RnoINT0022298 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000001597 | Atf2
Description
activating transcription factor 2 [Source:RGD Symbol;Acc:621862]
Coordinates
chr3:60755942-60765642:-
Coord C1 exon
chr3:60765573-60765642
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr3:60755942-60756038
Length
9534 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TTTAAAACTTTTTGCCACAGCGT
3' ss Score
7.16
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CGTTTTACCAACGAGGATCATTTGGCTGTCCATAAACATAAACATGAGATGACACTGAAATTTGGTCCAGCACGTAATGACAGTGTCATTGTGGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000001597:ENSRNOT00000002174:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.818
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]