RnoINT0028785 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008741 | Camsap2
Description
calmodulin regulated spectrin-associated protein family, member 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1310950]
Coordinates
chr13:53179717-53186162:-
Coord C1 exon
chr13:53186001-53186162
Coord A exon
chr13:53179801-53186000
Coord C2 exon
chr13:53179717-53179800
Length
6200 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGC
5' ss Score
10.08
3' ss Seq
TTTTTTTTACATATCTTAAGGTA
3' ss Score
8.19
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTGCACACTTGGCCATGATCGATACTCTAATGATGGCTTACACTGTAGAGATGGTCAGCATAGAGAAAGTAATTGCATGTGCTCAACAGTATTCAGCTTTTTTTCAAGCCACAGATCTGCCCTATGATATCGAGGATGCTGTCATGTACTGGATAAATAAG
Seq A exon
GTAGGCCTGTCCTCGCTTGGATACAGTTCTAACACAGGAAACTGAAATCCTCAGTTGCACATCGCTCTTGTATGGTTTTTTGTCTTAAATCAAAGGATAAGCCACAATTGCACAGTTTGCTTGAAATATTTTATTTTTAAAAAATATAAAGCCTAACATAGTGACTTAGATCTGTACTCTCAACGCCTGTGAGGCTGAAGTGGGAGAGTCACTGAGTTCAAGGCCAGGTTGGGTCACATTGAGACCTGGTCTTAAATGAAAGCGTCAAAATGATAAAGCAGTTTTATATATCTAACAATATCCAGAGTTGTACTTACTCTTAATAATGACTACTCAGGGCTAATCCAGCTTCTACTGGATTATTACAAACCTCAGGGCACTCACGATAGGGAGCCACATAGTGAGCAGGGATTCTCTTGGATGATAGAATTCTCACACGTTTCGGATTGGGCGAGTCTTAGGTTTGTTTAACTAAATTATACAAAATCATATTGATCATGAATTCATTTTCTTAGAGATTTTTATGGTTTTAGCTTTGAACATGGTTACGTTCTTAATTTATTGCTCTCCTTGTTAGTTGAGTATGCATTCCTTCTTGACCCGCATCCATGCATTCAGCTTGAGATAAGGTCTCACTGTATACACCTAACTGACCTTAGAGAGCTCCTCTTGCCCCTGTCTCCCAGGCGCTGGGATCACAGGCTTGTGCCACCAGATGCAGGTGGCTCTGCTTTCATTTACAGTTGTCATTGCAGAGGAAATTAAACTAGATTTGTGCACAGGCACTGAGCAAATGTAGAAATTACATCTTGAGGTGTCCTTCCTTAAATGCTGTGTGAAACTTGTTATCAGCTAAACTGAGCTGGGGAGATGGCTTAGTAAGTAAAGCCCTTGCTGCATGAGCATCACGTCCAAAGTCCAGATCTCCTGAACCTACAGAAACTGGCAGCCTGCTGTACTTCCAGTGCTTGGAAAGCAGTGACAGGAATCCCGTGAGGCCACAAGTGCCCTGCCCTGTCATATATCCACACGACAGCAGTTCACAGCAGTCCTCAGCAGTCTTCACCCTCCTTATTTCTACCCCATTTTCCGTAATGTTCCCTGAGCCTTTGGGGCAGGGAATTATATAGATAACCCATTTAGGGGTGAACAGGCAGCAGTCACTTATTAACTCTTGACCAGTTATAAGTCTCTGCTTCAGTGCTGCCCACCACAAAAAGGAGCATCTCTGACCAAGGCTGAAAGCAACACAGATCTATGAGAATAAACGTAAATATTTAAAAGGCAGTTTGGCACGTGATCTGCCAGGCAAGTGTGCCCACTGGTACATTAGTGGCATGGCAGTCATGAGGCTAACAAAACTTCTCATGGACCAGATTTGAGGCCTACTCACAGGAGGGAATTCATGCCAATAATGTAAGCTTTGGTCAGAAGCCTGTGGCTGGGGTGGTCATATGCCCTAAGTGGGAAGCTACTACTGTTTTAGAAAACACTCATGTAAGAGGAGAAAATTACCTCCAGCAAGTTATCTACTGGTCACCACCTCAAGGCCATGGTATGTACATGGATAATGATATTGAACACGTTTCAAAATGTTTATTACCATTTGTAATTTTTCTTTTGAGAACCCTGTATATTTCCATAGCCATCTCTCTCAAGCCCCCTCTGTATGACTGTTAATGTGAACAGCCGTCGGATTTCCTCAAAAGGTTATCCTGGACCTACAGAGACGTCCGTGTAATTCTGTCTTTGAGTCCATCCGTGCATCTCTGAAATACAGCCGTCTGGATCATGGTTAATGACCTTTTTAATGTATTCTGGAGCAGAGTTTGCAACTGTATTCATCAGGAGTTTGGCTTGTAATTTTCTTTTCTGTTCATCTGTCATGTGTTCTGAATGTCAGAGTGATATTCACTTTGTAAAAAGAGTTTAGCCATGCTTCTTCCTTGTCTATTTTATGGAATAGTTTGAGAAATGTTGAGTTTAGTTCTTTGAGAGTCTGATAAATATCAACAGTGAATCTGTCTAGGCCTGGACTACTTTTTTTTAACCATAGATATTTTTAATTGCTATTTCAATCTCACTGTGGCTCAATCTTTTGTAATCGTTTATCTCTTTGGTAGGTCATATGCAGCTAGAAGTTCATCCATTTATTTTAGATTTCCAGTTTAATGAGAACATTTTTTTAGATAAGACCTAAAGATTTTCTGAATTTTTTGGCGTTTTCCATTTCTAGTTTTATTCATTTGTGTCTTCTCTTTCTCTTGGTCAGTTTGGCTGAGATTGTTGTGTATCTTTCCAAAGAACCGACTCTGCCCTTCATTGCTCTTTGTTCTCTTTGTTTGGTGTTTCCGTTTCTTTCCTTGTGCCTGGATCTTACTGATACCTGTCCATCTACTGAGTTAGGGCATGGCTTGTTTTCTTTTTCCAGAGGTTTAAGGAATGTCATTAAGCCATCTTATCTGTGATCTCTCCGACTTCCTGACCCCTCCCCCAACCCACCACGACTGCTGTCATTGCTTTCTGTAGATTTTGGTATGTTTAATTTATTGTCATTTGGTTCAAGGATTTTTTTTTTTCCTTCATTTCTTTTAGGTCTCCTTCCTCAGTCAGTTCTGTTTGGCTTAATCCTCCATGAGCACTAGGGACTGTAGGGTTCATCACCTTAGTCCATTGTGATAAAGTAGAATACAAGAAATTATTTCAGTTTTCAGATATTTGTTGACTTGTTCTGTGTCTTGATGCAGGATACATTTTAAAAGAAAATCCCATAGGCTGCTAGAAAAAAAAATATACTGAGATTCCACCTTACAGCAGTCAGAATGGCCAAGATAAAAAACTCAGGTGACAGCAGATGCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAGGAGCACTCCTCCATTGTTGGTGGGATTGCAAGCTGGTACAACCACTTTGGAAATCAGTCTGGAGGTTCCTTGGAAAACTGGACATTGCACTACCTGAGGACCCAGCTATACCTCTCTTGGGCATATACCCAAAGATGCTCCAACATACAACAAAGTCACGTGCTCCACTATGTTCATAACAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATGCCCTTCAACAGAGGAATGGATTAAAGAAATGTGGTACATCTACACAATGGAGTACTACTCAGCTATCAAAAACAACAACATTCACTTTTATACAAAAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAACAAACTTAAGTTCAGTTGCGCTCCATGGCATCTATACCAACAAAGCAAACAATTACATAAAAACTTGCACAAAAGGGTTTGAAATGGTTTTATATATACTTGCCAAAGCCTGGAGGGATAAAGATGACCTTCAATAAATAAATGGAAAATGAACTCTGGTAAATCCAATACACACACACACACACACACACACACACACACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTTTGCCATGTATGCATGGAGTATTCTGAATATACCTCTTAAATCCATTTGATCTGTGGAACATCATTCAGAAGTTTTTTATTGATTCTTATTGCCAAGGTAACCTGTCCATTGGTGAAAGTAGGTACTGAAGTCAGCCACTGCTGTGCTGGGTTAATTTCTGACTCTGTATTCATCTAGTAATATTTATTTTATGAAATTGCCTGCACCTATGTAACTTCCTCTTGATGGATTGTTCTTTACCCAGTTTGAAGTGAGTCTGTTTTGTCTGAAACAGCAAAACTCCTGCTGTTCCCTGGGTCTGTTGGCTTGGAATGCCCTTTCCCATCCTTTCGCTTCTAGGGTAGTGATTCTCAACCTGTGGCTGAGACCCGTTTGGTGGACACACATCTAACAGATACTTACACTATGGTTCATGAGAGAAGCATAATTACAGTTACAAGGTAGCAACAAAGTAACTTTATAATAGTTTATGGTTGGGGTCACTACAACACAAGGAACTGTTTTAAAGTGCCTCAGCTAGGAAGGTTGAGAGCCACTGCTCTAAAGTAATGCCTACTTTTTATGGTGAGTAGTGGTTTTGGTTTGTTTGATTTTTTGTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTCTCCCTGACTGTCCTAGAATTCCCTCTGTAAATCTGTGTTCTTGAACACAGACCCACTACCTTGGATTCCTGAGTGCTGAGATTAAAGGCATATGCCACCACTGCCCTATGAGATGTATTTCTTGGAGGTAACAAATAAATGGTTTCTGCTGTTTGATACATTCTAAAGTCTTTGTCTTTTGATTGTGGGATTGAGGTGTAATATTCAGAGTTATTATTGAAAATTATATATTGATTCCTGCCATTAGTCTTTTTATCATGGGAAGCTTTTATCTTCCCTTCAGTTATGGCAAACAGCTTTACTGGCACAATGCTGGACAGGCTGTGGTTCTTTTCCTTCCAAGCCCCGTTGAATGAGCTTCCTGTAGGCATTACTTTCCTCATTGCTTAACTGTCTCTCCTTCCTCTCTCATACCCTGAAATTGTTCCTTTTGGCCAGTTAATCTTTATGCCGACAGATCTAGTGCATACTTTTTTCCCTCAAATTAAACTCAGTCCTCTCTAGAAGCACACACTGTCATTCTAAACTTTCCATGGAAAACCCGAGGTATTTACCAAGCACTCCTCTATTTAATGGAATTTGAACACCAACCTGTGGTGGCAGCTTCTTTGACCTTCTCTCCCTCAGGTCTGTGGGTTCTTTTTTAAGCATACATACATTAAGGTATTACCAAACATTCGAGGCTAAATTATCTGTAGACTGGTGGTTCTCAAGCTGTGGGTTTTACTCTTTGGGTTGCATATCAGACATTTACATTGTAATTCATAACTAGCAAAATTACAGTTATGAAGCAACAAAATAACTTTGTGGTTTGGTGGTCACCATAACCTGAGGAACTTTGTTAAAGGTCAGAGCTTTAGGAAAGTTGAGACCCACCAATGTAGACTTTGGTC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Seq C2 exon
GTAAATGAACACTTGAAAGACATAATGGAACAAGAACAAAAATCTAAAGAGCACCACACGGCTGAAGCTCCAGGAGGTCAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008741:ENSRNOT00000060410:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.571
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0030726=CH=PU(5.7=16.7)
A:
NA
C2:
PF0030726=CH=FE(17.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]