DreINT0048533 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000033345 | cntln
Description
centlein, centrosomal protein [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090313-409]
Coordinates
chr1:26133295-26142965:-
Coord C1 exon
chr1:26142891-26142965
Coord A exon
chr1:26134006-26142890
Coord C2 exon
chr1:26133295-26134005
Length
8885 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGT
5' ss Score
7.44
3' ss Seq
CTCTCTTTCTCTCTCCCTAGATC
3' ss Score
14.56
Exon sequences
Seq C1 exon
TGTGAGGAGGCGTTTGTGGGTCGTGGGCCAGACACAGATTGGACTGAACATGTTCAGCACATCCTTCAGCAGCAG
Seq A exon
GTTTGTTTTCATTAGCAATTCAACATATTTTTGTTCATTTTTAGCGTTCGTAATTGATCAATATTCATCATTTTGTTAAAGTGGTAGATTTAGTGCAATTGACCTTTTTTGAAATATATCCTGCAGAGTTTAAAATAAACGTATTAATCTTTTACGGCCTTTTACACTGTGAAAAAGCGGAACAAATCATAGATGAACGGTCCATTCACTGCTCTATATTCGTCAGGCTGAACAGAAACAGAAATCACAGTACATTGGATGGTGCGCATGTTTCAGCTGCTCTGCCATCTGGCTATCAGAAGGACAGAATTATAAGAAGCAAGATCCGGACTGTAATTTCAGCAATAATATTTACAAATAGATAAATTCATACAAAATAACAGATGTGATGCACGGCTTAAGTCATGAAATGTATTCACGAAAGGTGTAAAAGTGTTCCTAAATAATATCTGAATTAGTTTTATTTAATGTGTATTTATTATTTGTATAATTAGTTTTGACTTTTGATATAAATACTGTACAAAGATTTTATATATATATATATATATATATATATATATATGTTTATATAAAGCGAGTGAGAAGAATGTTGCAGAAATTTACCTCAGTCCCTATTCTTAAATTTGCAGATTGATGTTTTTTAAATCAGTATAGCCCAAACGAATCATGTTTTTTTTTTCTTTATCTTAAAAATGAAATATCAATAATTATTTAAAATTAATTATTTTTATACATATATAAATGTTTATAAACAAAACATATTACCCTAAAGTGCAAATAAAAAAACACACAAAAATGGTAGTGCAAGAATGGAGTAATTTTATGCAGGTAAGTGTAAATATGAGCAGAATGCAGACAAAAGAATCCATAAATATTTGAGTAATATTCATTAATTATAGGTTATGTGTGTAGTGTAAAAACCAACTGCACACATTTCATTTGGAGTAATTTTCAGGCTCGGGCTCACTTTGCAGTGTGCTCCAGTGTCCAGTTTTTAGTGCATGAGCACCACCAAATGTTCTGATGCGTGTATTTGCAGCAACTCCAAAGACATGACATGACCCACAGCTCAAAACTCACTGGTTCATCTCTAGTGAAAGAGAAAATCAAAATCAACACACTGGCATTGTCAGAGGCTCACTATGAAAGCATTGTTTTAAAGATTTAAAATCTAGTTGACAGCAAAGATTGGTGTTGTTCATTAAGATCGACTGAATTAGCTCACGAGTTTCAAACCTTAGCCTTTTTTTACATGCAGTATTTGTTTGTTCTGAATAAAATTAAATCTCTTAGCAACAATATGTAGGAGATCATTAAAGAATGCATGATTTCTGTTCTGACTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGGCCTGAAACATGCATTTAGTATTATTCAGCGGCTCTGGCGTGTCACTGCAGCGCTAGTGGCTTTGACCTTTGACCTGTGTGACCTGTCTATCCCCGGCCTGCACATCTCTTCCTCTCGCCGCTGGACACTTTAGAGGACTCTGAAGACTGCCATCAGGCAGCTCAGTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCCCCTTCTCTTGCTTCCTCTGTTGGGCTGTGAGACCCCGAAGCAGCTTGTTAGTGGTGGGCCAAGTATTGATCTGGCAGGTCTGTCGATGCAGGGAGATTGAGCCAAGCTTCACTAGAGACTCTCCACCAGCAGGCTGCTATTGACACACTCACATACATACACATACACACAAACAGAGCAGCGGCCCGCAGGAGACTCTTCACAGGCAAGTTGCTATCGACGTTTTCTCGGCTCGGCCGACACAACTGCTCACTGTATGACAAGGCTGAGACCAGTCTGAGTCCCCAGAGAGCTGCACTGACACCGACACAGTGACCCGCGCGTTAGTTTTTCTTTTCTTTCAACATGCTCATGCTCTGGTTTTTTTCCACCCTCCGTCTCCTAACGCGCTCCGCAGGGAGGGTGGCTCTTCCTCTGACTTGTGATCAAGCGAGTTTATTGGCAGGTGAGCTTTTTTATGTTTTCTTTTTTTACGGGGGGGAAGAAGACACAGACCACTAGGTCAATGTTGTGATTTGTTTATGTTGTACTTGCATGTTTTCATCTCAAGCAGGCTCATTGAAAAAAAAAAAACATGCCCGTGTCGTTTTTTCTACAAAGTGATATTTTGTGTCTCCTTTTTTCTCAACACGTTCAAAGTGTAAAACGTGTCTCTTTTTTAAAAAATTGTGTCTCTTTACCAAAACAGAAGAATGTGTATCATTGATTTATTACATTGTTTGCTGAACACATCAGATCAGGAAAGAACATTTTCGTAATTGATTGATGCGATACAATTTTTTCACAATAACGCGTGGCCTTAAACAAACATTTTTCCACACCTGCTTATAACTGCTGAAAATGTAGTGCCCTTAAAATAATTTACCTGCCATGAAATGGCTTCAATAAAGAGCAACTGGAACATATAGAGGAAATTTACAGTTGAAATCCGAATGATTAAACCCCCTTTGAATTTTTTTTCTTTTTTGAATATTTCCCAAATTATGGTTAACAGACCAAGGAAATTTTCACAGTATGTCTGATAATAGATTTTAAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCCGCTAGAATAAAAGCAGTTTTTAAGTTTTTAAAAACATTTTAAGGTCAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCTATTTTTTTTTTTTTGATAGTCTACAAAACAAACCATAGCTATACAATAACTTGCCAAATTACCCTAACTTGCCTAGTTAACCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTCTAAGCTGTATAGAAGTGTTTTGAAAAATATCTAGTCTAATTTTACCTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTATTAAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTTCTCCATTAAATGTCTTTTCTCCGTTTAACAGAATTTGAGGAAAAAAATAAACAGGGGCTAATATATCTGACTTTAACTGTAATTAATTTAATTATAATTTAAACCAATAAATAAATCACTGTAATACATATGAAATGATAATTATTTTATAAGAATTTTCATTTATTTACAAATAATAATAATACAAAATTTACAATACAATTTTAAAATTAATGTTTTCTTTGCTTTTAAATTTTAAATCATAGAGCTTTTATTTTGACCTAAAACCACAGGGAAACTTCTTTTTTGTTGGCGACAGATTTAAAATCTGTTGGAATGGGACATGTTGCAATTTTAGGGCAACACAGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAATGTCGCTGGGTCGCTGATTCGAGCCTTTGCTCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCATCGTGCTGAAATGCAGTTTGTGGGAAGCAGCATTTACAGTAGACCAATCCGCTCAGAGATACTAAAATCACTATAATTAAGAGCTGCTCACAATAAAACAAAAAACAGAAATCTGTAAATCATATCACATTTGGAGACTAACAATTTTGGAGATTGTTAGAATTCATTTTTTAAAAAGAAGAGTGGCAAATAATGCTCTTTCATATACTTTCCAGTGCTAATTTTTACTTGCATGATGAGCATTCATTTTTACCCTCTGCATACACTAAAAATTATCCATAACATTCAAATATTTGCTTAAGTCATTGCACTTTTTTTATGACGAATCGTGTTTTACAGAACTTGTATTCATTACAATTCTAAACCGAGGAAGTTTATTTTGCCAGTAAAACTATACAGAGCTGTTAGTGTAATGAAATTGTGCAATGAGTTTACAAAGCATACACTGTGGTGAAATACTAATTATAATTGCTAATTGCTGCAAATCATAATGAGTGTCAAAGTAATAGAAATGGCTGATATTTCAATGCCCTCTAGTGTTCGTTTCAACCGGAAACTGCAGTGAAACGTAGGTAGATTTTGGCAGCTTGAAGCACAAATCGAAGCAGAAGCACGTTTTTCCAAAGAGCCTATGTTGTTTGATCTTCGTATGTTGGATGGTCCGAATCCACCAGCGTATCCATTTTATTTATGTGTAAAACCTGGAATGGTAATATATGTGTGTGCGTGCTACCTAAGCAAGGTCTTTTCTCTCGCCTGTCAGTCTCGGTGTGTAGCGTGAGCTGTCACTGTCTGCCACTAATGGCGGTACCAGTGTGACGACTTCTTATTACTGCTGTGGCCCTGTCAATAGCCCAACCATCACTCCAGTGCCACATGTCAACGTAACAAGCTCATGCATGTCAGAATAATGTTGAGACTCGGTGTGCGCGTTTTGAAGAGGTGCCTTTCACTCTCATGTCATTTTATCTGCCTGTCTGAGTCGCACAGGAAAGGAAATCACACAAAAGCTTACGGGCTGTTGCTTCTGATCTGTTGCCTTTGCCACAGCGAGTTTCCGCTTTGCTGGCTTCAAATAACATTAATGAACATATCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTCTTTGGATATCTGGCTTTTTATTTCCCCTTTTCTTGCCGCGACGTGCTCCAAGCACCTCTAAACTCATTCCCTTCTCACTTAATGAGACAACATTTCCTCACTTGAGGGTCACAACCTGGGAATAACATCACCGACCTATAAGCATTTAGTCCACAGTGCTCCCTGCGGGCTTAACGTGTCAGGCCGTGAATAACCCATCCTATGCTGAGTGTCCACCCGCAAACCCTCATCCAGCCTAGGGACCCCCTTCGCCCAGTAGCAGTAGACATTTAATTGCTTGCGTTTATTTGTGGATTCCTAATTATTGACTAGAGGTAAATTATAACACCACGGCCTTTATGAAGAGATGGAAATGACTGTTAGAGCTAATGAACTGAACCACCCTGCCTCTAGTCATTTATCAAGCACATTCATCTCGGCCTGACAGCACGCAGTCATTTCAGAAATCATGGCCCCTCCTTCGCCCTCATATCACTTCACCACCAGCAGAATGTCCGAATTTT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Seq C2 exon
ATCCCCTCTGCAGGCCTGCTGATGGACGCCATGCTGGTGAAGATGAAGGAGGGCAAAGTGCTGACAGAGGAACTGGCTGCACTTACAGCTGCAGTCAGCAAAAACGCCTGACCAGAGGAAAAAAAAAAGACAGAAAGGGAGCAAGAGACGGTAATACTTCTGTAAGATGGAGTGTGCCCTGCATGGCAGCGGAGACCCCTCGTCTATGCACAACTCCACCCGTTTCTGCTTCTACCCTCTTGTAGTCCTGTGCCTCACACAAACTACTCTACCGGAAATGAAATGGACCAAAGTTCTTATTGTGATTACCATCAAAAATACAAAAAAAAATCATTGATTTTCTTTGCCTTTTCTTTTTTTATTTGGCAGATGATACATGACTTGAAAAGCACTTAATTCACTGATGGCGCAAACCACTGTTTTAAATTGAGTACCACGTTTTGGAGAGGTTACTGCTTGTTTGTTTGTTCGTTTATTTGATTTGCTATTTTAGCTCTGTGTAAATTATTGTGCGCTTGATGTTTTGACCTGACTTGCACATGAAGAATATTTTAGACACATTAGCATGAAAGCATAATCGCACATCACTATGTTTCCCCAGCAATTGTCCCACTTCACACGATCAAGGCTGAAGTTGCACAATTAGCATAGAAGTCTTACTCTTAAGTTCGAAAGTTTTTTTTAATAAAAGTGTTGATTCCTGTCACAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000033345:ENSDART00000147414:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.400 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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F:
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R:
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INCLUSION PATTERN[edit]