MmuINT0020229 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027104 | Atf2
Description
activating transcription factor 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:109349]
Coordinates
chr2:73691852-73701295:-
Coord C1 exon
chr2:73701226-73701295
Coord A exon
chr2:73691949-73701225
Coord C2 exon
chr2:73691852-73691948
Length
9277 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TTTAAAACTTTTTGCCACAGCGT
3' ss Score
7.16
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CGTTTTACCAACGAGGATCATTTGGCTGTCCATAAACATAAACATGAGATGACACTGAAATTTGGTCCAGCACGTAATGACAGTGTCATTGTGGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027104-Atf2:NM_001025093:5
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.130 A=NA C2=0.818
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138941=zf-C2H2_4=PU(34.6=56.2)
A:
NA
C2:
PF138941=zf-C2H2_4=PD(57.7=45.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
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Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
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