HsaINT1004721 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000115966 | ATF2
Description
activating transcription factor 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:784]
Coordinates
chr2:175121444-175130207:-
Coord C1 exon
chr2:175130138-175130207
Coord A exon
chr2:175121541-175130137
Coord C2 exon
chr2:175121444-175121540
Length
8597 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
TTTAAAACTTTTTGCCACAGCGT
3' ss Score
7.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAATACAAGGACCTGTGGAATATGAGTGATGACAAACCCTTTCTATGTACTGCGCCTGGATGTGGCCAG
Seq A exon
GTAATATATAAATTACTTTAAATTATTTTGTATATTTCCACTTATTAAAACATTGATGATATAATATGTTATCACTAAAAGTATTTTCTTACAGTATTCTGTAAAATTTTAGAGTTAGGATGAAAAAAAACCCAGGAAACTTTTGGCAAGAAATTCTGCTTTTTCTTCAATAGTGCAACTGAGCTTTAGAAAGTATAATCCAATACGGAGGGGGGGAGCATTATATCTTGTAATGGAAAGGTGGAAATCCTACACAAAAGTCCAAGATATAAAAGTATAATTTGACTGTTATTGGTTGAAAATTATTGATAAACTGCCTAATTAGAAATCAGATCGATATTATATGAGAATTATTTTGCTTACTGAACTTTTATGAAATTAACTGGTATTTACTTCTTAGAGTATCACTAATGTATTAATGTTGTTAAGCCTAACGTCTTTAATATTGGGCATGTGGCAGCAGTTTCAGAAAGTAATATTTTAGTTTTTTTTTAACAACCCACTAAATTATTAATCTATTCCTATTATACTTATCTTAAAATAACTATAGACAGGAAGAATTAAAGAATAAATGTAATGTATAGCAAAGTTACAAAGTACTTAAATATACGGACCATAAATGTAAGTAAGCATTATTCTTTCTCATTTATTTTCTTTAGTTGATATTTTAAATTGAAATATAATTGACTTACAATAAACTGTATATACTTAAAATGTACCATTTGATAAGTTTTAACACACGTATACTCAAAACCATCAGCACAATCAGGATAGTAAACATACAATCACCCAAAAGTTTCCTCATGCCTATTTATAATTCCTCTTATCCCACCTACCTTCATCAATTACTGGTCTGCCTTCTGTTACTGTAGATTTGTTTGCATTTTCCAGAATTTTGTATAAATGGAATCATATAGTATGTATGTTTTTTCACTCCACATAATTCAATATTTCTCCATGTTATGTTACCAATAGTTAATTCCTTTTCATTGAGATATAATATTTCATTATCTCACAATTTATCTGTTCATCTGATGGATATTGGTTTACTTCTATTTTTTAGTTGTTAATAAAGCTGATGTGAATACTTGTGTACAAGTCTTTTTATGGACACATGCTTTCATTTCTCTTGGAGGAATACATGGGAGTATAATGATGGGATTATCTGATAGATATATGTTTGACTTTTTAGGAAATTACCAGGCTGCTTTTTTCATGTGTTTGTTGGCCATTTGTATCCCTTACATTTTGTGAAGTATCTTTTTAAATCTTTTGCTCATTTTAAAAAATTGGGTTGTCTTTTTATTATTGAGTTGTAGGAGTTCTTTATATATCCTGGATACCAGTCCTTGTCAGAGGCTTCTTTTTCTGTGGTTTGCATCTTAATTTTCGTAATAATATCTTTTGATGAGCAGATGTTTCTAATTTTAATGAATCCTAATGTATTAATTTTTTTCCTCTTATGGTTGTTGCTTTCTGTGACTTGTCAGAAATTTTTGCTTGCCTTTAGATTATGAAGGTATTCTCCTTTGTTTTCCTCTAAAACTTACTGTTTCATTTAGATTTCTCTTTAATCTTGAATTAATTTTTGTGTATGGTGTGAGATAGGGGTTGAAGCTAACTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAATTTCGCTCTTGTTGCCTAGGCAGGAGTGCAATGGCACAATCTCGGCTCACCACAATCTCCGCCTCCCAGGTTAAAGTGATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAGTAGCTTGGATTACAGGCATGCGCCACCACACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCTTCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGATCTCAGGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATGATAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCCAGTTGAAGCTAAGTTTTTAAAAAATACGGGTTTAGATATCCCAGCATAATTTCCTGAAAAGATTTTTCTTTCCTCATTAAACTGCTTTGGCTCCTTTAATGAAAATCAAATGATTGTGTAAGTGTGGGTCTGTTTCTGGGCATTATATTCTGTTCCATTCATCACTCTGTCAACTTTTATGCTAGTACCACACCATTTTGATTACTCTAGCTTTACAGTTAGTGTTCCAGTCAGTTAGGGTAAATTCTCCAATTTAGTCCTCATTTTTCAAGATATTTTTGGTTAGTCTCTTAAGTTTTAGTCATTCTGGTGAGGGTTTAATGGTATCTCATTGTAATTTTGATTTATGTGATATTTAATGATGTAGAGCGAGGTAAACATAGGAGTTATCAGGGTTAATGCAATTTTAGATAGGTTAACCAGGGAATGTGCCTCTGCTAAGGTGACATTTGAACAAAGACCTGAAGAAAATGCAGGAGCAAACCTTGTATGTTTCTAGACTAAAGGAGCAGCAAATGTAAAAGCTCTAGGGAGGGAATGTGTATGGTGTGTTTAAGAACAGAAACGCAACTACTGTGGCTGGAGCATATAATGACCAACAGAGAGAAGGTTAAGAGAGGAGGTCAGAGGAGACAGAAAAAAAGACATATCCTATGATAAGGTGTTTGGGTTTTATTCACTGAGCAGTGAAAAGCCACTGCTGAGTGGTCACAGGGAGACAAGAGGCTGACAGCAGTCCAGGTGAGAGATGATGGTGGTTTGAATTAGGTGTTAACAGTGGACACAGAGAGAGAAATAGGCTAATTTGACATATGTTTTGGAGATATATTTGACATATATATTTTTCTGTAAAGTTAAGAGAGCTAAAAACTACAGTTCTCTTTGCACCTAGAATTCTGCATATGATTTTAGGTTTCACCAACCAAATTTACTCTTTCTGGTAAATCAGATTTACTTTAACTTTTTTTTTTTTTTTTCTCGAGACAGGGTCTCACTCTGTCACCCGGGCTGGAGTGCAGTAGCATGATCATGACACACTGAAGCCTCAACCTCCTGGGCTCAGGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCAGAGTAGCTGGGACCACAGGTGCTCACCACCACACCTGACTAATTTTTTGCTTGGTTTTTTTTTTTGGATACAGGATCTCTCAATGTTGTCCAGGCTGTTCTCAAACTCCTGGGCTCAAGCCATCTGCCTACCTTGGCCTCCCAGTGTGCTGAGATTGTAGACATGAGCCACTTCGCCTGACCCACTTTACTTTTTGGATTTGGTACTGAGTTAAATGGAATGAGAGATAGTATTACTCAAATCATCCATTTTGCTGGCTTGGAGTGAACAAACAACTTGATTCTGTAATCCCTGAAGTACAGCTAATGCAATATGTGTTTCTAGGGCCAGCCTTTGGACAAAGACTAGTTTTGACATGTTCTAGATATCATTCTTGGAGACTCAAAAAAGCCCTTTCCTGATTCTCTTCTGCTTAAAATAGTTAGAATGGGTTTTGTGATTGAATTCTTACTAATACACATGCCATTTTAAATAAAAGCATTACAATTAAACAGAAGAAAAACTGATTGCTGAACATTAGAATTTGTGTGTGTATGTGTATCATAAGGAATTGTTAAAAGACCTCTGTAACATTAACTATATATGTGAAAAACATTAAGAAGTTAGGGAATTATTTTTTTAGGTTTCCTACTATTAAAGGAGTTAACATGCATACTTTCTACCTCCACTTCCCTATCCCCTAATGTCTGATAATTACTCTTATTTTTTCCATTGTCGAGGTTTGTAATACTTACATTTTGTCTTATCCATAATTCCCATATTTGCTTAGTTTTACTTCTGTATCACAATAGTATAGATGGAAGGGTGAAAGCTAAGCTTTAGGGCACCTCTGGTGTTTAAAAGTCAGAAAGAGGAGGAGAATGTAGCACAGAAGATTAAGAAGTAGCAACCAGTGAGGAAAATTGAATCTTGAAAGTTAGAAAAAATATTTCAAAGTAAGAGAAACAATATAGTCATATCCTAAATAGGATAAGATGATAATTCAGTATTTACTATTGAATTTAGAGACTATGATAAGAGTAGCTTTCAATGAAGGGGCAGTAACAACAGTGTAATTGGAGTAGGTTGAAGAGAGAATGGGAAGAACCAGAAATGGAGACATTATAGGACAGTTCTTTCTTGGAGGTGTAGCTAAAGGGAAAGTGAGATACATAGCTTCAATGTAGGATTGAAGATGGTGGAACTTTTTTGTTTTGCATTTTAAGGTGGGAATATCACAGCATATTTGGCAATGCAGAAAATGGGACCATTGCAGGAGTGGGGTCCTTAAATAGCTAGGAGAGGATGGGATTTAGTTTTATTTTTAAAACAAAATTGGGACCATACTGCACAGTTTTGTATTCTGTTAGTATTTGGATGACATTACACATATCAGCATTTTGTGTATTAATCGAAAGCATGGCTTTAAGTCACTATTGCTTGAGCATGTCTGATTCCACTATTATAAACTTTTAATTTTGGTATTATAAGCAACATTGTGATGAATATCTTTCTACATAACCCTTTGTATATGTCTACTTAGTTTCTTAAAATACATTTTGGAACTAGAATAACTGGATTTAAATGTTTACACGTTTCTAAGTTTCTTCGTGTATTTTGCCAAATTGTTTTTTAAAAGCTAAATCAATTTTTTATACTCACTCATAATTGAATTCTCACTAATAGTGATGCTTTTAAACATTAAACATTTGATCCTGAGTATTATTTTAGGGGGGCCTGTGTTCGTACCCTAAGATACTTAAAATAATCTCTTTGCAAGTATTACTGATCAAAATATAACCTGGCTACTCATCCATTTGTTAAATCTTGCTGAGAACAGAAATGGTATGGTCTGTTTTTAGATTTATATAATATTTCCTAGGAACTACTTAGTAAGAATTGGTTTTAGAAGCATCATTTTGATGGTGACTGCTTTTTCACAAGATTGCTTTTTCACACAGTCTTTTTAAGTTTCTTGTTATTTTTTGTCACCAGTAAGCAATGACATTATTCTG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Seq C2 exon
CGTTTTACCAACGAGGATCATTTGGCTGTCCATAAACATAAACATGAGATGACACTGAAATTTGGTCCAGCACGTAATGACAGTGTCATTGTGGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115966:ENST00000264110:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.027 A=NA C2=0.738
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains