MmuINT0038288 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038070 | Cntln
Description
centlein, centrosomal protein [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443104]
Coordinates
chr4:84764346-84777822:+
Coord C1 exon
chr4:84764346-84764423
Coord A exon
chr4:84764424-84776545
Coord C2 exon
chr4:84776546-84777822
Length
12122 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTT
5' ss Score
7.51
3' ss Seq
ATTGTGTTGTTCTCTTTCAGCTT
3' ss Score
10.7
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAATTGAGAAGACAAAGATAGACATTGAAAATGACAAGGAGTGGATGTTGTACATTCAGAAACTTCTTGAAGGACAG
Seq A exon
GTATTTCATGTTTGTGCTTCATATATTAAAATTTCCAAATAAATACCGCCAGCCTCACATTTGTAGACACCCTTATTTATTTCTGTTAGGTGAAGAAGCATCCCCTGGGTCAGTGGTAAAGTTAGCCCCCTATTTGTACCTTTGGACTTAACAAATGAAGCAAATGCCTTGAGAAAGAGCCAACACGGGCCTCGGCAAGTGCATTAATTAAATTATTGAGTCAATCGCTCTGCTTGCTAGAGTGAAAGGATCCATTCTTCCAACCTCTTAGGAAAAGAGATTCTTTATTAGTGTCTTTAAAGTTGGAAGTTGATACGGACACCTGAGGAGTTCATGGGTTTCGGTGACCTTTTACTGTGGGCCTGTTTCCAGTCAATGCGTGTTTTCCTCACAGCCAGACAGCTGTTTATTACTGTGTCTTCCCGCATTCTCTACAATATTTTCTACTGAGACCTCGAGCAGCTTGTTAGTGGGAAGTAAATATTGATTTGGCATCCTGTCAATGCAGAAAGAATGAAAAAATTTCCACCAGAGGCCCCTCAAACATTTTCCTATCGACGTTTTCTGGGCTGAGTGGAAGGCTGCATAGAGGATGACAGGGCCAAGCCGAGCCGGCCTCCCTGAGGGCTCTATTGAGGCTGCTACTGTGACCAGTGTGATATACTCTTCCTCCCCTTTCAAGTGTTTTTTTAATACACACATGGTCTGCTGGGATGTGCCCCTCTTGTAAGTGATCAAGGGCAGTTTATTGGCAGGTGAGAGCCTGCTTTCTGGTCATAGCCAGCTTTTGTTTTGACATCACTGACAGCATGTAATGCATTCTAAAACTTTTTCATTATGGTCATTTTTTTTTTTTGCACACCCTAATTGTTTATTTGAAACCCAACCTGAAATAAATAAAAGCTAAAATATAATTGTCAAAGTGGGAAAAATATCAGTCAGTGACTTTTGAAAGGCCCTGTGAATGTTTCTGCAACAATTAAAAACAAGTTGACACTAAGTATTGTCAGTTTATATCTGTATCACCCGGTAGCATCTCCTGTGTTTGTAGTGAGAGGCCTGGAGATTCACTGGTGGCGAGGCCTTGATTAGCATGTATGGAGACATGAGTCCAACCCCCAGTGCCAAGACAAGAAATGCAGAACAATACGTGAATGATACACACTCATGTTCTTGTGGTTAATGTTATATAGTTTCTAAGCCTTATCTGAAATTACTTCAATAATAGAATGTGATAGGTGACATTTTGGTTAAAGTTGTCCAAATACAGATACACAGGTGTGAGAGAAGCCCTTTTTCAGTAACAACTTGATTTTGAGAAATAGAGGTCGTTTCTTTTTCTTAGCATGCACTTTATTTTTAATGATGTATATGAAGTGTGGGTGGCAGGCTGCACACATGCGTGCAGGTATCTCAGAGGACAGAGTGGCAGCTCCCCCTGGAGTTGAACTTACAGGCAGTTGTAAGCTGCCCATATGGGTACTGGGAACCAAATTCAGACCCTCTGCTAGAGCAACACATGCTCTTAAGTGTTGGGCCACCCGCAGAGCTCATTTCTTAACCTCTCCAGCCTGCAGAGCTCAGGCTCAGCCCAGTGCCTGGCAGGTGAAGGAGTTCAGTGATAGCTGGTATGAAGTGTTTTCAGCTTTAAAATGATAGAAATAAACTTGTAATGATTTTCTAGGTGTTGGCCTTATAACTAGGACCTTGTAGTTCCTTTAATTAGAAATTTTATCATCAATTATAACTATAAAATAATAAATCAATATATTTAAATCTTGCTAATGCTATATGCTGTTGTTGAGTGTGCGCATGCACATGCATGCACTTGTGTATGTATATATGCAAGTGTCTTACATATGTGGAAGTACATGCACACATGTGCATTATCTGGGTATATGCTTATTCTGTCCAGTTAGTATTAAAAATTCCCTGTTGAGATGGCATCAGACTGCTTAATACTGCAGGTTGATATAGTGCCTTTTTGTGCCACTGAGCCTGGACTCTGGAATATAATTGCCTGGAAGTATTGATTTAATTGCCCAGGTTTATTTGTGGACTCCTAATTATTGACTGGAGGTAAATTTAATGGAGCAGCCTTTATGAACACTGAGCAGCGCTGCTGTTGCTGCCATACATAATGAACGGCATCATGTGTCTTTACATCATTTTTCAAGCTAATTTTATTCTGCTGTGACAGTATGATAACATTTAAAAAGTCAAAGACTTTTTATTTTTATTACTGACAGAGGTGGTTTTGCTGATGTCTTTGGAATTTGTAAGAAAAAAAAATAGGCATTTCACTGGTTGCACTTGAATGTCACTTCATAATTATGCCCAAGAGAAAAATCTATAAAATAGAAAACATCTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTTCCCAGCAATTATATTTGTCCTGTGTTTTCAAAACTGTTTCCTTTGCCCATCAGTATTTTAGAGTCTGAGATGCTCACATTGTTATCTGGGAAAAACTATAAATATGTTTGGTTACTTTACAGCTTCTGTCTCCTTGTGTGTGCAGTTACACAGTCTCTGAGCTGGAGAGTAAGTGAGCATATTCCCTACGAAACTTCGTGACTCGACTCTGATGTAATAGTGTTAAAGTATTTCAAAGATAGCGTACAGGACACCGTTCTCTGCCCTTTCTCTCTGCTGCTCAGCATTGTGTGGTAGAACCTGAATGTTGAGCCAGTTGGTCCCAGGTTTGCTGACTGCCTTCACTGAGTGAAATTTTATACTCATGATACATTCAGCACAAAATAAAAACCTGACTTTCCCCCATGTGGCATGGTGAAGCTGTACAATATGATACCTATTTACTGTCTCTGTCTGGAGAGCATCAGAATGAAAAGTTGGAGCCTTTTATCCATGTGTATACTTGATTACAGAGAACAAGGACATAACTTCACTATTTCAAGCAGTTGTAATTAGTAGTCTATATATTCGATATTTTTCTGCAGTTTGCAGATTCCTAGTTAGGAACATCGAAAAGTAACTTTGTAAGGCCTGCTTTCATTTTCTCTGGGATAAATGTCCTTATTTTAAAATATTACTTATGTTTTCTTTTTGTGTTGATATGTTTGTATATGTACAGCTTGTGAGAGAGAGGAAGGAGAGATGAGAACCCCTAAAATTTGTTTTTATGTAGTTTAAGGAGCAGTGAAAATTGAGCTGAGCCAGATGCCTCTGCATTTGAGCAGCACTGTGCTTTAGAGAGATGTGACAACATGCAGGACTGTGGAGAAGGAAGAGATGAGGGCCGCAGGGTCCCGATGTGCCCCAGCCAGGGTGGCAGGAGGGCTGCACACATCATCCAGAGTTAATACACAGCAGGCAGGAGGGTGCACGGACAGTCCGAGACCAGAAAGTGAGCATCTTAGCAGCCCCCGTGATGAGAAAGTTGAAGGTGTGTTGAAGAGGCTCAGTGATGAAGAGAGCCAGTGTGTTAGGAAGGAAATGCTCAATAGAGACGAAAACCATAGAATTCTTAATAGGTTAATAATCTCTAAAGCATTCTGCTTTTTCTTAATTTATCCCAGCTTTTGTTAGTCTGTCCTTACTTTAAGCATTGAAGAAAACATTTGACATTCGTATGTGGACAAGAAAGGGGTAAGCCTGGGTACCTAGATTAGTATGTTCCCTTCCTCGGTGCCTGGGAACAAAGTTGTATTCTCATCGGTTGTTTTCCTTTGGCCTTAAATATTTCTGACCCTGTTAGTTGCTTCCGAGATTATAAATGCTGAAATTTGAAGTGCTCCATTTTCTCCAGTCTCCTCTCTGGAAATAATGTTTTTCTTCTGTAGCATGCCCGGGAATGTGGCTGTACTGAGAGGCTGATAAACTCCCCTGTCTCTTGTAGCTGGAGAGAACTATCAGTGCAGGGTTAACCCGAGTCCCTCCTGGAGCTATGAAGCCATGGTTTCTGTGTTACTTCTCGTGCATGGTATTTGTAACATGTGTCCATGTGAATACATTCTGAGTACTCCTCTGCTCTCACACATACAAAGTTGCACAGTCATCCACAGACATCCTTACAGCTAGCCCAACCAGCACGATGTAAACCCCTACTCAACCTGCTGCAGGGTTTTTTATGTAACAACTTCAAGTTGCTTTTGTTTCAAAAAAGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTAAAGTTAAAGCAGTTCTTTAAAATTATTAGATTCTAACTTACTGGCTTTGTAGTAAGACTTTCTTTGTTTTAGTAGCCACCATTGGGTAGTTTTATCTACTCCAATATGTGTCCTTGTGTTGTAATAAAATAGTTTTTAACTTGTTTTCTAAACTTAAGTCTTGCCTGAATCCCAGCAGATTCTCTGTCATGCTCTGCTCAGGATTCAGTGGGATTCATTCACAATGTTTACTCGGTACCTATACTATGAGGAAGCACTGGTCACCATGGGAGACAAAGGAAATTATTCAGATCTCGAGTTTTAAGTCCAAAACAAGAAAACACCAAGGTCCCCATGAAAGTGGGAAGAAAAGCGTACCCTTCTGTATCACTGATGGGAAAGCAAAGCACTTTGCCTGTGCCTGAAAAGACTAACCAGTGAGTTACACTGCCCAGAAATTGTGCTTCTCAGCATCCTGCTGACAGAACTGAACCGAGTTCCTGAGCAGATTCTGCTTAACTGTTCATAACAGTTACATAGACAAAAGGGAAAACAATCCCAGTACCTGTTGACCAACATCACACACACATAGACACACACACACACAATTATTCCTTTCACACAACAAAAAATAAGCCTTCAGGAGCTTACAATCTATTGTTTGAAATAGAAATCTTATATAAATATTAAACATCATTTGGGGGCTCAAAAGAACTATGCATGAATACCAGTGTTTCCATTATGAATTTGAAAACTAATTTGTGTAGAGGCAGCTTAACTTATATAAAAAAAA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Seq C2 exon
CTTCCGTTTGCATCATATTTACTCGAAGCAGTACTGGAGAAAATAAAGGAAAACAAGAAACTAACTGAAGGATATTTCACAGTGATGAAAGACACTAAATAAAATTAAAGTAGAGCTATTTTCAAATACAAGAACTTCATGTGCTGTGGTTGTAAACAGTCCAGATACAGTATCTGCTCCAGCTAGCAATGGGCAGCTCCAGCCAAATAAAAAGCTGCTGAAACTGATTGCTGAACAAATGAAGTTGACTAAGTGCATAGCCACATAAAAGGGAAGGCTAGCATTTGAATGTTGGATGTTGTCCCAATCAATGCAAACTTAAAAATGGTTTTCCTCCCAGTACATAAGAAGAAAACAAAACAAGTTTGTCACAAACTACACAGATTGGTCTGAGTATAAAATAAAAAGTTATAAATAAAGGACTAAATATAAATTTTATATAAAAACTAGACTTTTCTATAAAACTGTTGTAAATGTGATTCAGTGAACAACATCTTTGTGTGGTGAGAAAATATGCAGTGAATTGTGCTAATATCAAAGAGGGGCACTGAGTGAAGCTTACTGTATGCTTCCATTGTACCAGTTCTCATTGACATACTGGATTATACGGGAGATACTCTGTTTTTCTAGAACTGTCTGGAAAAAAATAAAAACATTTCTCTCCTTTGTCTGCTTGTGCAGTTATATAAATCAGCAGGGCCAGAACCCCAATGTATAATGTTGGGCTAGACCAAGCAGAGCTCATACCATGCTGTCTAATTAACAATGCCTTCTCACTGTGGTGGGAACACTGTGTGTAGTTGTTAACCATTCTTCTCCTTTTGTGTCCTCACTGAGTTCTTGCCACACATTCTTGGAGCCTCTGAGTCACTGAACTTGCTCCTCTATACTTGCAGTTGGTTCTGTCTTTGTAGAATACTCTGTGTGTAACTGTACGCATACCTGTCTTCTCATCATCCAGTTTCACTTTAGCAGTTCCATCATGGCATAGTCTCTGAAAATCCTACTAGCAACATGAAATCACCTGTTTTTAATATGCTCACTCTTTTGCTTTATGGTTGATCCTCATTTACTCCTTTAGAATATAGATCCCATGAGATTAAGGTAGGTGATGGCAAATTAAGACCCATAGCCAAATCTTGCCTGCCATCTACTTTTATATAGTTCACAGACTGATTTTTTTCTATTTTATTAAACTGTTTAAAAACAATACTTTGTAGCATGTAAAATCATATGAAATCCAATTTTAATGTTTTATCAATAAAGATTTATTGTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038070-Cntln:NM_175275:25
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: