HsaINT0027171 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000130559 | CAMSAP1
Description
calmodulin regulated spectrin-associated protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:19946]
Coordinates
chr9:138719253-138742079:-
Coord C1 exon
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Length
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Sequences
Splice sites
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000130559-CAMSAP1:NM_015447:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.073 A=NA C2=0.530
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0030726=CH=PD(26.4=42.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)