HsaINT0041062 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000106066 | CPVL
Description
carboxypeptidase, vitellogenic-like [Source:HGNC Symbol;Acc:14399]
Coordinates
chr7:29070193-29103850:-
Coord C1 exon
chr7:29103677-29103850
Coord A exon
chr7:29070376-29103676
Coord C2 exon
chr7:29070193-29070375
Length
33301 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
ATGGCTTGATTTCATTTCAGGTT
3' ss Score
7.43
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACCTGAGGATCAGCTTTACTATGTGAAATTTTTGTCACTCCCAGAGGTGAGACAAGCCATCCACGTGGGGAATCAGACTTTTAATGATGGAACTATAGTTGAAAAGTACTTGCGAGAAGATACAGTACAGTCAGTTAAGCCATGGTTAACTGAAATCATGAATAATTATAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000106066-CPVL:NM_019029:11
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)