HsaINT0036903 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000162368 | CMPK1
Description
cytidine monophosphate (UMP-CMP) kinase 1, cytosolic [Source:HGNC Symbol;Acc:18170]
Coordinates
chr1:47799469-47834287:+
Coord C1 exon
chr1:47799469-47799788
Coord A exon
chr1:47799789-47834140
Coord C2 exon
chr1:47834141-47834287
Length
34352 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
CCTATGTGTGCTTCTTTCAGAAA
3' ss Score
9.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GACAGGGCCGCGGACGCCCGGGCAGCCACGGCGGCGGGGCCGCGGCGGGCGCCGGCTCAGCCCGCCCCTTTCTCCCGCCGCCTCCCCGCCCCGCCCCGCGCCGCGCCGGCCGCTGTCAGCTCCCTCAGCGTCCGGCCGAGGCGCGGTGTATGCTGAGCCGCTGCCGCAGCGGGCTGCTCCACGTCCTGGGCCTTAGCTTCCTGCTGCAGACCCGCCGGCCGATTCTCCTCTGCTCTCCACGTCTCATGAAGCCGCTGGTCGTGTTCGTCCTCGGCGGCCCCGGCGCCGGCAAGGGGACCCAGTGCGCCCGCATCGTCGAG
Seq A exon
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NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040617=ADK=PU(10.4=29.8)
A:
NA
C2:
PF0040617=ADK=FE(29.3=100),PF134621=Thioredoxin_4=PU(27.0=63.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)