HsaINT0016835 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000123636 | BAZ2B
Description
bromodomain adjacent to zinc finger domain 2B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:963]
Coordinates
chr2:159374691-159382802:-
Coord C1 exon
chr2:159382559-159382802
Coord A exon
chr2:159374754-159382558
Coord C2 exon
chr2:159374691-159374753
Length
7805 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAATG
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
CTGTATTTTCTTATGTATAGGAT
3' ss Score
8.11
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTCAGAATCATTCATGCTAAGAAAACAGGCAAAAGAGACACTTCAGGTGGCATTGATCTGGGAGAAGAGCAGCATCCCTTGGGCACACCCACTCCAGGACGCAAGCGAAGAAGGAAGGGAGGAGACAGTGATTATGACGATGATGATGACGATGACAGTGATGACCAAGGGGATGAAGATGATGAGGATGAAGAAGATAAAGAAGACAAAAAAGGAAAAAAGACTGATATCTGTGAAGATGAG
Seq A exon
GTAATGAAATTTAGGTTGATTTTAAGACAACTAGAACTGCATAACATATTTTTAAAAACAGAATTTGGAGTCAGATGGATTCGGATTTGAATTCAGTTTTGACATTTACTTGCCTCAGTTTCCTCATCTGAAAAACAAATATTACAATCTGTATCCCATAAAGATTTTTGTGATGGTTATGTAAATATCTTGTAGAATGTCTATACATAAAAGACACTAAGACTGAATAAAAGAAGTTTTTTTAATATAATTTCTTGAGAATTCTCCAAAGAGATATGCAGATTTTTAATTTCAGGTATTTTGTTTCATTCTGTTAACATACTGTGTTACATTTGTACAGCGCTTCATGCCTTTAAAAGTGTTGTCAGGTTTAGTGAAAATAATGTATTCCTCAAACACCAATTACTATTTCTCTAGTTCTAGGTATTTTTAATCAAAGACGAATAAGGCACTGAAAGTCCCATCTCAATTTACAGTCTCACTGAGAAGGATTTGCAAAAAGAAAACATAATGTGATAACTGCTTTGAGAGGGGTATTGACAATGTGCTAGGCAGATACAACTTAAGAGCATTTAGACTTTCTGAGTAATAAACTCCCACAAAGAGTTTCTGGACCCATCAGCTCAGGCTATAAGCTGAGCTGAACATTAACCTGGGTAAAGGTCTAGGGAAGAGTGTTCCAGGCAGAGAGAAATGCATGACCAAGGGCACAGAAGCAGGAAACCACAATGTGCTTTAAGGGGATTGCAAGTGCTTCAGTGTTACTGGAGTCTCATATGCAACAATGATGAACTAGGATCTTTTGCTTTTTTAGTGGCAGGAAGCCACTGAAGGGTTATAATCAGAGAATGGCATGGTCAGCATTAATTTTTAAGTTACTCACTCTGGCAGCTGTGAGAAAGACACAAAAGGTGGGGCAACATCAGAAGTGCAGAGATCAGTCAGGAGATACTGCAATGGTTTAGATGAGTTGTGAGGGGTAGAAACTAGAGCAATGGTAGTTGGGATGAGGGAGGAAATGATTTAATAAATATTTAGGAGGAAGAATGGGCAGGACTTGAAGATGGAAGGTAGACTATGTAGGTTGTTAGAGTGGTAGGATTGATTTCCAGCAGTCTGGTTTGGAAGACTTCATGCTATTGTTGCCATTAACTAAAATAGGGAAATCAGGAACAGAGTAAGTAGATAATTGGGGGCAGGGGGAGGTAAAGGAACAGATAATTGAAGACAGGAAATGATTATTTATTTTTGGACTTGCTGAGTTTGAGGTACCCATGTATAGGAGCTTAGCAGTCAGTTAGATTTAGGAATCTGAGGCCTGAAGAAGAGTTTGCTCTTAGAAATATAGATCTGGGTGTTATTATCAGGTAGATGATAATTTAAAATCATGAGGTAATAAGATTACAGAGGGGGATTGGTTTAGTGAATAGAGTAGTGGACTGAGGTTGGAACCTCAGGGAACATCAGTATTTAATAGGAGCCCACAAGGCTCCTTGTTCAAGAAGCAAGAGCAGAGAGGTTAGAGATTTCTGTGAGTTGGGGGTCCCCAAGACCACCTTCAGGTTCAGTGATTCACTAGGATGATTCACAGAACTCGGCATATACTTGTGCTTATAGCAATGAATTACTACAGTAAAAGGAAACAAAGCAAAATCAGCAAAGAGTATATGGGCAAAGTCCAGAGGAAACCAGATACAAGCTTCCAAGAGTCATCTCCCAGCAGAGTCACACAGGACAGGCTTAATTCACTCAACAACATACATGAAATGTTATCTACCAGGGAAGCTCATTAGAGACTCAGTGTCCAGGTTTTTACTGGGGGCTGGTACCTGTAGGTACCCTCTGCATAGCATGTGCCAAAATATCAGATTCCCTGAAGAAAAGCAGGTATTCAGCATAATCCACATTGTTAGCGCAAATAGTTCAGGTCCATATTAAGAGCTCATCTTAACCCTCCCAAAATCCAAGTTCCCATATGCCAGGCCAAGGACCAACCTTGTAAGAAGGCCTTCCAGAGGATACCAATCAGGCCTGCTATGTTAAGTCTTTTCTACACATGTAATAATAACAGTAATCAAGAAAATCAAACATTGCAAAAAGGAGAGTGATAAACAGTGTTAAAGCAGTGTGATATGGACCAAAAATGTTGATTGAATTTGGCAACATAGAGGTCATTGGTAACCAGTGTCAACACAGTTTTATTAGAGGGATGAGCACACCTACCAGGCTGTAATTGATTGATTACAATAGAAAGTGAGAAAATGAAGATGACTATTTCAAGCATTGTGCCTCAGAAGACAGGGAGTTCCTAGAGCAGGAGAAGGAGCCAAGGATTTTACAGATGTTAAAGACGAGATGATTTTTGATGGAAAGAAAAGAGTCAATAAAATGAGAGAAGGGGATTTAAGATAAAAGAAATTTTAAAAAGCACTGTGGTATAAGGTTCTAAAGATTTTGGAGGGGCTTCAATCAAGGTGAAGGAGCTACCTTTGAAGAGTAGGTCAAAGGGAAGAAGGCAAGGTCATAGAGGGATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATATGAGTTTAGGGAAAGCTACCATAAGTCATGAAAATGGACACATATAAAAGATTGAAGTTCACCTTTTATCAGAAAAGAATGCTAGATAGGGCTGTGGAATTGACCTCAAAAAACAACATGCAGCTAACTATTTCTTCTGCCCTCAATGCTAAGAGCTCTTAGCTAAGGAAGTCTAGAAAGAACTCTTTTCCCTTATTGCATCAACTCAGTAATGCTGGAGAAATAAAGAAAGCTTAGAGAGATGAATTTATCAATGGAATGTGAAAGAAAGCTGAGAGATGAATTTATCGATGGAATGTGTGAAAATAATATCTAGTTGGAACCAATGATAATCAAATTTATGAATCAATGTAGAATTTATAATATGCTACATAATTCTCTTTCTTAAGTAAAAATATCATGAGTACAAAATGTTGTCATAAATTCTCCATTTCCAATGTTGTATTTTAAATCAGAATGGTAAAATTTATTAGAATGAACTTTTCTTTTTTGTTAATTTTGGTAAAACATTTAACGTAAGATTCACCCTCTTAATAAATGTTTAAGTGTACAGTATACACTGTTGGTAACTATGGGCATGAGGTTGTACAACAGCTTTCTAGAACTTATTCATCTTGCATAACTGAAACTTCACACCCATTAAATAGGAACTCCCCAATTTCCCTGTCCTCCCAGCCCCTGGCAACCACCATTCTACTCTCTGGTTCTATGAGTTTGACTGTTTTAGATACCTCATATAATTGGAATCATATAGAATTTGACTTTCTGTGACTGGTTTATTTCACTTTGCATAATGTCCTCAAGGTTCACCCATGTTGTTACTTATGGCAGGATTTTTTTAAGGCTGAATAATATTCACTGTATATATATATCACATTTTGTTTATTCATCCATCCATCAGTGGACACTTGGGTTGCTTTCACCATTTGGCCATTGTGAATAACATTGCAATGAACATGACAGCACAAATACTTCAATATCCTGATTTCAGTTCTTTTGAATAAATACCCAGAAGTGGGATTGCAGGATCAGATAGTTCTATTCTTAATTTTTTGAGGAGCCTTTATAGTGTTTTCCATAGTGGTTACACTATTTTACAATCCCACACTCCCAACAGTGTAACACTATTTTACAATCCCACACTCCCAACAGTGTATGAGAGTTCCAATTTCTCCATATCCTTGCCAACACTCCTGTCTGTCTCTTTCTTTCTCTTTCTTTTTGAGAGTAATTACCCTAACAGGTGTGGGATGATATCTCATTGTGATTTTGATTTTACATTTCCCTGATTAGTGATGTTGGACATCTTTTCACATACCTGTTGGCCATTTGTATGTCTTCACTGCAAAAATGTCTATTCAGGTTCTTTGCCATTTTTAAAATCTGGTTATCTGGTTTTTGCTATTGAGTTGTAAGAGTTATATATTTTAGATATTAACCCCTTATCAAATATATGATTTGCAAATGTTTTCTCCTGTCCTGTAGGTTCTCTTTTCAGTCTGTTGTTTCCTTTGCCATGAAGAAGCACTTTAATTTGATATAGTGCCACTTGTCTGTTTTTGCTTTTATTCCCTGTGTTTTTCATGTCATATTCAAGAACTCATTGTAATGAATTTAACTTTACTGCTTTTAAGAGTACCAATCTGAAAATGAGACTACATTGAGATTCCTTGCAGAAATAATTTATTTCATAATATTATACTTTTGAAACTACTGAATTATGTACATTCATCTGTGACAAATAATATGAAGGGTATATAATTTGAGTATCAGAAGTGTAATTACCCAAACAAAAGATAACATTTATAAGCAATCTGCTTCATTTGGCAAGTGGAGCTGTTTCCATAGCAGGAATTAAGCCTTTCTGACCAAAATTAATCACCTTTTCATAGAATTAGTAGCCTCTTTTAGCACTTCACATTATAAATTGTTTTAAAGTGTTAACTCATAAGTTCAATAACTTGGACAACTATGTACTGGGATTTTAGTTTATTCCCCTGTATAGTTATCTTACTAAACTAGAATTTATTTACAGAAATTATTTGTTTCACTTGGTTTCTTTTTTAACAGAGAACTAACAAACCATACATTTTATTCTTTACACATAGACTATTTGAAAATCATTATTAAAGTTTTAAAGGAGATGTGTCATTTAAGGTAGTATTTCACTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGGGGCACCATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGATCTCTTGACCTCGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCTGAAGTGCTGGGATT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Seq C2 exon
GATGAAGGTGACCAAGCAGCAAGTGTTGAAGAGCTGGAAAAACAGATTGAAAAACTGAGTAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000123636:ENST00000392783:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.866 A=NA C2=0.952
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development