HsaINT0027183 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000118200 | CAMSAP1L1
Description
calmodulin regulated spectrin-associated protein family, member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:29188]
Coordinates
chr1:200776504-200784772:+
Coord C1 exon
chr1:200776504-200776665
Coord A exon
chr1:200776666-200784688
Coord C2 exon
chr1:200784689-200784772
Length
8023 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
TGATATTTTTATATTTTAAGGTA
3' ss Score
8.31
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTGCACATTTGGCCATGATCGATACCCTCATGATGGCTTATACTGTAGAAATGGTCAGTATAGAAAAAGTAATTGCGTGTGCTCAGCAGTATTCAGCTTTTTTTCAAGCCACAGATCTGCCCTATGATATTGAGGACGCTGTCATGTACTGGATAAATAAG
Seq A exon
GTAGGATTATACTCACTTGAGTAAATCGCATCTCATAGCCAGAAAACGTGAAATTCTAAATTATACATTGCCACTTCATTACTCTTTTTGTTTCAAATCAAAGTGCAAACTTAAGTTGTAAAATACACTTAAATTTTTTAGTAAAAAAGCTTAAAATGATGAAAATAGTTTTCTGTATACTTAGCAATATTTATGATTACTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAAGTAGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGAAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCCTTCAGGTTCTAGCAATTCTCATGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTTTGCCACCACACCCGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTGGAGACGAGTTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGGCCTCACGGTGATCTACCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGCAATTACAGGCGTGAGCCACCACGCCTGGCCAATATTTATAATTACTCTTAATGATTAATCTGGTTCATACCAGATTATGAAAAAATTCAGAACACTCCTAATAGTGAACTATACACAGTGGGTGTTCAGTAAATATTTTTTGAATTCATTTCAAGAATGAAATAATTTTCTTACATTTCCAGTTAGGGGATTCTTAGGTTTGCTTGACCAAGTTGCACAAGATCCTATTGATTGTGGATTCCTCTTCTTGGAAATTTTTATGGAGCTGTGATTTGTGCTTTGAAGATGCTTAATTTGTCAGCTTATCACTCCCTTTGCCAATTTGAGTAGTTAATTTGTCTTGATCCACTTTCATTTACAACTGCCAGCCAAAAGAAAATTAAACCTTATCTGAAGACAAGCACTAAACGGATTTAAAAGAAGTTATATCTCCAGGTATCCTTTCTTGAAAGCTGGCATGAAGCTCGTAATAAAAAGCTAAATGTAAAAAACACTATTACAGCTATCTTCATTATCCATAATATCAGTATCATTGTAGAAGGACTGCTTAATACTTTGCCTCTGGAGTTCCTTTATTTCTTCATCTTTAGTAATCTTTCCCTGACTCCTCCTCAGCTGTAGAAAATCACAGTTACATTCTAGACCTATTCATCTTGAGAAACTATGCAACCTTCACATCCCATTACAGACTTCCCATTCTTGAACAGTTTCTCCTATCTTCCTAACCCACTTGCTTTAAATAATAATTTTTAAAATGTTGAACCTCATTATGACTTATAAACTATTGAGCCTATTAATTTCTCACAATCTTATTGGACTTCATATTTGTCCATCTTGAACTTAGATTTTTATAAGTACTCTCAGTTCTTATGTCTCCCCTTCCCTCCCTGTTACTCATTTGGTAACAGCTCAGATGGTTTAGCTTAGTTACCCATTTTATTTCTAACCTGCATTTGCAGAGGCAAATATTGCTGGAGAAATTTACACAAGGAAGTTGGTTTCACTTTAAGTTCATAAGCACAAACTTCCACTGCCAGTCCAACAAATGTGTCCCTAAGTTTGCTTTCCCACGCTTCATGACAACTGTGTTACCCATTTTCCTCTAATTCTCGGACCTTCTGTAACCCTTTCCCTACTACTGTCAGCTAAATTTGCCTTATCTTTTCTTGAGACCAGAGATGGGAAGGCTTTAGGTGGGAATTATCTTCCCTTTATACTAGCAAATCTGTAAACAGTTTTGGATCGCACTCATTGCCTTTCTTTTGTCCTACTGTTACAATGAAGAATTTCCCCCTTCACATCAAACGTGAGTTTTCTACTACTTGCTCTAGAACTTTCTTCCCTTTTTTGTGGTCATTGGTCCTGTACTTCAGTTCTTACTTTTTAATGTACATAAGAATTACCTGGTGTATTAGTCCATTTTCTTCTTGTAACAGAATACCTGAGCCGGGCTCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTGGGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACTCCGTCTCTACTAAAAATACAAACATTAGCTGAGCATGGTGGCAGATGCCAGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCAGTGCACTCCGGCCTGGGTGACAGAGCGAGATCCTCTCAAAATAATAATAATGATAATAATAATAACAGAATACCTGAAACTGGGTGATTTATAATGAAAAGGAATTTATTTCTTATAGCTATGGAGGCTAAGAGATCCCAGGTGAAGAGGCCACTGGTGAGAGCTTCCTGCTAAGTGGGGACTCTGCAGAGTCCTGAGGCAGCACAGGGCATCATCACATGTCTGAGCATGTTAGCTCAGGTCTGTCTTCCCCGTCTTACAAAGCTGCTAGTGATAGCCCGTTGATCCATTGATCTGTGAATTGGGTCTGCTCTCATAACCCAGTCACCTCTTAAAGGTCCCACCTTTCAGTACTGCCACAGTGGAGATTAAGTTTCAACATGAATTTCAGAGGGGGGCAAATATTCAAACCATAGAACCTGGGAACGTGTTAAAATGGCTGATCTGAATGAGGAGGTGTCTAGGGTGAAGCAGGAGAGTCTGCATTTCTAACAAGCTCCAGGTGATACTAATGCTGCTGGTTTGGGACCACACTGTTATTTGTTCACTCCCACATTGTCTGACTCTTCCGGTCTATTGGATCATTCTTATAAGAATACAGATTTGGGCCGGGCGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCCAGGCAGGCGGATCACCTGAGGTTGAGAGTTCAAGACTAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTTCTGAAAATATAGTAATTAGCTGGGTATGGTGGCGGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCTGTGTGCCGAGATGGCGCCACGGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGAATACAGACTTGGAGACTGGGGGCGGTGACTCACGTCTGTAATCCCACTACTTTGGGAGGCTGAGGCTGATGGATCATTTCAGGTCAGGAGTCGGAGACCAGCCTGACCAACATGGCGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAGAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCACGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGACAGGAGAACCACTTGAACCTGGTAGGTGGAGGTTGCAGCGACTCGAGATTGCACCACTGCACACCAGCCTGGGCAACAAAGCAAAACTCCATCTCAAAAAAAAACCAAAAAACAGACTTGCTCTAGTGTCTTCCATCCTAAGAAACAAAACTTCCCCATCCAAATACAACCCTATTTCTCCATACAACAGACTCTCTCAAGAGTTGTTTGCTATTTCGTTAGCCTGCTCTTCTCTCTCTCTCCCATACCCATTCCTAACCCGAAATTGTTCCTGAGTTGGTCAAAAAGGCAAATCCAATCAATATTTTTCTGTCCTTAATTTAAACTCAATCTTTACTTCTAAAGCATGAACCATCTTTTTGAAGTTTCAGTGGAAAACCCAAGGTGTTTACCAAGCCCTCCTCTACTTGGTGGGATTTGAACAACAAACTCTGTCTCCCCTGTGGTGGCAGTTTCTTTGGCTTCTCAGCAGTTTTTTCTCCCTGCACTTCTTAGAATCTTTCCTACACATGCACAGTCCAGGGCTCAGCCAAGAGTTGAGGGAAGTTTATATGCAGATTTTGGGCCTCCCCCATTACCCTTCCTAGAATATTCCTCCTCAGTATCCAGCTACTCTAGCAGTGCCAGATTTCCCTTGATTCCTCCTGCCAACCAGACTACAGTTTTCTCCTTGAGTTCTAGTCACAGTGCACTGTTGAATTGAGGGTAAGGCCATATAAACATGGATTTCACTCAGTGTGTTTCTTTCTTTCCAAAGTTGAATTCTTTCTTGCTTCTACTTGCTCTTGGTTGCTCACCAGTACCTCCAACAGATGCTTTATATATTTTGTCCAGAGTTTATAATTGCTCTCTGCGGGGATTAGTGTGATGCATGCTATTCCACTATTACCAGAACCAGAATTCTACAAGTATCTTTTTATAGTGCAGCTTGGATCATGCCATTCTTTTGCTCAAAACTCTTCAGTGACTTCACTTTACCCTTAAAATAAAATGTAAAATTTATCGTGGCCTGCAAGGTACCACCTAACCTGACCCTGTGTACTCCATTGTAGGCTCATGGCCACTGTTCCCCTTTCTCACTTCTTTGACTTCCTTCCCGCTATATGCCCTTTCTCACCTCTGAACCGTTGAACCTCATGTTTCCTATTCCTGGGCAGCTCAGCTCCCAGCTTTCTGCATGGCTTAGTGCTTCTGCTCTCCGTCAGCTTGGATAGCACTTTTTCCTGACAACCTTATCTAAATGAAGTGCCTCTATCAACCCCTTGTTTTCTATACCCTAACACTCTACTTTTTTTCTTTCATAGCACTTTTCAGACTAATTACTTTTCTTAATCATTTAATTTTTTAAAATCTGTCTTCCTCACTAGAATAGTCTATGTGAGGATAGGTACAATGAACTTTTTATTTCTAGTGCCTACGATGACCTTCTTCTTTTCAGTTTTAGTATCTAGACCAGCACAGTGTTTGACAAAGAGATTATATTTAATAAACACTAAACTAATAAAGAGAAGGATAGTTTAAGCCATTGAATTAAGCTAGGCACTTTAGAACTTTGGAAATCTACACAAAATTAAGGAAATCACTTAACTAGGAATGTTCAGCACCTTTATGCAGTCATATCCACCTCATTCCATTTTCAAATTAGGTTTAAAACAATTTGATTCAACCTGAACTGCAGTGTATTTTTTTTCCTTGATCCATTCTACCAGCCCCAGCATTATTTTTTATTCTCGCATTATGACTTTACCCTTGCCTCTCAGATTTAGTATATGTTTTCTCCTTCTGGCTCTTGTTTTGGCTCGTCCTAACCCAGTTGCCTTTTTTCCTGGATAATGCATCCACAAGTATAAAAAAACCTACCAAAGAAAAATGGCAATAACATGGCTAAAATAATTATCAGCATAGTGGCTAAAATGAGTTTAAACTTAAAAAAGCAAAATCACAGAAGACAAGATTATATTGAATGATTGAATCATGCAGAGGTACACAAAAATCATGAATATATTAACCTTATATTATTTGGCTCTACCTCTGTTTCCTATCTCATTTTGTGACTTCTTTGGGTTCACTATGTCATTCTGTTACTTAAACACGCAAGTATTTTTCCTACCACAGGGCTTTTGCTTATGTTTTTCATTCTCTCTCTGGAATGCTCTTTCCTCTACTTTTCCCATAGCCAGCTTGTTCTCTTTAAGATCTCAGCTTAAAGTTACTTCTTAAAGAAATTGTCTTAGTCTGTTTGGGTTGTTATAACAAAATGCCTTAGCCTAGGTAATTTATAAACAGCAGAAATTCATTGCTCATAGTTCTGAAAGCTGGGAATTCCCAGATCAAGGTGCCAGCAGATTCAGTTTTTGGTCAGGACTTGCTCTCTGCTTCAGAATGGCAGCTTCTTGTTGTGTCCTCACGTGGCCGAAAGGGCCACTGTGCTCCTTCAACCCCCTTTATAAAGGAACCAACCCCATATGCAAGGGCAGAGCCTCATGACTTAATCATGCCCCGAAAGGCTACACCTCTTAATATTAACACATTGGGGATTAAGTTTCAAATATGAACTCTGGGGGGCAAACATTTAGACCAAAGCGAAGGCCTTGTCTGATATAACCATCTTTTCTAAAATAGATCTTCCTGCTCCCATTATTTTCTACTCACATTTTAATGTATTTATAGCATTTACAAATGGTTTTTGTTGTTGTTCTATCTCCCCTGCTTCATGAGGACAGGAATCACTTTGGCTTTGTAGTCCATTGTATACCTAGCCTCTTAATACAGTATCTGGCACATAACTGGCATTCAGTAGATATCTGTTGAATGTGCACATACATGAGTGAATGGTGGTTTAAAATGTTAATTTGTGACCACTTTGCTTTTTGGACAGAATCAGATAAAAACCTCTTTAAAAATGAAGGTATTTCCTCAGTGGGGAAAAAAATAAAAACAAGGATATTTCCAAACTGGCAGATCAATTACGACTACCTGACAATGAATTAGAAAGTGTTTGTTTTTTAACTTAAAGGGAATGAGGCTGGGTCTGGTGGCTCATGTCTGTAATCCCAACACTTTCGGAGGCTGAGGCAGGTGGATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTAAGACCAATCTGGGAAACAAGGTGAAACTTGTCTCTACCAAAAACAAAACAAAAAACAAAAATTAGCTAGGCATGGTGGTACACGCCTGTGGTCCCAGCTATTCGAGAGGCCGAGACAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGACAAAGGTTGTAGTAAGTCGAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGCTGACAGAGTGAGACTGTGTTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTGGCGGGGGGAGGGGTGGGCGGGTGGGGAATGAAAATACTACAAAACAAACAAATAGAAAACATTATAAACTTTCCCAGGATTTGGTCCTGTCTTCTTCCCCTCCCCGAATTGGTAAAGAGACCAAAATGCTTAAAGATACATGGGTGTTATAAAACTGCTTTGTAACACAATGTATTACCATGATAGAAAATATGGGGCTGGGCATGGTGGCTCATGCCTTTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGTCAACATTGTGAAACCCCATCTCTACTAGAAATATTTAAAAAATTAGCCGGGCATGATGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGTTACTCAGGAGGTTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGACGGAGGCTGCAGTGAGCTGACACAGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGTGTGAGATTGCATCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAAGAAGATATGAATGATTTTGTCAACATGTCACACTAAAACTACAACTCTTCCTGTTAGGAACACCTAAAAATGCTTGATAAATATAATTAGAAAAGTTTATACTGCAGAGTTGAGTTTAAAGGAAGAAAAGGGAATTCTTAGGTGCCAGAAACAAAGTGGGGACTGAAAGTTTTGGTGGCTAATGGCATTAATATTTTCTACAGTGCCATGATTAATAAATTTGAACTTTTATTGATTGTTACTAGAGTGACCTTAAAATCATTAACTCAAAACCAAAAATTATCTAAAGTCTTCTCAAGAAATAATTTATGCACCATGTAGACTTTTTTTTTTTTAAACTGTTTTTGGATTATGGACTGCTTGAATAATCTGATGAGAAAGAAATTAAGCTCTCTCCTCAAAAAGTTTTCATATGCAGAAATTTTGCATGTGTTTTAACTGTGGCATTATGACTGCCCTAAACTCCCCCATGATCATGGATATGTCTGAAATCATACCTTAAGAACTTGATTCACAGTGTTATTTATTGATAACAACAACATTAATTTTAGGGAAAATAACTTTCATTTACTAGTTCTAAAATAGATTGTAAAATTTTTACTTGATATTAGTTTGCTTCCTAAGCATTAAAACTGACATTACCAAGTACCTTTTTTCCCTTAGCGCTCCAACCAGTTCCTGACATACAGTGTCTGCTCAACAACTATTTGATAAATTAATGAATTCTAGAATATCAAATAAGTACCCATAAACTATTTTTTTCTGATTGTGAAGCTGAAATTTTCTTTATTTGAGTGAGACTGATATTTGACATCAGGGCTCTGACTATAGGCATCTTAATGTGTGTTATTTTATTGTTATATTTGAATGTAAATTCAAAAAAAGAATAAAAATTCAAACTGATATTTTTATATTTTAAG
Seq C2 exon
GTAAATGAACATTTGAAAGACATAATGGAACAAGAACAAAAACTGAAAGAACATCACACAGTTGAAGCTCCAGGAGGTCAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000118200-CAMSAP1L1:NM_203459:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.238
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0030726=CH=PU(5.7=16.7)
A:
NA
C2:
PF0030726=CH=FE(17.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)