HsaINT0038490 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000101203 | COL20A1
Description
collagen, type XX, alpha 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:14670]
Coordinates
chr20:61929262-61936912:+
Coord C1 exon
chr20:61929262-61929372
Coord A exon
chr20:61929373-61936768
Coord C2 exon
chr20:61936769-61936912
Length
7396 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
CTCTCCCCACCCCTACCCAGGGG
3' ss Score
6.95
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAGCGGTCTCCTGAGGCTGGCTGTGCTGCCTGAGGACCGGCTGCAGATGAAGTGGAGAGAGTCGGAGGGGAGCGGCCTCGGCTACCTGGTGCAGGTGAAGCCCATGGCAG
Seq A exon
GTGAGGACCTGCCCCTCCCAGGCCCCCTTCCCCATTAGCACGTGCCGAGGACAGTCAGTGTGGTGGCCGCAGCCACCACTCAGGCCCACAGCATCCCTCCCACCAGCCCCTTAGTGTCAGCACCTCTCTGGCCTTGGTCTCTGCTGACCCACATTCCTTTCCCCCGTCACATATGACATGGAAGAGGGAATGGGGCTCCTCTGTCCCTGGCACGCAGCCCCTGCAGAAGGCATTCAGTACATACTTTTAATTTTTTTGATTTTTAATTTCAATTTTTAATTTTTTTTAAAGGCAGGGTCTTGCTGTGTTGCCCAGACTGGAGTGCAGTGGTGCGATCACAGCTCCCCGCAGCCTCAATCTCCCGAGCTCAGGAGATCCTCCCACCTCAGCCTCCTGTGTAGCTGGGAGTACAGGTGCGTGCCACCACTCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTTGTGGAGAAGAGGTTTCACCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTGGGCTCAGGAGATCCGCCCCCCTCAGCCTCTCACAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAACCACCATGCCCGGTCCATATTTTTTAAAGAAACGACTCCCTCCTCAGAACGAGTCTCAATGCGTCAGGGGCATTCAGAACAGCCTGGACTCCGCACAGCGAACCCCAGAAGCACCTGCTCCCCACGCGTTAATCCTTGTTTCCAGGAGCAGGGCCTTGAGGACACCTTTTCAGGGAACCCTGTTCCTAGAGCAGGAACAGTCCTAACCTGACAATGGGTGCTAATTTTAAAGCTTTTCAAAACTCAGATGGAAAAGCACACAGGCATAAATGCTAACTGTATGAATCAGCACTGTGGGGTGGCCAACTCAAACCCCTCCTGGGGTGGAAAACGACCGTCCCGGGTGCCCCGGTGCCCTTGCCAACGTCCACCCTCCCCTGCTCCCTGGACGGCCGCCTCCAACAGCATGGACTAGTTTGCCTGTTTCAGAACATTCTCTAAGTGGAATCACACCATGGCGACTCCCTCATGTCTGTGTCTTTGGTGGGCATTTTGTGAGGTTTGCCCCGTGGTGTGTAACAGCCGTCCATTTTCTTTGCTGTATAGTATTCCCCTGTGTGATCTCTTCTGCTATTGATGGACATGTGGCTTGTGTCCAGGTTGGCTGTTGTGTAGACGCCGTGTGAGGGATCCCGCGTGTGTTTCTGGTGTCCGTGCGCCTGTTCTGGGTGTAAACCCAGGAGTGGAAGTGCCACAGTGTGTGCATAGTTTCAACGTTAGTAGAAAATGTTGAACTATTTTCCAAAGGGGTCGTGCCAGTGTATACTCCCGTCAACACTGTATGATTGCTTCCGTTGCATGACACCCTTGGCAACCAACGCTTGGCAGCCTGACTGGAGCTACTCTGGTGGGTGTTCAGTGGTATCCTGTGTTTCTTTGTGGAGCTGTAATTTACGTGCAGAAATCTTCACCCTTTTGAGAAGAGGTCTGTGATTTGTATTTATCACATGAATTCAATCCTGTAGCCGCTATCACAATTGATGTAGAGAACAGTTCTGTTACCCCAAGGTCAGCCCTTAGCCCAGTGCCCGTAACCACTGAGCTGTTTTCTGTTTTGCCTTTTCCAGATAGATGGACCTTATCAGGTTCAGTCCTGTGCTGTTCCTACGTAAGGCTGAGTTTTTGTCAAGAGAATGCATTATTTTTTCCAAACTTTTTCTTCAGTGAGGTGGTTATTTTCTCCTTTATTTGATTAATGTAGTAAACTACAGTGATTGATTTTTTAAATATTAAACATAATATATACATATATACATATATATGTATATATACGTGTGTGTGTATACATATATACGTTGTGTGTATATATATATGTACGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATGTATACCTTAAGAGACAGGGTCTCACTCTGTCACCCGGGCTGGAGTGCACAGTGCAGTGGCACAGTCATAGCTCACTGCAGCCTCCATCTCCTGGCCTCAAGCAGTCTTCTCACCTTGACCTCCCAAAGCACTGGGATTACAGGGGTGAGCCACTGTACCTGGCCTATCCCCTTTTATATGTTATTAAATCAATTTGCAAATATTTCATTTAAGATTTTTATACTTATATTCATGAGGGAATATTGGCCAATAACTACCCTTTCTTATAAAGTCCTTTTAAAGTTTGGTATCAGCTTTATACCTCATAAGATGAGGTGGGGAAGGATTCCTCTTATTCTGTTTTCTGGAAGAGTTTGTGTAATGTTGGTGGTATTTTTTTCCTTAAATGTTTGCTAGAATTCACTGGTACTGACTTCTGGGCTTGTGGTGTGTGTGTATGTGTGTAAATACTTCACATAATTGATTCAATTTCCTTAACAGACATAGGACTACTCAGATTTTCTAATTTTTTTGGTCAGTTTTGGTAAGTTAGTTTTTTAAACAGGAATTTGTATTTTATATAAATTTCCTGATTAGTTGGCATAATGTTTTTCATATTACCCCATAGACTCTATAGTTATAGCACCCTTTTCATTCCCGTTATTGATTGAATCTTCTCTCTGCTTTCAAAAGGCAGTCTGGAAGTTTATTTACTTTATTAGTCTTTTAATAAAACACATTTTGGCTTGGTTGGTCTGTCGTTGATTTTGTTTATTTTTTATTGTTGTTTCTATTTCTTTTACTCTGTGTTTAATTTTCTGCTCTAACTTAAGATGGATGCTTAAGTTCATTGATTTTCTGCCCTTTTACAAGATATAAAGTTAAAACTATTGAATTTTCTTCTAAGCAGTAGCTATAGCTGCATTTTGATATGTAGAATTTTCATTATCATTCAGGTAAAAATATCTAATTTTTGTTACGATATTTTTATTTGACCCATAGGCTACTTAGAAGTGTGTTTCTCAGTTTTAAAACATGGGGGATTTTCTACTTATTTTTTGTTTTGGATTTCTTCCTTCATTGCATTGTGGCCAGAAATGTACAATATGCTTTCAGTCCTTTGGAAAGTACCTTGCTGGCCGGGCGTGGTGGCTCACGCCTATAATCCCAGCTCTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCACTTGAGGACAGGAGTTTGAGACCACCCTGTCCAACATGGCAAAACCCCGTCTCTACTAAACATACAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCACACACCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATGGCACCACTGCACTCCAGTCTGGGTGACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAGTACCTCGCTTTATGGTCCAGCATATGATCAATTTGGTCAATGTTCCATGTGACTTTGAAAATATATGCAATTTGCAGTTGTTGGGTAGAGTTTTCTAATGTTCTAATTAAGTCATTTACCTTATTTTTCAGATTTTTTATATAGTTACTATGTTTGGGGTCTACTTATGCTGTTACTGAAAAAAGTATTTCAAATCTCCATTCTAATTGTAGATGTGTCTTTCTTGTGGTTGTCTTACTGTTCTTTGCTTTATGCATGAGGCTCTGTTATTGGGTACATACAAACTTAGAATGATTGTATCTTCCTGGTAGGTTGACCCTTTTTCATTTTGAAATGCTCTTCATTATCTCTCTAGTGCTGTTTTTTTCCTTACATCTTACTTGTGATGGTACTATTGCTTCACCAGGTAGTGTTTGCATTAAATCTCCTTTCTCCTTCTTTTACTGTTAATCTTTCTCCAGCCTTTCATTTTAGATGTGTCTTCTAAGCAGCATATAATTGGGTATTGTTTTCACCCAGTGTGACAGTCTTTGTCTTTTTATTAAAAGATTTTTTCCATTTATATTTAATGAAATTAATGATACATTTGAGTTTATATCTATAATCTTCCCTTTTTATTACACTTGTTATAAGTTTTTATTCTCCGCTTTCTTGTCTTTGTTTGAACTGATTTTTCAATGGAAAAATTTAAACACAGGCAAAAGAAGAGACCATAGTATAATGAAACCTCATGTTTTCATGATGCAGCTTTCAGCAATTATCAGCGTGCGGCCAATATTGTTTTATGTCCCTCTCCTCAACCCCCCTCTACATTCTATATTATCTTAAAGCAAATCCCAGGCATTATATAATCCTGTCTATAAATATTTCAATATGTTTCTCTAAAAGACTCAATCATAACCCCAATACCATGAGCAGCTCCCAAATTTAAAATGTTTCAGTACTATCATGGAATATTTAGTTGTGTAGAGTTTTCTAACTTGATGCATGTCTTTTATTAATTAATTAATTATTGAGATGGAATCTCACTCTGTCACTCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGAAGCCTCCTGCTTCCAGGTTCAAGCAGTTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACGTGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTACTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACTGTGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTCCAGGCGTGAGTCACCGCGCCTGGTCTTGATGCATGTCTTTTACAATTGATTTGTCTGAATTGGGGTGTGAACAGAGTCTACACACTGTGTTTGGTTCCTGTGTCTTAAGCAATTTTTAATCTAAAGCAGTTTCCCCCTCTCCCTTTTCCTTGACATTTATTTGTAGAAGAAGAAACAAGATTGTTCTGTCGAACTTCCCACTTTCTTCTCTTGCCAGTGGCATCTTTGGGGAGCCGTTTAGCTCGCTCCTTCGTCTCTCCACCCTGTCTCCCATAGACTGGCAGTTACATCCTGGAAGTTTGGTCAGACTCAAGTTTGATTATATTTGTTAACAAGAATTCTTTATCAGTGGTGCTGTGTAACTCCTGCGTTACCACAGCTGGCGGTACATAATGTCTGGTGTGTCTTGTGAAGTTAAGATTGTT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Seq C2 exon
GGGACTCGGAACAGGAGGTGATACTGACCACCAAGACCCCTAAGGCCACAGTGGGGGGCCTGAGCCCCTCCAAGGGCTACACCTTGCAGATCTTCGAGCTCACTGGCTCTGGGCGCTTCCTGCTAGCTCGGAGGGAGTTTGTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000101203-COL20A1:NM_020882:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.105 A=NA C2=0.347
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004116=fn3=PU(46.7=92.1)
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=PD(52.0=79.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)