MmuINT0041909 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000052955 | Cpvl
Description
carboxypeptidase, vitellogenic-like [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1918537]
Coordinates
chr6:53846418-53875300:-
Coord C1 exon
chr6:53875127-53875300
Coord A exon
chr6:53846601-53875126
Coord C2 exon
chr6:53846418-53846600
Length
28526 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
ACAGTTGGAATTCATTTCAGGTT
3' ss Score
6.65
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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A:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: