HsaINT0036899 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000162368 | CMPK1
Description
cytidine monophosphate (UMP-CMP) kinase 1, cytosolic [Source:HGNC Symbol;Acc:18170]
Coordinates
chr1:47799469-47838779:+
Coord C1 exon
chr1:47799469-47799788
Coord A exon
chr1:47799789-47838626
Coord C2 exon
chr1:47838627-47838779
Length
38838 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
AAATCTTCTTTTTCCTTTAGGAA
3' ss Score
10.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GACAGGGCCGCGGACGCCCGGGCAGCCACGGCGGCGGGGCCGCGGCGGGCGCCGGCTCAGCCCGCCCCTTTCTCCCGCCGCCTCCCCGCCCCGCCCCGCGCCGCGCCGGCCGCTGTCAGCTCCCTCAGCGTCCGGCCGAGGCGCGGTGTATGCTGAGCCGCTGCCGCAGCGGGCTGCTCCACGTCCTGGGCCTTAGCTTCCTGCTGCAGACCCGCCGGCCGATTCTCCTCTGCTCTCCACGTCTCATGAAGCCGCTGGTCGTGTTCGTCCTCGGCGGCCCCGGCGCCGGCAAGGGGACCCAGTGCGCCCGCATCGTCGAG
Seq A exon
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Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)