HsaINT0036899 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000162368 | CMPK1
Description
cytidine/uridine monophosphate kinase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18170]
Coordinates
chr1:47333797-47368615:+
Coord C1 exon
chr1:47333797-47334116
Coord A exon
chr1:47334117-47368468
Coord C2 exon
chr1:47368469-47368615
Length
34352 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
CCTATGTGTGCTTCTTTCAGAAA
3' ss Score
9.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GACAGGGCCGCGGACGCCCGGGCAGCCACGGCGGCGGGGCCGCGGCGGGCGCCGGCTCAGCCCGCCCCTTTCTCCCGCCGCCTCCCCGCCCCGCCCCGCGCCGCGCCGGCCGCTGTCAGCTCCCTCAGCGTCCGGCCGAGGCGCGGTGTATGCTGAGCCGCTGCCGCAGCGGGCTGCTCCACGTCCTGGGCCTTAGCTTCCTGCTGCAGACCCGCCGGCCGATTCTCCTCTGCTCTCCACGTCTCATGAAGCCGCTGGTCGTGTTCGTCCTCGGCGGCCCCGGCGCCGGCAAGGGGACCCAGTGCGCCCGCATCGTCGAG
Seq A exon
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NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040617=ADK=PU(10.4=29.8)
A:
NA
C2:
PF0040617=ADK=FE(39.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development