Special

HsaINT0036899 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
cytidine/uridine monophosphate kinase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18170]
Coordinates
chr1:47333797-47368615:+
Coord C1 exon
chr1:47333797-47334116
Coord A exon
chr1:47334117-47368468
Coord C2 exon
chr1:47368469-47368615
Length
34352 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
CCTATGTGTGCTTCTTTCAGAAA
3' ss Score
9.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GACAGGGCCGCGGACGCCCGGGCAGCCACGGCGGCGGGGCCGCGGCGGGCGCCGGCTCAGCCCGCCCCTTTCTCCCGCCGCCTCCCCGCCCCGCCCCGCGCCGCGCCGGCCGCTGTCAGCTCCCTCAGCGTCCGGCCGAGGCGCGGTGTATGCTGAGCCGCTGCCGCAGCGGGCTGCTCCACGTCCTGGGCCTTAGCTTCCTGCTGCAGACCCGCCGGCCGATTCTCCTCTGCTCTCCACGTCTCATGAAGCCGCTGGTCGTGTTCGTCCTCGGCGGCCCCGGCGCCGGCAAGGGGACCCAGTGCGCCCGCATCGTCGAG
Seq A exon
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NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0040617=ADK=PU(10.4=29.8)
A:
NA
C2:
PF0040617=ADK=FE(39.7=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development