BtaINT0040278 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001847 | CNTLN
Description
centlein, centrosomal protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23432]
Coordinates
chr8:26938856-26953702:-
Coord C1 exon
chr8:26953625-26953702
Coord A exon
chr8:26939543-26953624
Coord C2 exon
chr8:26938856-26939542
Length
14082 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTT
5' ss Score
7.51
3' ss Seq
TTTTTCTGTTTCTTTTACAGCTT
3' ss Score
13.29
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAATTGAAAGGACGAAAACCGAGGCCGAAAATGACAAAGAATGGCTGTTGTACATTCGGAAACTTCTTGAAGGACAG
Seq A exon
GTATTTCACTTTTCCACTTCATTTATTAAAAGTTGCAGATAAAAATTCCAAGCTTATTTTTTATTACTAGATGCCTAAAATTTTGGAAACACTTACACATTGCTTACTTCTGTTAGGTAAAGAAGTATTCCAATAGGCAGACAGGAAAGTTAACCCTCTATTTGTACTTCTGGACTTAACAAATGAAGCAAGTGCCTTGGGAAAGAGCCAACACGGGTCTTAGCAAATGCATTAATTAAATTATTGAGTCAACGTCTATGCTTGCTAGACTGAAAAGGATCCATTCTCTCAGCTCTCTTAGGAACAGAGATTCTTTATTATGTGTCTTTAAAGTTAGTAGTTGATATGGACACCTGAGGAGTTCACGGGTTTCAGTGACCTTTTACTGTGGCCCTGTTTCCAGTCAATTCATGTTTTCCTCACAGCCAGACAGCTGTTTATTACTGTGTCTTCCCGCATTCTCTACAATATTTTCTACTGAGACCTCGAGCAGCTTGTTAGTGGGAAGTAAATATTGATTTGGCATCCTGTCAATGCAGAAAGAATGAAAAAATTTCCACCAGAGGCCCCTCAAACATTTTCCTATCGACATTTTCTGGGCCGAGTGGAAAGCTGCATAGAGGATGACAAGGCCAAGACGAGTGGAAATCCCTGAGGGGTCTATTGAGACTGCTGCTGTGACCTGTGTGATACTTTTTCTTCTCTTTCAAGTATTTTTTTAATACACATATAGTCTGTTGGGATGTGCCCCTCTTGTAAGTGATCAGGGCAGTTTATTGGCAGGTGAGAGCCCTGCTTTTCTAGTCATAGCCGGCTTTTGTTCTGATATCACTGACAGCATGTAATGTATTCTACAACTTCTTCATTATGGTTCTTTTTGCTCAACCTAATTATTGTTGATTTCAAAAATGAACTTGATTCAAAACAGCTAAAATGTATTTCTCAAAATATTTAAAAAAAATTCGTGTTTTGTGAGTGCAGTATATGGGTTTTTGGAAAAGCAAGAATAAGTAAATAATACGTGAACTATTCATATTCTTAGTACCCATTTTTTATATTTTTGAAACATTATCTGGAAATACTATGACTGTTACTATCTATAGTAACAGAAGGTGATGGGCACTTTTTTGCTTCAAGTTGTTTAAGTGCAGACATGCAGGTGCTGGGCAAGCCTTCTAGCTTTTGAGAAGAAAAGCCATTTCTCAGTCATGTTGCATTCCCAGCACCCAGCCCAGTACCTGGCACATCAAAGGAGTTCAGTAATGATTGATATGGGTTATTTTTTTTTAACTAGAATGTTATAAAAATATGCTTTTAATGGATTTTTTAAACATTCAACATGTAAGTATGACCTTTTGATATAGAAGTGTTATCATCAATTATGAACACAGAAATCATAAATCCATATGTATAAATCTTTATTAAATGTTACTAAAGCTCTATTGATACCACATCTGCACATGTAGATATACATATGTGCATTCTACATTATCTGGGTGTATCCTTATTCTGTCCAGTTAGTGTAAAAAAGTCCTGTTGAAAATGGCATTAGACCACTTAATACTGCAGTTTGATATAATGCCTTTTTGTGCCAGTGAGCCTGGACTCTGGAATATAATTGCCTGGCAGTATTGATTTAATTGCCCAGGTTTATTTGTGGACTCCTAATTATTGACTGGAGGTGAATTTAATGGAGCAGCCTCTATGAACACTGGGAAACTGCTGCTGTTGCTGTTATACATAATGAACTGCACCATGTGCCTTTAAAGCATTTGTCAAGCTAATTTTATTTCACTGTGACAGTATGATAACATTTAAAAAGTCAAAGACTTTTATTTTTATTACTGACATAGGTGGTTTTGCTGATGTCTTTGAATTCTGTAAGAAAAAAAAGTAGGGACTTCACTGGTTGCACTTGAATGTCACTTTATAATTATGCCCAAGAGAAAAATCTATAAAATAGAAAACATCTTTTTTTTAAGCCTACTTCTTCTCTCTCAATTCTAGCAATTATATTTGTCCTGAATTTTAGAAAAGGTTTTCTTTGTCCACAAGTTTTTGAGAGTCTAAGTTATGCTCACAGGGTTTTGTGGGTAAAAGTGTAAATATGTTCATTCATTCATTTTGTTTAGTTTATGCCATACAGCTCCCTGAACCTGAGGTTATGTGATCTTGAAGCTGTGGAGTAATTGAGTGCATTCCCTGAAAAATTCCAAATTAATTCAACATTGATATTTGATTATTAAAATACTTTGAAGATTAAATTATAAGAAAACTTCCCTTTTATGTACTCCCTCTGTGTTGAGTGCTGTATATAATAGAATTCTGACATCATAGGAGTGAATCTGGCTCTGAGGTTTTATCTTTTCTTATTAGGATTAGGCGAAAGAATTGTTTTCTGTTAAAAAAAACTTTTTCTGCATTGATTTGAAAAATTTATATTGATAAAATAATTACCGCAAAATAAAAACTTTTCTACCATATGACCATTTCTGTCCTTTATCAAGCCCATCTTTGCATGAAATGTTCCCTTGGTATCTCTAATTTTCTTGAAGAGATCTCTAGTCTTTCTCATTCTGTTGTTTTCTTCTACTTCTTTGCATTGATTGCTGAGGAAGGCTTTCTTATCTCTCCTTGCTATTCTTTGGAACTCTGCATTCAGATGCTTATATCTTTCCTTTTTTCCTTTGCTTTTCGCTTCTCTTCTTTTCACAGCTATTTGTAAGGCCTCCCCAGACAGCCATTTTGCTTTTATGCATTTCTTTTCCATGGGGATGGTCTTGATCCCTGTCTCCTGTACAATGTCACGAACCTCAGTCCATAGTTCATCAGGCACTCTTATCAGATCTAGTCCCTTAAATCTATTTGTCACTTCCACTGTATAATCATAAGGAATTTGATTTAGGTCATACCTGAATGGTCTAGTGGTTTTCCCTACTTTCTTCAGTTTAAGTCTGAATTTGGCAATAAGGAGTTCATGATCTGAGCCACAGTCAGCTCCCGGTCTTGTTTTTGTTGACTGTATAGAGCTTCTCCATCTTTGGCTGCAAAGAATATAATCAGTCTGATTTCGGTGTTGACCATCCGGTAATGTCCATGTATAGAGTCTTCTCTTGTGTTGTTGGAAGAGGGTGTTTGCTATGACCAGTGCATTCTCTTGGCAAAACTCTATTAGCCTTTGCCCTGCTTCATTCTATATTCCAAGGCCAAATTTGCCTGTTACCCCAGGTGTTTCTTGACTTTCTACTTTTGCATTCTAGTCCCCTATAATGAAAAGGACATCTTTTTTGGGTGTTAGTTCTAAAAGGTCTTGTAGGTCTTCATAGAACCATTCAACTTCAGCTTCTTCAGCATTACTGGCTGGGGCATAGACTTGGATTACTGTGATATTGAATGGTTTGCCTTGGAAACGAACAGAGATCATTCTGTCGTTTTTGAGATTGCATCCAAGTACTGCATTTCAGATTCTTTTGTTGACCATGATGGCTACTCCATTTCTTCTAAGGTATTCCTGCCCACAGTAGTAGACATAATGGTCATCTGAGTTAAATTCACCCATTCCAGTCCATTTTAGTTCCCTGATTCCTAGAATGTTGACGTTCACTCTTGCCATCTCCTGTTTGACTACTTCCAATCTGCCTTGATTCATGGACCTAACATTTCAGGTTCCTATGCATTATTGCTCTTTACAACATCAGACCTTGCTTCTATCACCAGTCACATCCACAACTAGGTATTGTTTTTGCTTTGGCTCCATCCCTTCATTCTTTCTGGAGTTATTTCTCCACTGATCTCCAGTAGCATATTGGGCACGTACCGACCTGGGGAGTTCCTCTTTCAGTATCCTATCATTTTGCCTTTTCATAAAGATGGGCTCGATAAAGGACAGAAATGGTATGGACCTAACAGAAGCAGAAGATATTAAGAAGAGGTGGCAAGAATACACAGAAGAACTGTACAAAAAAGATCTTCACGACCAAGATAATCACGATGGTGTGATCACTCACCTAGAGCCAGACATCCTGGAATGTGAACTTAAGTGGGCCTTAGGAAGCATCACTATGAACAAAGATAGTGGAGGTGATGGAATTCCAGTTGAGCTATTTGAAATCCTGGAAGATGATGCTGTGAAAATGCTGCACTCAATATGCCAGCAAATTTGGAAAACTCAGCAGTGGCCACAGGACTGGAAAAGGTCAGTTTTCATTCCAATCCCAAAGAAAGGCAATGCCAAGGAATGCTCAAACTACTGCACAATTGCACTCATCTCACACGCTAGTAAAGTAATGCTCAAAATTCTCCAAGCCAGGCTTCAGCAATACGTGAACCATGAACTTCCAGATGTTCAAGCTGGTTTTAGAAAAGGCAGAGGAACCAGAGATCAAATTGCCAACATCTGCTGGATCATGGTAAAAACAAGAGAGTTCCAGAAAAATTTCTATTTCTGCTTTATTGACTATGCCAAAGCCTTTGACTGTTTGGATCACAATAAACTGTGGAAAATTCTGAAAGAGATGGAAATACCAGACCACCTGACCTGCCTCTTGAGAAACCTATATGCAGGTCAGGAAGCAACAGTTAGAACTGGACATGGAACAACAGACTGGTTCCAAATAGGAAAAGGAGTATGTCAAGGCTGTATATTGTCACCCTGCTTATTTAACTTATATGCAGAGTACATCATGAGAAGTGCTGGGTTGGAAGAAGCACAAGCTGGAATCCAGATTGCCGGGAGAAATATCAATAACCTCAGATATGCAGATGACACCACCCTTATGGCAGAAAGTGAAGAGGAACTCAAAAGCCTCTTGATGAAAGTGAAAGAGGAGAGTGAAAAAACTGGCTTAAAACTCAATATTCAGAAAACTAAGATCATGGCGTCTGGTCCCATCACTTCATGGGAAATAGATGGGGAAACAGTGGAAACAGTGTCAGACTTTATTTTTTGGGGCTCCAAAATCACTGCCGATGGTGATTGCAGCCATGAAATTAAAAGGTGC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Seq C2 exon
CTTCCCTTTGCCACATATTTACTAGAAGCAATACTGGAAAAAATAAATGAAAAAAAGAGACTAGTTGAAGAATATTTTACAGTTATGAAAGATACTAGATGATATCATGATTGAGAACTTTTTTTCAGATGTGAAAACTTTATGTGGTGTGATCAGAAAACATACACTGCAGTCCTGATATAATATCTGCTCCAACTATCAATAGTCAGGGTCAATACCAAAATAAGAAGTCTCTGAAACCAATTAATTGCTGAACAAGTGAAACTAATTAAGTGCATAGCCATTTAAAAGGAAATAGTGTCGCATTTGATTGTTGAATACAAATATTGCCACAAATCAATGCAAACTTGAAAATGGTTTTCCTTCCAGTACATTACAAGAAATTAGAACAAGCTTGGCATATACAAATTATCAAAGAAAAAAGTTTAAACTGAAGCCTTAATGTTCTGAGTTTTTTAAGAAACTATACTTTTTACATAAAGCTGCTATAAATGCTCTAAATCACCTGATAAGCAACACATTTGTATTGAAAGCAAATATAAAGCAAAGCATTACAACTGAAGAGTGAGCATTTAATGAAATAAATGGTGCAGTCCAATTGTATCTGTTCTCAATCTACTGGATTATATAGGAGATACTGTATTTTCCTAGAACAATTCAGCAAAAATAAAAACATCTTCTCCTTCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001847:ENSBTAT00000061355:37
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.231 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]