HsaINT0016845 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000123636 | BAZ2B
Description
bromodomain adjacent to zinc finger domain, 2B [Source:HGNC Symbol;Acc:963]
Coordinates
chr2:160182164-160189197:-
Coord C1 exon
chr2:160189051-160189197
Coord A exon
chr2:160182430-160189050
Coord C2 exon
chr2:160182164-160182429
Length
6621 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
ACTTTTTTTTTAAATTAAAGGCA
3' ss Score
6.18
Exon sequences
Seq C1 exon
TACTGCCAAATCTGTCGAAAGGGAGATAATGAAGAACTGCTTCTTCTTTGTGATGGCTGTGACAAAGGCTGTCATACCTACTGCCATAGACCCAAGATTACAACAATCCCAGATGGAGACTGGTTTTGTCCAGCTTGCATTGCTAAG
Seq A exon
GTAAGACCAATCTAAAACTAAACTTTTCATTTTATTTTATCTTTTTATTATTTTTTTAATACATGGTCTCAGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTATGATCATAGCCCACTACAGCCTAAAACTCCTGGGCTCAAGCTATCCTCTGGCCTCAATCTCTTGAGTAGCTGAGACTACAGGTGTGCACTGCACCCAGCTAATTTTTTTTTTTTTTGAGAGAGAGATAGGGTCTTGCTATGTTGCCTGCAGTGGTCTCATCCCTGGCCTCAAGCAATCTTCCTACCTCAGCCTGCCAAGTCACTGGAATTACAAATGCAAGCCACTGCACCTGGCTCCAAACAACTTTTTAATTACTAGATCAAAATGCAGAATTTTATGGTGTTTATTTTTGAAGGCAGACTCTAGGTATTCCCTACCTCAGTTACTTTCTCCCATGTTTAATCTCTTAACCTAATTATTAACAGTAAGCTAATTGTTAACAATCTCTTAACCTAACTTTTAACTACCGCCTCTCCATAAACTCACTTCAAACATCCATCTGTCCACCTCCTTTCTTCCCTTCCAGTTCACTCCCTGTAGCACTTCAACTCCAACAATCCTTGGATCTCACCAGGACTTTCGGTTTGTCTTAAGACTTTTCACTGTTGCTCTCCCACTTCATGTCCTCTCTTTCCTCCTATTCTGTCTTATGTGTCATTATCCCATTATCCCAATCATTGCTTCCACCATTAGGTCCTTTGCCTGCCCCTGCCCTTGGTAAAACCGTTATTCTGGTTAATACAATTCTCTGATTTCTCTAGCACCTATACCTTTGTATCTGAATATAGCTGTGTAATACTCAGCCTTTAAATTCAAGGCTTTAAGGCCTGGGTATGTTGGCTCACACCTGTAATTCAAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGAGCAGATCACTTGAGGCCAGGAGATCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGCAAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAATTTTAGCCAGGCAAAAATTAGTGGTGGCACATGCCTGTAGTCCCAACTATTTGGGGGGCTCAGGCAGGAGAACCGCTTGAACCTCAGAGGTGGAGGTTGCAGTGAACCCAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGAGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCTAAATTAATAAATAAATAAATAAGGTGTTAGAGGCCTTTAATGATGTCAATAATTTATCTCTAGCTCTGCCTCCTCCATCTTCATTCTCAACTTATTGTCATTCAACTGAGAAAATGGAAGTCATCGGAAGAAAATATCACATCTTGCCAGCACATCTGCTGTCCTTCTGCATCCGGGCTCACATACCTTACCTTCTCTGCTGTTGCCATGAACTCCTAACTAAGCAAATTTTCCCACTTGTGCCTCAGATCCCATCCATTCTTACCTCCTTGGGAATATTATTCCAGCAGTTCTCCCTTCTCCTGCATCACCAATTTCTCCTTCTCCACTGGGTTCCTCTCTTTAGCCTACTGATGTGCTGCTATCTCTCCCATCTTAAGAAAACTAAACAAAAACCCTCTTCTGTCCTCACTTCTCCCTTGATCCAGTTCCTCCATTTTTTCCTTCCATTTACAGAAAAACACTTGGAAAATTTTTTGTTCTGGTTCTATCTAATATCTCTCCTCTGGTTCACTCTTTGTTTTTTAAGACAGAATCTTGATCTGTTGCCTTGGCTGGAATGCAGTGACACTATCACAGTTTATTGCAGTCTTGAGTCCCCCAGGTTCAAGTTATCCTCTCACCTCAGCCTCCCAAGCAGCAGGGACTACAGGCCTGTGCCACTATGCCTGGCTTTTTTTTTTTAATTTTGTAGAGATGGGTTCTCGCTATGTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGGCTCAGCTGATCCTCGCACTACAGCCTCCGAAGTCTGGGATTACAGGTGTGAGACACCACACTTGGCCCTGATTCACTCTTGAACTCACTATAGATTTTCACCTCCACAGCTTCTCCAAAAGTGCTCTTATTGTGACCACAAACAGCATTCAGATTTCTCACTCCAGTGATCAGTGCCTATGTCATCTGACCTATTACATTTGATAGAACTGAACGCTCTCTCCTCTTTGAAACATTGATTTTCACTTGACTTCTAAGATACCATACTCTCCTGGTTTTCTTTCCAGTCTTTGCTTCTTCTCAAATCTTCATCGATTTCTCCCCACCTTCCTGATCTGTAAACATGGGAGTGCTTTTTTTGCCTCGAGGTTATCATTTGTAAAATGGGATAGTATCTGCTTTGTGGGAATTTGTGAAGATCAAATAAGGTCATAAATGTGAAAGTTTTTATAACTTTATAGTTCTGTGAAATGTTTATTTTAGTATTTTATATTTTAGACTATATTTCACAAGATAGCAAGTGGTCTTACATGGCATCATATTCACTAATAGTCATTTTTTGATTATTTTGATTATTCTCATTGATCATTTTTGTCATACATAGTTAAATATAACTTAACAGCAGTCTTCACTGATGTACATAAAATTATCTTATAACTTCATAACTTAAGTTATAGAAAGTTTCTCTAATACTCTATGAATTACTAACAGATTAGTGTTTTTGGTCTTGGGAGTATCACCTGGTAGGTCATTGGACGTTTGTTTTCAATAAATTTTCTTAAATTAGTATCCTAGCTATCTACCATTCAAGCAGTAAACTTGGAGACATAAGATCTGTAATCTCATTCAAGCCCTTCTATGTGAGTACAGCTTTCTAAGCTTCTGCTTTTTTTGTTTTTTAAATGTAGTGAACTAGATATTTCTTACAACAGTAAAACTCTAAACATTGATTTTGATATATAATGAAGGGTTAAGGTTTTTAAAGTATCTTTCAATTTAATTCATAGTTATTTAAAAATATTTATACTATACATACACCTTGCTCTCAAGTGGCTTTTTCTGCATACATTATCCTGATTAACTGTTTTTACTCTGCGTGTATGTGTGTGTGTATGTATGTATATATGTGATCACAGGATCACAGAATCGAAAAGATGTGTATGTGTTTGTGTGTGTGTGCATATATATACAACATAGCTATACCCCAGTATCTGCAAATCTGCAAGGGATTAGCTCCAGGATCCACCATGGATACCAGAGTCACAGATGCTCAGGTTCCTTATATAAAATGGAATATTATTTGCATATAACCTACACACATCCTCCTGTATACTTTAAGTCATCTCTAGATTATTTATAATACCCAATAAAACTATGCAATAAATACCCAATAAATGCTATGCAAATAGTTGTTAGACTATATTGTTTTTTATTTATTATTTTTTAATTGTTGTTTTGTTATGAGGGGGTTGGATTTTTTGCTTTATATTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTATTAAGACAGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTTGGCTCACTGCTGCAACCTCCACCTCCCGTGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTGAGATTACAGGTGTGCTCCACAATGCCTGGTTAACTTTTATATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGCCAAGCTGGTCTCGAACTCCTAACCTCAAGTTATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCCGGCCTTTGTTTTATATTTTCCATCTGCAGCTGGTTGAATCCACAGATGTAGAACCTGCAGATATGGAGGGCCACTTATATGAATATACACTCTTAGATACACACACACATACACACACAAACTCACATATTAGACATTTCAAACTTCAGTGCCTACAAAAGCCAAGTAAATGACATGAAAGAGTTCATTGGACCCCTCATGGGCACTGTGGCAAACAGGGGAGTCATGGCCCTATTTAAATTTAATAGTCAAAGCTCAACTCCACCCAATTGTTGCCATGTAGGAATGTGGGCCCCATGTTCCAGAACCCACTAATATTTCAAGGGAAGTCAAGACTATGGATTTTTATGTCCTCCCAAATATTAAATATTGGAAACAAATTCAGAATTTTTACAAGCATTATATGAACCAAATACATTCTGTGGCCTGTTTGGAGCCGGTGAGCCACCAGTTTGTGACTTCTATCAATATATAAACTAGAAAGATATGTACCATTGTTCATGAAATCTGATAAGTTTTGCTTAAGACCCACTAAGTTCCTCTTTGAATTTGTACTCTAGCCAAGAAAAGGTGATGGGGGTTGGGGGAATGCCCTGCCCAAGAGCAAAGTAATCAGGTAACAGAGTAACTTGATAAAAGTTTGCTTTTAAAGTATGTGTAGGTGCACTATCTAATGAGATCATCAGCTGACACACATCATTTTTTGTCTTTAAAAAATCACAAGTTTTTTGATTCTGTGATTTCAATTTCATACTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGTTTTGAGGCTGAGTCTCATTCCATCACCCAAGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTAGGTTCAAGTGATTCTTGTGCCTCAACCTCCTAAGTAGCTGAGATTACAGGTGTGCACCACCACACCCAGCCAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGCGATCCGCCCCCATTGGGCCTCCCAAAGCGCTGGGATTACAGGCGTGAGTTACCGCGCCTGGCCCAATTTCATATTTTCTTATTGTGAATATTAATTTGTTAGAAAATTATCCCAAGTAATATTTTAGTTCAAATAGAAACTAAATGTTTTGGCCCACTATTCATAATTCCAGCTCTGTTTTAAGTAACACAGTTATTTAATCTAACTTGTCATTAAATGGACTTTTTCTTCATTATATTAAGTTCTCCTTTTTAATGATTTTAGAGATTCAGAGTAAAAGCTCAGTGTAATATAAAAACCCAAAA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Seq C2 exon
GCAAGTGGTCAAACTCTAAAAATCAAAAAACTTCATGTCAAAGGAAAAAAGACTAATGAGTCAAAGAAAGGCAAGAAGGTAACTTTAACAGGAGATACTGAAGATGAAGACTCTGCATCTACAAGTAGTTCACTAAAAAGAGGAAACAAAGACCTCAAGAAAAGAAAAATGGAGGAAAACACTTCTATTAACTTGTCAAAACAAGAAAGTTTTACTTCAGTTAAGAAACCTAAAAGAGATGACTCCAAGGACCTAGCTCTTTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000123636-BAZ2B:NM_013450:34
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.551
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0062824=PHD=WD(100=100.0)
A:
NA
C2:
PF0043920=Bromodomain=PU(1.2=1.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)