HsaINT0018583 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000137948 | BRDT
Description
bromodomain testis associated [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1105]
Coordinates
chr1:91994083-92002149:+
Coord C1 exon
chr1:91994083-91994254
Coord A exon
chr1:91994255-92002048
Coord C2 exon
chr1:92002049-92002149
Length
7794 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
CTAAAAATGTGTGCATCCAGGTG
3' ss Score
6.68
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAGGATATTGTGTGCAAGACACAACCTCTGCCAATACTACCCTTGTTCATCAGACCACACCTTCACATGTAATGCCACCAAATCACCACCAATTAGCATTTAATTATCAAGAATTAGAACATTTACAGACTGTGAAAAACATTTCACCTTTACAAATTCTGCCTCCCTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGATTCTGAACAGCTCTCAAATGGCATAACTGTGATGCATCCATCTGGTGATAGTGACACAACGATGTTAGAATCTGAATGTCAAGCTCCTGTACAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137948:ENST00000362005:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.810 A=NA C2=0.971
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development