HsaINT0033486 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000119397 | CNTRL
Description
centriolin [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1858]
Coordinates
chr9:121118469-121124084:+
Coord C1 exon
chr9:121118469-121118540
Coord A exon
chr9:121118541-121123930
Coord C2 exon
chr9:121123931-121124084
Length
5390 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTGAGT
5' ss Score
7.83
3' ss Seq
GATTTTTTTTTTTAATTCAGTCC
3' ss Score
6.29
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCGGAAAGCAGAAGGAGATTAAGGACCTGCAAATAGCCATAGATAGCCTGGATTCCAAAGACCCAAAACAT
Seq A exon
GTGAGTAAATTAAGAAATTTTGACTTGTTCTGTCTACATATTACATGTCTCATCATTGTTAGCATCAGAGTCCAGAGTCCTTTCTGAAAGTCTGTTTTAGTTTGATGTACAAATTTAAGTGATATATACATACAGTCAGCCCTCCATATCCATGGGTTCTGCATCTGTGGATTTAACCAACTGCAGATCACATATATTAGGAAAAAAAAGGATGGTTGTGTCTGTACTGAACATGTACAGACTTTTTTTCATTTGTCATTATTCCCTAAACAAGACAGTATAACAACTATTCACATAGCATTTATACTGTATTAGGTATTATAAGTAATCTAGAGATGATTTTAATATATAAGAGGATGTCCATAGGTTAAATACAAATATTATGCTATTTTATAGAAGGGACTTGAGCATCAGTGGATCTTGGTATCTGCAGGGAATCCTGGGATGAATCCCCCATGGATACTGAAGGAAAACTGTACATATATGTGTGTATATATAATGTATGTATGTGTATATATATGTGTATTATACATAAATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACACACACATATATGGAATGTGTATGTCTAAAACAAAACAACCTAGGGCTTGAAGAAGGTAGCTTTCAGTAAATGATGGCCGCATGGTATATTTATTTTTTTTTAAGTGGTTGAATTTCATTGTATTGCAGAGCAAGGGAGATTTGCTCCTTACCTTTCTCTCTCCTTGCCTTTTTTTCATCTTTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTGCTCTGTCGCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTCCGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCACCCACCACCACGCCTGGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAAGGTCTCACCATGTTGGCGAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTTGTGATCCACCCACCTCAACCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCATGCCCTGCCGAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGCACCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATGGGGTTTCTCCATGTTGCTCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCCTGATCTGCCTACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGTCATGAGCCACCATGCCCAGCCCTTCATCTTTCTTAAGAGCAGAAAAAGCTGAAGGGGGTTGCGAGTCCTTTTTCTACCTCTTCTATTTAATCCTTTTTGCAAATTTTCCACTGAACGTATTTGTTTTTTCATACTGTTTTGTTTTGTCCTTAAAAAAGGAAACATTCTCTGGAATGTTTCTTCCTGAGATATGGCTAGATATGGTCAGGTGGCTGGATACAGCCAGGCTCTTGTCTCTGTCTCTACTCTAAGAAGTTGTACTAATTGCTTATATTTTAGCTAATATTCCTAAAATACAAGGAAAAATATCTTCTACATATTCTCCTGGTATACCTTGAATAATAGGGGTTTTTTTTTTAAAGAACTTTAAGATCTCTGGATTAATAGAAATCATAGAATTTAACATAGTAAGGATATTGTAATTGCTTTAAGTACTTGACAAGTTGTTTAACTGTTCCTTTAAGCATTTTAGTACATATCATATATATTTTTTTGTGGGCCAGCTAATTTCAATAAAGGATAACCTTATGACAGATATAAGGTCTTTTCTAACAAAAGCCTAAAAATTGAAACCAAGGTATTAATATTGAAACCAAAAGTAGTCTTGATTATTTTAAATAATTTTGAGGAAAAATGGGGTATTTTAAGTAATGTATAATGTGGTCAATAATATCTTACTTTATTGCATATGTTTGTTCAATCTCCCACCCATGTAAGGTCCCTGAAGACATGAACTCTATCCTACTGGTATCCGTATCCCCAGGGACCAACCAGCCCTATGTTTATGAATGCTTGCATTGTGGAAGGGAGGAAGGAAGCAGCTTATAGATCCTACCCAAAACTCCTTTGCTTCCCCTTCCAGTTCTGTGATCTATGAGTCTAATTAGTAGCTGGATTATGTGTTTGCTTTCAACAAATGACTGTTATATTTCTGGCGGACAGAGAGTTCAATTCCCACTGGATTTCTGTAGAGAATTATACATGGAAAGGAGGTAAATGAGACATGGGAATGGCATCCAAGTTTTGAAGTTAGCTAAAATCAACCTGTGCAGTGGGGATGAAACATACAAACCAGATTTGAATTTCCTTTTTAATTTTATTAAAATTACTAATAGTTCTTAAGTTTGCAGCCTTAGTCCTAGCATCAGAGGACATCTCTTTTAAGTTTATCCAGCGGGAACATCTTTTTCTGATTCACAAAGTTTCATATTGGCTAGTGTTTGGCATCCCATTTTAGGCTACAAAATGTGAGCCTTTAAGCAGAAGAGAAATAATCAAGAGTGAGATGCCTGCATATTTTTCTATAGATATAGGTAGACTTTTATTTAATTAATTTTTATGTAATCAGATGAAGTATCTTTCTGAATAGCCAATAGAATTTAAAAGTAAAAGCTTCACTTTGATGAGATATTATAGAAAGCAACATATTAAGTGCCCACAATGTGTCATACATTGTGCTGTATTTTCCATGTTCTGGTGAGGAACTTTTATTAACATCTATCCATTTTTCTTTCAATTTGCAGAGGATGAAAATGTGATATAGAAATATTAAGTGAATTGCCCCTAAGTTATTGTTTTAGAAAGAGGTGGAGCCCTTGCTTATGCTACCACAATGACCCTCTCTTCACAAAGCAATTAAAGGTCTAAAGAGATTATTTTAAAATTAGCTCAGAACTAAGCCTAGGCAGGTTTTCAGCAAATATAAGCATTTAACTAGGTTTCAAATTCACAGACTATTTTAGTTATAAAATTATTCATAGAAGCACAAATTATCACCGGAGCAAACATAATGAAGATTTGTATTGCTTTTCTCTATTGGGAAATGTCCTATTGGAAGCAAAAGGTAACTGTTCGCTAGAGGGAACGAGCTGTAGTGATCTGTTGCAAAGTTTGGGCGTGATTGGCCCCTGGGAGCTTCCTGTGTTATGATTTAACTCGCGGAGGGTGGGGCCTGCCCGCAGAGGCTGCTGGTGATTGGATGGGCGGGGCCGCCGCTCACTCTTGGCCAAGAATGTGGTTTGAGGCTCTGCGAAGTTACAGAGGCTCGGAGGCGCTTGCAAAAATGTGGCTGTCAGAGAGGGAAGTGCACATGAATTTGAAGACAGCATTAGAAAGCGTTCCGCCCACAGTTTCTCTGTTCTCAACGGCTCAGTTTTAACAGGATAAATTTTAAGTTAAGGTATGATATTTTTTCTCTCTCTGTACAAAGGACTTAAAAGGAGGAGGAGTCAGAGATGTAAGTTCCTGTTTTTACAATAACTCTTTTGTGAGCTCCACCGTGGTGTAAATCGCAGAATCTACTTTTGTTCCCATGTATTTAATGTACACCATTGGCATATTGAACCAGATTTTTATCCTGCGTATAAAGGTTTTGGTGGAATTTTTAATGGTGAATTTTAAAGATTTATTGATATGAGTGCAGTCTTTTAAGAAATTATTTCTTGAGCCATAAAAACCCGAAATTTACTTAGAATGTAAGCTGTTATATGTAGTTAACTTTTCAGAAAGATTTCAAATGGGTATTTTGGGAGTGTAGGGAAAAGAGTTTGCAAAATACCATAAAGCTTTACCAGTAGTAAATTAAAAACCTTCCAGTTAAGCTGCCACTCTTTTGTTCATCAGAAATGAAGAGACGTTTCTTTCTTGTATTTGGGGTAAGCAAATACATAAAATTGAGTAATATTCTTTTATAATCACATGGGTCTTAGACTTGAGATCATTGGTGTTCATTTTTCTGACTGATACAGTTCCCTCTTTCGATAACTTTCTCTTCATTTATTGTTGTATTCCTCTGATCCTGTGGGTACCAACTTAAGAGTCATGAAGGTGTGAGTGGGAGGGCAAAGGTTCTCTGGGGAATTATTTTGTCTCCATATGAACAGTTGCCTCAGGAGACATGCAAGTCATTTGATGGATCTGAAATTCAGTTTTCTCATGTTTAAAAGGAAGGGTTAGACTAGATCATTGGCTCTCGATTTGCTTTCCCTAGCACACCTGAGAAATACAATCCATTCTTTTCAGTTAACAGTAGTTCCCTGATGCCATGACTTCAGGGTGCGGGAGGGTGTGTGGGTGTGTGAAAGCTCTGTTTTCCACCATGGGTTAAGTGTAGTTGTAGAGGGGTATACCTCCTTAGGGCCCTCCATTTTGAGACTCACCGGGCTAAGTGGTCTTTGAGGTCCCTGTCAGCTCTCAGTTTATTGAAAAGCCAAATGTTTGTTTGTGTAAGAGATTGAAAGTGAATTTGAATTTCAAGTATTTTATCTATTTCATACCTCTATTTTCTTCTAAGAAACCTTTTTTAAAAAGTAGATTTAATTTTTTTATTAAAAAGGCATTACTTATCTACTATAAAAGTTTTTTAAATATAAAAATACTCATTACAAAAGGAAAAAATCCCCATGTAATCCTTCCACCCAGGTATAATTCTTGTTAGCATTTTGGGATATAGTTTTTAAGTCTTTTTCTATAGATATATGCCATAACCAACTAATTTTGGAAACCTTTTTTAAAAGACACATTTTAGGCTGGGCACGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCGATTTGGGAGGCCAAGGCCGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCCAGATCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCCGTCTGTACTAAAAAAAACAACAAAAAGTAAAAACAAACAACAACCTGGGTGTGGTGGCCCGCACCTGTAGTCCCAGGTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCA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Seq C2 exon
TCCCATATGAAGGCTCAAAAGAGCGGTAAAGAACAACAGCTTGACATTATGAACAAGCAGTACCAACAACTTGAAAGTCGTTTGGATGAGATACTTTCTAGAATTGCTAAGGAAACGGAAGAGATTAAGGACCTTGAAGAACAGCTTACTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000119397:ENST00000373850:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.258 A=NA C2=0.388
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127952=MscS_porin=PD(52.6=92.3)
A:
NA
C2:
PF138511=GAS=PU(35.6=69.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development