HsaINT0037408 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000044459 | CNTLN
Description
centlein, centrosomal protein [Source:HGNC Symbol;Acc:23432]
Coordinates
chr9:17486987-17503917:+
Coord C1 exon
chr9:17486987-17487064
Coord A exon
chr9:17487065-17502548
Coord C2 exon
chr9:17502549-17503917
Length
15484 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTT
5' ss Score
7.51
3' ss Seq
TTTTTGTGTTTCTTTTACAGCTT
3' ss Score
12.33
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTTCCTTTTGCCTCATATTTACTAGAAGCAGTACTGGAAAAAATAAATGAAAAAAAGAAACTAGTTGAAGGATATTTCACAATTATGAAAGATATTAGATGATATTAAAATGGAGAGCTTTATTGCAAATGTGAAAACTTTTTATGTGGTGTGATTGGAATACATGCATTGCAATCCTGACACGGTATCTGCTCCAACTATCAATAGTCAGGTTCAATACCAAAATAAGAAGTCTCTGAAAATAATTAATTGCTGAACAAGTGAAACTAATTAAGTACATAGCCATTTAAAAGGAAATAGTGTAGCATCTGATGGTCGAATACAAATATTGCCACAAATCAGTGCAAACTTAAAAATGATTTTCCTTCTAGTGCATTAAAAGAAACTGAGCAGGCTTGGTACACACAAATTGGCCTGAGCATAAGAAGAAAAAGTATCAACTAAGGATTTAATGTTTTACGTTTCATGAAGAAACTAGACTTTTTACATAAAACTGCTATAGATGGCCATAAGTGGTCCAGGGAGCAACAGATTTGTAGTATGAGCAAATATAAAATGAAGCATCATAACTTGAGCATTTATTGAAATAAATTGTGTGGTCCAATTGAATCTGTTCTCATTGATGTGCTGGTTTATGTAGGAGATACTGTGTATTTCTACAACTCTTTGGCAAAAACAAAAACATTTTCTTCTTCTCTCTCTTAACTTCACAATACTATACGTTGTGTAGTCATATAAATTTGCAGGGAACCACAAACCCAATGTATAAAATTAGGCTCTATTTAACAGAACTACTACTGTGGTCAGCTAATTTAAGTTACATTCTTAACCATGATGTCATCCTTATTTAGATTCCTGGACATTCCCACCTCATTTCACCTCTTCACCGTGTTCCTGCCATACCCTTTTTGGTTCCTCTAATTCACCATACTGGTGCCTGCCTCCCACATTTGCCCTTGGTCTTCTCTCTTTCTAGAATACTCTGCACTCAACTTTCCTCATGGCTGGCTCCTTGTCATCATTCAGCTCCACCTTCCCCGGTCCCTCAGAGACACATTCTCTGACCAGCTTACTATTTTATTTCCTCATAGCACAAAATTATCTATCTGTTCATGTATTTGTTTTCTTGTTTATTTTCTTCTTTTCCCTCTTTAGTATGTAGGTCCCATGAGATTAAGGCAAGGGTTGGCAGATTATAGCCTGCAGGGCGAATCTGGCCTGCCACCTGTTTTGTATGGCCCACAAGCTAAGAATGGTTTTTGCCTTATTAAATGGTTTTTAAAAAATCAAAAGGAGAATAATATTTTGTAGCATGTGAAAATTATATAAAATTCAAATTTTGGTGTCTGTTAATAAAGTTTTATTGGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000044459-CNTLN:NM_017738:25
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.058 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)