BtaINT0022494 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002295 | ATF2
Description
activating transcription factor 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:784]
Coordinates
chr2:21775126-21787332:+
Coord C1 exon
chr2:21775126-21775195
Coord A exon
chr2:21775196-21787235
Coord C2 exon
chr2:21787236-21787332
Length
12040 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
TTTAAAACTTTTTGCCACAGCGT
3' ss Score
7.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAATACAAGGACCTGTGGAATATGAGTGATGACAAACCGTTTCTATGTACTGCCCCTGGATGTGGCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CGTTTTACCAACGAGGATCATTTGGCTGTCCATAAACATAAACATGAGATGACACTGAAATTTGGTCCAGCACGTAATGACAGTGTCATTGTGGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002295:ENSBTAT00000002963:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.727
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138941=zf-C2H2_4=PU(34.6=37.5)
A:
NA
C2:
PF138941=zf-C2H2_4=PD(57.7=45.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]