACTGTCCCAGTGGATTGATGTTGTTTTTAATGGATATTTTGGGTTTTTCTCTGTTTTGATAGTATTGGGTATTTGGTTGTTTTTGTTTGTTTATTTCTTTGTTTTAAAAGCCATGTTTTTGGTTGGGCTCTAAGCTAGATATCTTTCCCTCTTTTTCACTTTGAGCTTTGGGAAAACTCTTTATCTTATGAGGCTGTATTCCTCAATACCTAATTTGTGTCCAAAGAATTTATAGCTTTTCTGGACATTTTTTATTATTTCTTGGGTGTGACATCAGAGTATTTGACCTGCAGTATTGAAAAAGGAGAATTCAGAATGATACAGTATTTTAACAAATCTTAATTATTAAACTCTTTTCCTTCCTTCCATTTCTCCCTCCCTTGTCCATCTCTCTCTCTCTTTCCCTTTCCTCAGTGATGTGAAAATAATTGTGTTTTGCTGAACTTGTTATCTTCATTCAATTTCCTCTTGACTAAAACATCTCTGGTGCCAACGTAATACTTCTGAACCAAATCACTGTGACTCAAGGAAAGTCACTGACAGCATAAGAGAAGTTTGCTAAAATATTTGTATGTGGGGGAAGCTCTGGAGTGTGCCTAGGAGGGGGCTGGCTGCCTTTATGTCCCAGGATGACTCTTTATGGGTGGGATTACATTGCACCCTCTGAGGGTGCAGGCTAGACCGTCTCCTGAGAGGAAGTTAGGATCAGAAAGAAGAAGCAAGCAGCAACCTCTGCAGGGCTGACAGGATTTAAAGGAGAGAATGTTCTTATTTGGAAGCAGCTGTGGCTTGTCACCAATGTTCAAGGAGTGTTACTGTTCCGCCCTCTCTTTGTCAGAAGGGACACAGGTGGTAATTTGGAGATGGGGCCAGAGCTTCTGGCTTTTGGATTTGGTGTGTTCACTTGTGTTGGATAGAGCAGTGGCATGGCTTTGACCTAGTATGAACTGGTGTCTGCCCAGAGAGCAGCATGTAGCAGGGGGGAATGCTCAGGTTTGTGCCTGGCTCTGTGGAGCTGTACAACCCTTCTCACCCTGTGGGTTGGAGCCGAGTCAGGCCACTATGGGGAAGCAGTTGCCCCACAAAATGTGGTTTGCTGACCTATTTCTAAACTGTTGAATATGCTGCACCATTGCTGAAATGAAAGATGACTCTGGGGGAGCAGAGCTTGGCCTTGTGCCCAGCTGGCAGCCCCCTCTGCCAGCCTTTCTGCTGCTTTTGCTGCTGTAACAGCAATAGTGGAGAAAAATGTAAAATTTGGTCTTCCAGCTTAATGCAGTGTGAACAATAGATGGTTAGGAAAACAAAACTGCTTAGAAGCCCCTTTCTCTAGAGCAGTTTTATGTCATTTGTAAAAACACATATTAGCAAATTCGTTTGCGTAGGTTTCTATTAAATATTTGACTTTTTTTTTCTTATTAAGAAAATGAAATCCCTTACACCAGATATCAGTTAATTCAAACAGAAAACCCTTTGGGTATCACCAAATTGAAATGGTATTCTTCCTTAACTCTTCCTTCTTTCCTTTATTTGTTTAGACGTGCTTCATCCCGAAGTGGTGCTATGGTCTGTTAAACAGGGCTGGCATCAGGTAGAGGGAGCAGAGTGGTGACCTGATAGCTCCTGTCATCGTGTTAGTTTTTGATTCTATTTAAGGGAAGTAGCTGAGATTTAGACGGATGTAGATGCTCTTTGGGTGAATGGAATCATAAGCAAAGGTTGTGTTCTGGGGTGAGGATCATGAGAGAGATATTTATCACATGCACATGCCTTTATATAGCTGGTCTCCTTGGGTGGTTTATGTGTGTTTTGTTTATTTATTGAATATGTTTTCCCTTGCTTTAGGGGTTTTATAGGTCATTTTTCTTAATAGAAGCTGTGATCGACTTAGAATCCAAATTTGAGGAGTAAGCAGCATAACCTTCTACCTTGTAATATGTAACTATTCTAATCCAGTGGAATCTTACGGAAAACACAGAGAAAACCCCTTTTATCATTTGCCACAGAAGGCTGCTGTCTCCCTTCTGATTTGGTGGGCAGGTATTGTTTTTGAGCCAGTATTTAACAGAGTTTTTTAATCTATAAGATTTTTTTTGAATCTATTTCATTGTGTTTGTTTTTCATGTTGGAACAATCTCTCTGGAAGTGCCTCTTCTTGTGGCTTTTACAACTTCATTTCTTTCTGGGGTCACCTGTGATGGGCTTTGATGTGGTGTCAATTTGGGGCCTTGTGTTTGTGCCAGAGGGATACACATATTAAACTGCAGGCCACCTTCCTGGTCCAGACTGTACTGTGTGAACCCCACTGACTAAATTAGTGAGAACCATAGGCGTTGGAATTTCTCACCTTTTACAATGATAGACTTTTGCATTGGGACCAATGAATCTGGTGTGAAAAACCCTGCTGTAGTAGTGAAAGAGCATCAGGAGATACTGACTGTACCTGAGGGCCAAAACAGGAGCAGGTAACGAACCGTAAAAAAAGGAGCAGGTAATGAATCGTAACCAAAACTACAGTTGATCCTCCGCAAAGGAAAGCTCTTTACCCAGAATGTCCTTCCAGAGTCATTCAGGAAGGACAAGGGAACACCCTTGGGAAATGGGCTAGTGGAGGGCTGTTGACTGCAGTGACACCTGGGTGCTCCGGAGGTATCTGTTCTGTTGACCTGTAAGGAAGCAGTCGATCCTAGAGTGTCAGAACAGAGCCATTCTCTCCTCCTGAGTAGGAACGTTTCTGTTCAGTTTCCCTCACAGCAGCCTGTGTTAGCATGCAGTTGAAAATACTGCCGTCTAGGAGAACCTGTGGTCACTGGGAACGTGCCCCACAGTGACTGGCCATGCAACCAGGTGATTTTTAGGAATAGATGTCTCTAGACTCTGTCTCCTTTCCTACAAGGCCTCACACAGATGCTTGAGGCTAATGGCCCCCATTCTGAGGTCATTTTTGTGTAGAACTCCTTTCCCCAGGAGAGAGCCTTATCTCTGCCCTCCTTTACCCTGAAGGCTTCAAACGGAAGACAGGACCTAGATCTAAACCTAGATACTAGCATTTTGTGGGATTGTCTAGAATTTGGGGAAGATTTGGGTTCCTAAGATGCACAAGCGTTTTACACCAGTGGTGATTAACTCAACTAAAACCCACTGTAGGAAGTTAGCTTCCCCAGACAGCTAATGCCGAGATCTTCTACCAGCGTAGAGTTGACAGAAGCAGGCCAGCGAGGAGGTGTGGGACATAATAGCCTGAGTGCTTGGGTTACCATGGAGACTGGAGTGTGTGAGGCCACAGCCTGTGCTAAAGAGCCATGGAGCCCTCCCCTGGCCATGTCTGGGGACAGATAGAACCTGTTGGGGGAAATATTCCCTCACCCCAGGGTTCTTTCTGCAGAGCAAGGGTTGCCTTTGTCCTATCCCTGAGCTTGCTCAACAAGAGAAACAAGGTTTCTTAAGTGTTTTGGTTAAAGTTTTCATTCTTATTTGACTATGTATATGTAATTGTAAAGAAACGATCCTATGCATTGTCTTTCTTTTATATTCTTGTAATATTCTGAAATTAAAATTGTTTTGTTTCATATCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213390:ENST00000358308:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.926 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development