GgaINT0062321 @ galGal4
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:E1C332]
Coordinates
chrZ:32796613-32805311:+
Coord C1 exon
chrZ:32796613-32796690
Coord A exon
chrZ:32796691-32804785
Coord C2 exon
chrZ:32804786-32805311
Length
8095 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGTA
5' ss Score
-0.53
3' ss Seq
TTGCTATGTTTCTTTTTCAGTTT
3' ss Score
11.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGCAGCACAGGCAAAAATGGAATCTGAAAAAGACAAAGAATGGCTGCTCTGTATACAGAAACTTCTTGAAGCACAG
Seq A exon
GTTGTAAATTTATTTATTCCCTTAACAAATTACAATTTTCTACTATGAATAGATAAGTGTTTTTAGGTTGCAATTTGTCCATGGTCTTTGTAATTATGCCACCACTAATTGTGATAAGGTAACATAAAATCCTTGTTTTGGTAGCATTTCCCTTTTATTTCTCTTAAGAAATCTTAAGAGTCGGTGGATAGAACTGAAGAGATGTTAACCTACAATTTGCTGTAGCTAACTTAACAGCTGAAAACTGAAACAATGCTGGAGAAAACCAGCACAGATCTTGGCAAATGCATTAATTAAATTATTGAGACAGTGGAAAGGATCCATCCTCTCATACCTCTTAGGAAAAAGAGATTTTTTACTATGTGCCTTTAAAGTTAGTATTTGATATGGACACCTGAGGAGTTCATGGGTTTCGATGACCTTTTACTGTGGACCTGTTTCCAGTCAATTCATGTTTTCCTCATAGCCAGACAGCTGTTTATTATCGTGTCTTCCCGCATTCTCTACAATATTTTCTACTGAGACCTCGAGCAGCTTGTTAGTGGGAAGTAAATATTGATTTGGCATCCTGTCAATGCAGAAAGAATGAAAAAATTTCCACCAGAGGCCCCTCAAACATTTTCCTATCGACATTTTCTGGGCAGAGAGGAAAGCTGCATAGAGGATGACAAGGCTGAGACTAGCAGAAATCCCTGAGGGGTCCATTGAGACTGCCGCTGTGACCTGTGTGATACTTCTTCTTCTCTTTCAAGTGTTTTTTTTAATACACACAGAGTCTGCTGGGATGCTCCCCTCTTGTAAGTGATCAAGGGCAGTTTATTGGCAGGTGAGAGCCCTGCTTTTCTAGCCATAGTCAGCTTTTGTTTGGACATCACTGACAACATACACTGACTCTTGAAACTTTTCCATTATGCTTTCGTTGTCTCCTTTATTCAGACAATGTGTAGCTGATATCTGAAATGAAAGAAAGTTTGATTTATAAATCCAGTGTTCCTAATGCATATTCACTAGCGTGAGTCCATTAGCGATGCCGTTCAGTTCTGTTAGGGATTTGAAGGATTGAAAATATTTTGGTAATCATTCCAAGGGAACAATCTCTTTCAGGCTGAAATGTTTTGTCAGTGATAGCTTTTGTGCCTGGATTGCGTCCTGTGACCAGATTTTTTAAGAAACAGCAGGTTTTTCCTCTGTCATTATCTTAACTTTCTGCCGTTAAGACTGCTTAATTGCTGCAGTGGAGATGGAAATATCAGTTTGCTTTTACTAGCTTGGTCAGAAATATTAGCATTTTAACTTGAACACTTTGTAGTATTACATGAAACTCAGAAATAAATACAGAACTACTCCTATTCATCAAATTGCTTTCATTGCAGTTTTTTTTTTTAAACCTATGAATTTCAAAATTCTGTTCATATTATTGACTCCAAAATATAAATCAGATGAGGAATATGATGAGACTGGTTCTGGTTGTATTTTTGTTGTCATTCTTTGGCAGATTGTTAAAAAATCCTAAACAGAATTTTATCTCTTCTCTTTCAATGTAGAAAGACAGCCAGAGCCAGGGAATGGAGAGTGGGGGGGGTTATTGACCACGTTACCAAATCTTAACGAAAGCTAGGGGAGCTCACTGCACTTAGCCACATCTGTTTGTGTACAAGTTCATAGTGGTTTTCAGTGGTTTTTGCTCCATCTTGTGGGGTTCCTCTGGAGGAGCTCTGAAGGTAAAAGTAATTCTCAGCAAATCAATCATCTTTAGGATCACAAAGGAATTAGTGCTTTTTTTAGGTGCAGCCGACCCTGCTTTTCCTTTCTGTCCCTGCTAATTCACATGGTTGGAAATTGCATAGATTTCTTAATTTCGGAGCAGCTCGCAGAAGAGGTTTGTGCCCTTTTAACTGCTTAACTCATGCCTTGTCCAAAGATTGGTTGTGGTTTCCTTTTTTAGACACTGGTAGTATTTCTGGTCAGAAAAGCTCAAGCTCATGGTGGAATTAGGGCTTTCTGTTAGGACTTTGCTCAGAACAGACTGCTTAGTGGTACAGGTTGACAAACTGTGATCCCCTCTGTATCCTGAAAAAAGGTGTGGGCTAGCTCTTTACTCTTATTCTGAGAAAATGTTCAGATGGAAATTGCATCAGATCACTTAATATTGCAGTTTGATATAGTGTCTTTTTGTGCCATTGAGCCAGGACTTTGGAACATAATTGCCCAGCAGTATTGATTTAATTGCCTAGGTTTATTTGTGGACTCCTAATTATTGACTGGAGGTAAATTTAATGGAGAAACCTTTATGAACACTGGGAAACTGCTGCTGTTGCTGTTATACATAATGAACTGCATCATATCCCTTTAGATCATTCTTCAAGCTAATTTTATTCCACCATGACAGTATGATAACATTTAAAATGTCATAGACATTTTATTTTTATTACTGACATACACCATTTTACTGCTGCATGAGATTTTTGGGGGGGACTGGGGCAGCACTAGTTGCTTTTTACTGTCATTTTATAGATTCCCCTAAAGTGTAATCATAAAGGATAGCACACCTCCTGTTTTACACCTCATCTGTACCTTTATTTGCTGCATGCTCATGACTTAAAAAAGTGTAATTTCTATCAGCTTTATGAAAATGTTAATAATTCAGTGCTAAATATTTTTGCATTCATGAATGTCCCCAGTCAGAATTTGTGTAGCTACTTTACCAACCGCTGCAGAACCATATAGGAGGAAACTTAAATTCTGATGGAGACATCTCTGCTTCAAGATGTTGTTATGTACATAAGAATCATCCGATCTGAAGGTACACCCATGTTCCGAATTCTGCAGAGCCAGTAAACAACCCGTAGACAGCCACTGACTGTCTAAACCTACATCTTGAATGTCCAACAGGTGCTTTTTCCAGTTTTTGTATTCATGCTGTAACACCCAAGGACTACAGTGCTGTCACTAAAGCGTAAAAATGAAACATCTTAATAACTGATGTTTGGATGACAGTCAGGAGGTTATCTTGCCTTTGAAGAACTCACTCGTAGAGAGGCTTCACAGGAATGCATGCAGATACCCAGTGTCCCTGAGCCACGTGTAGAGACACTCAACACCTTGTGCATTTGTGAGTGGGCATGGGAGAGAGAACTCAGGAGATGTATTGCATTATAGAATATTTGGTATTTGGGAGTTTGTGGTTTTTGTAGAAGGAGGGTACAGTTACGGACATCTTGATATATAGGTGTGTTGATAGTTTGCATGAGGCTTCTACTTGCGTGGGGTGTTTTCTTCCACGTCACCTGTTTGTGTATGTCTTGTTATTTGAACCTGACACAGTGTAGTAGCATTCTCTGTTTATAATCAAGAAAAAAAAAAAACCCTTCTCTAGCTTTTTCCCATTACAAGGAGCCTTCTGTAATCAAATTGAAAGGATGACTTCTTTTCACAGCTTAGACAAGATTTCTCTTACCACTCAAGGCGTTCCTTCATTGTGATTGATTGTAAGGAAGAGCATCTCTGAACAATCAGTTATTAATTTTGTATGTGAGTACAACATGCTAACCCCAATCTAGATTACCACCTGAAGTCTCTGAGAACTATTTTTTTAGTAAAATACAAATCATTTGCCTAACTCTTCCAAGCATTGTACCAAATGTCAGAATTGATTTATCAGGTCCCTTATCAGATACAGAGCAGCTCTTGTCTTCCCTCCCTCTTCCTGTACTCCTCAGGATATCACATCTCATATGAAGCTGCCTAATGAAATCTGTCCTCTCATGACCTCATTATTCGTATACAAATCATATTCCAGTAGTTAAAACTTCCAGAAAAACTCCCTCCCCTTTGTTCTTTGGGCTCCCTGTAGGTATTGGTATAATCTGTCTCTAGAACACAGACTTGGAGCAGCATATCCACTCCTCATCAGTAAGGAGTTTCTCTAACCCATTTTTAGGATTTGCACTAGATTTTAAATGCAGACTTCCTCTGATCTCATCTACGAATGTACACCAACTGCCATGGTTGTTTCCTTTCACATTTTCTGGCTGGAACTCACCTGTTCTGCTTCTCTGGGTCTCTCTCCAGCCTGCATGTGTCTTACCCCTTCTCTTTGTGTAGGTCTCTGCTCGTTGCCTGTTGTCTGCTCACATGCACACATGCACACACTGACCACAGTAACCACCACACGGTGTTTTACATACCTGCACCTTCAAAAGCAGCAGCATTGCAGATCAAATCTTGCACTGGATACTGTTAACATCACATATGTACAGCTACCCCAGAGAGGAGCAAACAACAAACAAAGAATAACAATGAAATGAAGCGTATCTCAGTATTCTGTTCTACTGTCTTACAGTTACAGTGAAATTAGGAAGTTTGGGTCATTAAAAATTGGCATTTCTTCAGTTTTACTTGAGGTCGTTGTTTGTGGTTCACACAATTAGAGTTGAGGCAGTTTTGCAGCATGTTTTGGATAGTTTTGTTGAGCAAATTTATTACACTGATGATCCATGTAGGTAGATTTAAAATAGCAGTATACACGAATTTGTGTATACCAGAAATAAAATATGATTGTTTCTAGGTATGTTAACATATTTTAGAGTTTGTGAAACAGAGGCCAAATAATGGTGCAGTCCATGAATTGAGATGTTATGCCTCACTGGGATAGCACCATTGCCTTGCTCTCATTGCCAGTCTTTTCATTGGCAGACCAGGAGGCTGTGTGGTTGTGCACACACGTGTTGTGTGAGACTCAGCAGTACAGTGTAAGGTCGACAGACATAACTAGTGTCTTTTTTTTTTTTCAGAAGGGATCTTTGAAAGAAGCATACTCAAAATAAGAACAAATAGGTGAGGGAAATAGAAATAACTACCAGCATTCCCGACTCTTTAGGATCATATTACTAGATACCAAGATATCTCTCTGATGTTTAAGAAATACGCCATTTCATCCATATGGCTTTTTAGTCCCAAGAAAGAAATCTGTAATTTTGGTAATGGTAAATAAACAAAAA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Seq C2 exon
TTTCCTTTTGCCTCTTATTTGCTGGATGCCATACTGGCAAAATTAAATGAGAAGAAGAAACTCGGAGAAGAGTACAGTTTTCTCATGAAGCGCAGTCTGACATAGGAATCTTCAAAAAGGGTGACTAAAACGTGTGCTGTCTTACAACGTTTCTCCTCTTCACATAAAGAACTGTCAATAGGCGTGTGTGAACTAATTAATTGTTGAACAAGAGGAATTAGTTATGTTCCTGTTTACAAAGAAGTGTGGTGTTTCATTCTTGAAGACAAAAATTGCTGCACATCAATACAAAGTTAAACATGAATGAATTTCCTTTAAGTGCTTTGGCAGCTCACAGCAGCATGAGCTTTGTAGAGGGAGAATGTTTTTGATATGGCCAATACAAATCCGTACAATTCCATAAATACAGAGAACAGCCAAGTAACTCCTGATTGTACTGGTCAGAATGGTAGAGCCAGGATTTACAAAGGATATGAGAATGTAATTGCCATTTTGAATACCTTATTTTGGCTTCTTTATAAATCCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000015097:ENSGALT00000032827:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.192 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]