MmuINT0041909 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000052955 | Cpvl
Description
carboxypeptidase, vitellogenic-like [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1918537]
Coordinates
chr6:53896424-53925306:-
Coord C1 exon
chr6:53925133-53925306
Coord A exon
chr6:53896607-53925132
Coord C2 exon
chr6:53896424-53896606
Length
28526 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
ACAGTTGGAATTCATTTCAGGTT
3' ss Score
6.65
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Protein Impact
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Features
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Other Inclusion Isoforms:
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Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types