BtaINT0039769 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000019956 | CMPK1
Description
Bos taurus cytidine monophosphate (UMP-CMP) kinase 1, cytosolic (CMPK1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001046044]
Coordinates
chr3:99493462-99521190:-
Coord C1 exon
chr3:99521004-99521190
Coord A exon
chr3:99493609-99521003
Coord C2 exon
chr3:99493462-99493608
Length
27395 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
CTATGTGTTTTTTCTTTCAGAAA
3' ss Score
11.73
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000019956:ENSBTAT00000026582:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.041
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040617=ADK=PU(10.4=68.0)
A:
NA
C2:
PF0040617=ADK=FE(29.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]