MmuINT0020239 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027104 | Atf2
Description
activating transcription factor 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:109349]
Coordinates
chr2:73853795-73863238:-
Coord C1 exon
chr2:73863169-73863238
Coord A exon
chr2:73853892-73863168
Coord C2 exon
chr2:73853795-73853891
Length
9277 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TTTAAAACTTTTTGCCACAGCGT
3' ss Score
7.16
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CGTTTTACCAACGAGGATCATTTGGCTGTCCATAAACATAAACATGAGATGACACTGAAATTTGGTCCAGCACGTAATGACAGTGTCATTGTGGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027104:ENSMUST00000112016:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.071 A=NA C2=0.818
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types