RnoINT0037801 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007775 | Cmpk1
Description
cytidine/uridine monophosphate kinase 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1310116]
Coordinates
chr5:133766243-133786452:-
Coord C1 exon
chr5:133786189-133786452
Coord A exon
chr5:133766390-133786188
Coord C2 exon
chr5:133766243-133766389
Length
19799 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
CTATATGTTTTTTGTTCCAGAAA
3' ss Score
9.52
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007775:ENSRNOT00000010318:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040617=ADK=PU(10.4=30.4)
A:
NA
C2:
PF0040617=ADK=FE(29.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]