HsaINT0013796 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000115966 | ATF2
Description
activating transcription factor 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:784]
Coordinates
chr2:175986172-175994935:-
Coord C1 exon
chr2:175994866-175994935
Coord A exon
chr2:175986269-175994865
Coord C2 exon
chr2:175986172-175986268
Length
8597 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
TTTAAAACTTTTTGCCACAGCGT
3' ss Score
7.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAATACAAGGACCTGTGGAATATGAGTGATGACAAACCCTTTCTATGTACTGCGCCTGGATGTGGCCAG
Seq A exon
GTAATATATAAATTACTTTAAATTATTTTGTATATTTCCACTTATTAAAACATTGATGATATAATATGTTATCACTAAAAGTATTTTCTTACAGTATTCTGTAAAATTTTAGAGTTAGGATGAAAAAAAACCCAGGAAACTTTTGGCAAGAAATTCTGCTTTTTCTTCAATAGTGCAACTGAGCTTTAGAAAGTATAATCCAATACGGAGGGGGGGAGCATTATATCTTGTAATGGAAAGGTGGAAATCCTACACAAAAGTCCAAGATATAAAAGTATAATTTGACTGTTATTGGTTGAAAATTATTGATAAACTGCCTAATTAGAAATCAGATCGATATTATATGAGAATTATTTTGCTTACTGAACTTTTATGAAATTAACTGGTATTTACTTCTTAGAGTATCACTAATGTATTAATGTTGTTAAGCCTAACGTCTTTAATATTGGGCATGTGGCAGCAGTTTCAGAAAGTAATATTTTAGTTTTTTTTTAACAACCCACTAAATTATTAATCTATTCCTATTATACTTATCTTAAAATAACTATAGACAGGAAGAATTAAAGAATAAATGTAATGTATAGCAAAGTTACAAAGTACTTAAATATACGGACCATAAATGTAAGTAAGCATTATTCTTTCTCATTTATTTTCTTTAGTTGATATTTTAAATTGAAATATAATTGACTTACAATAAACTGTATATACTTAAAATGTACCATTTGATAAGTTTTAACACACGTATACTCAAAACCATCAGCACAATCAGGATAGTAAACATACAATCACCCAAAAGTTTCCTCATGCCTATTTATAATTCCTCTTATCCCACCTACCTTCATCAATTACTGGTCTGCCTTCTGTTACTGTAGATTTGTTTGCATTTTCCAGAATTTTGTATAAATGGAATCATATAGTATGTATGTTTTTTCACTCCACATAATTCAATATTTCTCCATGTTATGTTACCAATAGTTAATTCCTTTTCATTGAGATATAATATTTCATTATCTCACAATTTATCTGTTCATCTGATGGATATTGGTTTACTTCTATTTTTTAGTTGTTAATAAAGCTGATGTGAATACTTGTGTACAAGTCTTTTTATGGACACATGCTTTCATTTCTCTTGGAGGAATACATGGGAGTATAATGATGGGATTATCTGATAGATATATGTTTGACTTTTTAGGAAATTACCAGGCTGCTTTTTTCATGTGTTTGTTGGCCATTTGTATCCCTTACATTTTGTGAAGTATCTTTTTAAATCTTTTGCTCATTTTAAAAAATTGGGTTGTCTTTTTATTATTGAGTTGTAGGAGTTCTTTATATATCCTGGATACCAGTCCTTGTCAGAGGCTTCTTTTTCTGTGGTTTGCATCTTAATTTTCGTAATAATATCTTTTGATGAGCAGATGTTTCTAATTTTAATGAATCCTAATGTATTAATTTTTTTCCTCTTATGGTTGTTGCTTTCTGTGACTTGTCAGAAATTTTTGCTTGCCTTTAGATTATGAAGGTATTCTCCTTTGTTTTCCTCTAAAACTTACTGTTTCATTTAGATTTCTCTTTAATCTTGAATTAATTTTTGTGTATGGTGTGAGATAGGGGTTGAAGCTAACTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAATTTCGCTCTTGTTGCCTAGGCAGGAGTGCAATGGCACAATCTCGGCTCACCACAATCTCCGCCTCCCAGGTTAAAGTGATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAGTAGCTTGGATTACAGGCATGCGCCACCACACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCTTCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGATCTCAGGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATGATAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCCAGTTGAAGCTAAGTTTTTAAAAAATACGGGTTTAGATATCCCAGCATAATTTCCTGAAAAGATTTTTCTTTCCTCATTAAACTGCTTTGGCTCCTTTAATGAAAATCAAATGATTGTGTAAGTGTGGGTCTGTTTCTGGGCATTATATTCTGTTCCATTCATCACTCTGTCAACTTTTATGCTAGTACCACACCATTTTGATTACTCTAGCTTTACAGTTAGTGTTCCAGTCAGTTAGGGTAAATTCTCCAATTTAGTCCTCATTTTTCAAGATATTTTTGGTTAGTCTCTTAAGTTTTAGTCATTCTGGTGAGGGTTTAATGGTATCTCATTGTAATTTTGATTTATGTGATATTTAATGATGTAGAGCGAGGTAAACATAGGAGTTATCAGGGTTAATGCAATTTTAGATAGGTTAACCAGGGAATGTGCCTCTGCTAAGGTGACATTTGAACAAAGACCTGAAGAAAATGCAGGAGCAAACCTTGTATGTTTCTAGACTAAAGGAGCAGCAAATGTAAAAGCTCTAGGGAGGGAATGTGTATGGTGTGTTTAAGAACAGAAACGCAACTACTGTGGCTGGAGCATATAATGACCAACAGAGAGAAGGTTAAGAGAGGAGGTCAGAGGAGACAGAAAAAAAGACATATCCTATGATAAGGTGTTTGGGTTTTATTCACTGAGCAGTGAAAAGCCACTGCTGAGTGGTCACAGGGAGACAAGAGGCTGACAGCAGTCCAGGTGAGAGATGATGGTGGTTTGAATTAGGTGTTAACAGTGGACACAGAGAGAGAAATAGGCTAATTTGACATATGTTTTGGAGATATATTTGACATATATATTTTTCTGTAAAGTTAAGAGAGCTAAAAACTACAGTTCTCTTTGCACCTAGAATTCTGCATATGATTTTAGGTTTCACCAACCAAATTTACTCTTTCTGGTAAATCAGATTTACTTTAACTTTTTTTTTTTTTTTTCTCGAGACAGGGTCTCACTCTGTCACCCGGGCTGGAGTGCAGTAGCATGATCATGACACACTGAAGCCTCAACCTCCTGGGCTCAGGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCAGAGTAGCTGGGACCACAGGTGCTCACCACCACACCTGACTAATTTTTTGCTTGGTTTTTTTTTTTGGATACAGGATCTCTCAATGTTGTCCAGGCTGTTCTCAAACTCCTGGGCTCAAGCCATCTGCCTACCTTGGCCTCCCAGTGTGCTGAGATTGTAGACATGAGCCACTTCGCCTGACCCACTTTACTTTTTGGATTTGGTACTGAGTTAAATGGAATGAGAGATAGTATTACTCAAATCATCCATTTTGCTGGCTTGGAGTGAACAAACAACTTGATTCTGTAATCCCTGAAGTACAGCTAATGCAATATGTGTTTCTAGGGCCAGCCTTTGGACAAAGACTAGTTTTGACATGTTCTAGATATCATTCTTGGAGACTCAAAAAAGCCCTTTCCTGATTCTCTTCTGCTTAAAATAGTTAGAATGGGTTTTGTGATTGAATTCTTACTAATACACATGCCATTTTAAATAAAAGCATTACAATTAAACAGAAGAAAAACTGATTGCTGAACATTAGAATTTGTGTGTGTATGTGTATCATAAGGAATTGTTAAAAGACCTCTGTAACATTAACTATATATGTGAAAAACATTAAGAAGTTAGGGAATTATTTTTTTAGGTTTCCTACTATTAAAGGAGTTAACATGCATACTTTCTACCTCCACTTCCCTATCCCCTAATGTCTGATAATTACTCTTATTTTTTCCATTGTCGAGGTTTGTAATACTTACATTTTGTCTTATCCATAATTCCCATATTTGCTTAGTTTTACTTCTGTATCACAATAGTATAGATGGAAGGGTGAAAGCTAAGCTTTAGGGCACCTCTGGTGTTTAAAAGTCAGAAAGAGGAGGAGAATGTAGCACAGAAGATTAAGAAGTAGCAACCAGTGAGGAAAATTGAATCTTGAAAGTTAGAAAAAATATTTCAAAGTAAGAGAAACAATATAGTCATATCCTAAATAGGATAAGATGATAATTCAGTATTTACTATTGAATTTAGAGACTATGATAAGAGTAGCTTTCAATGAAGGGGCAGTAACAACAGTGTAATTGGAGTAGGTTGAAGAGAGAATGGGAAGAACCAGAAATGGAGACATTATAGGACAGTTCTTTCTTGGAGGTGTAGCTAAAGGGAAAGTGAGATACATAGCTTCAATGTAGGATTGAAGATGGTGGAACTTTTTTGTTTTGCATTTTAAGGTGGGAATATCACAGCATATTTGGCAATGCAGAAAATGGGACCATTGCAGGAGTGGGGTCCTTAAATAGCTAGGAGAGGATGGGATTTAGTTTTATTTTTAAAACAAAATTGGGACCATACTGCACAGTTTTGTATTCTGTTAGTATTTGGATGACATTACACATATCAGCATTTTGTGTATTAATCGAAAGCATGGCTTTAAGTCACTATTGCTTGAGCATGTCTGATTCCACTATTATAAACTTTTAATTTTGGTATTATAAGCAACATTGTGATGAATATCTTTCTACATAACCCTTTGTATATGTCTACTTAGTTTCTTAAAATACATTTTGGAACTAGAATAACTGGATTTAAATGTTTACACGTTTCTAAGTTTCTTCGTGTATTTTGCCAAATTGTTTTTTAAAAGCTAAATCAATTTTTTATACTCACTCATAATTGAATTCTCACTAATAGTGATGCTTTTAAACATTAAACATTTGATCCTGAGTATTATTTTAGGGGGGCCTGTGTTCGTACCCTAAGATACTTAAAATAATCTCTTTGCAAGTATTACTGATCAAAATATAACCTGGCTACTCATCCATTTGTTAAATCTTGCTGAGAACAGAAATGGTATGGTCTGTTTTTAGATTTATATAATATTTCCTAGGAACTACTTAGTAAGAATTGGTTTTAGAAGCATCATTTTGATGGTGACTGCTTTTTCACAAGATTGCTTTTTCACACAGTCTTTTTAAGTTTCTTGTTATTTTTTGTCACCAGTAAGCAATGACATTATTCTG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Seq C2 exon
CGTTTTACCAACGAGGATCATTTGGCTGTCCATAAACATAAACATGAGATGACACTGAAATTTGGTCCAGCACGTAATGACAGTGTCATTGTGGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115966-ATF2:NM_001880:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.024 A=NA C2=0.739
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138941=zf-C2H2_4=PU(34.6=37.5)
A:
NA
C2:
PF138941=zf-C2H2_4=PD(57.7=45.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)