MmuINT0037814 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000028719 | Cmpk1
Description
cytidine monophosphate (UMP-CMP) kinase 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1913838]
Coordinates
chr4:114641823-114659833:-
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
chr4:114641823-114641969
Length
17601 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000028719-Cmpk1:NM_025647:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: