MmuINT0020239 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027104 | Atf2
Description
activating transcription factor 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:109349]
Coordinates
chr2:73688921-73701295:-
Coord C1 exon
chr2:73701226-73701295
Coord A exon
chr2:73689040-73701225
Coord C2 exon
chr2:73688921-73689039
Length
12186 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
CTTCTTGGCATTTATTTCAGATC
3' ss Score
8.84
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAAAACACGGACCTGTGGAATATGAGTGATGACAAACCCTTTCTATGCACTGCCCCTGGGTGTGGCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCAGACTCCAACGCCAACAAGATTCCTAAAAAACTGTGAAGAAGTGGGTTTGTTCAATGAGTTGGCAAGTCCATTTGAAAATGAATTCAAGAAGGCTTCCGAAGATGACATTAAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027104-Atf2:NM_009715:5
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.130 A=NA C2=0.378
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138941=zf-C2H2_4=PU(34.6=56.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: