HsaINT0041233 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000134376 | CRB1
Description
crumbs homolog 1 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:2343]
Coordinates
chr1:197316470-197326143:+
Coord C1 exon
chr1:197316470-197316609
Coord A exon
chr1:197316610-197325960
Coord C2 exon
chr1:197325961-197326143
Length
9351 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
TCTGAATTTTCATCATGCAGGAT
3' ss Score
7.14
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATAGCTGTAACTGCACGGGTAGTGGATTCACAGGGACACACTGTGAGACCTTGATGCCTCTTTGTTGGTCAAAACCTTGTCACAATAATGCTACATGTGAGGACAGTGTTGACAATTACACTTGTCACTGCTGGCCTG
Seq A exon
GTGAGTGACAAAATACCTTCCACCAATTATTTTTCATTTGTTTAGAATACACATATCGCTTATAGCAAATGAAATGAAAAATTATTGTTGTTAAATGTTTTAAATCAATTTCTTCTAGCTAATATTGTTTAGTTTTATTCTTCAGTGCTCACACATATTTACTGCTATACTAAATGTTGTCTGAAGTAGGTTACCAAGCTGCCCAATGATCATAACCCTCTAGAGGAATAGAAGGGAAAAATCAATGGAAAGATGAAATTCAGCATGATCTTCATGGAGAAAAATTCACTGGAAGATGCTCTTTTCTTCCAAGATGTTCTCTTATATGGCAGGAATATATAGAAATCCATGAAATAATGTTAAACTATTAGAAACTTGTATTCTCTTAGGCATTTGTAAAGAGTTATATTTGTTAATATAATAAAAAGTTAATTATCTATAAACCATAATTAAAGTTTACATATAGAGGATAATTAGACGAGTATAGAGGTGATACAAGAATCAATAGAAAACAGTATGTAACATTTGTGTTACATTACAGGCCATAGGCAAATATTGATGCTAATTTTGCAAAACAAACTGCCTGACATACAGCTTTGCATTGCATAACAACATTTTGGTCAATGACGGACCACATATACAACCGTGGTCCTGTAAGATTACAATAGAGCTGAACAATTCCTACTGCCTAGTGATGTCATGGCTGTCTTAACATTGTAGTATCACTCACTATCCATGGGATTGTGGTGGTCCCTCAGGAAGTATTCCAAAAGAACGCATTGTTGTCATAGGAGATGACAGCTTCATGTGTGTTATTGTTGCTGAAGACATTTCAGTGGGACAAGATGTGGAGGTAGAAGACAGTGATATTGATAATCCTGACTCCATGTAGGCCTAGACTATGGTGTGTGCTTGGTTCTTAATTTTTAATAAAAGGTTTAAAAGCTTAAAAAATTCAAAATAGAATAAGATGTAAAGAAATTATTTATTGTTTATTTATTTATTTTTATTTTTTGAAACGGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGTGTGATCTCCGCTCACTATAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACACCATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGTACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGGCTCAATCTCCTAACCTTGTGATCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACTGCGCCTGGCCCATAAAGAAATTATTTTATACAGCTGTACATGTGTTTGTGATTTAAGCTAAGCATTATTTAAGAGCCAAAAGGTTTAAAAATTTGAAAAATTTATAAAGTAAAAAAGTTCTAGTACACTAAGGTTAGTTTTTAAGACAGAAAATTTTCTAATAAACCTAGAGTAGCCTAAGCATACAGTATTTATAAAATCTACAGTAGTATACAATAATGTTGTAGGCTTTCACATTCATTCATTACTCATTGACTCTCAAGAGCAACTTCCAGACCTCCAAGCTCTATTCATGTTAGTACCCTACACAGGTGTACCACTTAAAAAAATCTTTTATACTGTGTTTTTATTGTACCTTTTGTATGTTTAAGTATGTTTAGATACACAAATACCATTGTGTTTCAATTGCCTACAGTATTCAGTACAGTAACATGCTGTACAGGTTTGTAGCCTAGCAGCAATAGACTATACCCTATAGCCTAGGTATGTAGTCAGCTATAACATTTAGGTCTGTATAAGTACACTCTATGATTTTCACACCATGATGAAATTGTGTAATGACTTACTTCTCAGAACAAATGTTTGTCTTTAAGTGATGCATGACTCTTTTTTAAAATCTAATTCTCATTAGGATTTTTTGATAAAAATAAAAGACACAGCATCTCCTATCTCCTCTTGCTTTATTTACTGGGAAAAAATGATAAACTTATGATTACTCAAGGCCTAGTTATATAAGCTTACTGATCATCTGTCTCTCTCTCCCCACTAACTTTATTGTCTAAGAAAATGATAATCTTGTGGGTGGAAAGGAAACCTGGAGACTAGTCAATCTAATCAGTAGTAGCTTCTGGTTGAAAGATATCCTATTGCCTAAGAGACATTTAACATCTTTGGTTAAATACATTTTATAGGAAAAATAAATGAAAATATAAAATGAAGTTTGGAATGCTGTGGCTTGGAAATCTATATATGTTATGTCTTCCCACTTGCAGATAATAAATGAGGAATATTTGCTAACCTTTGGTCATCAACTTGACTTAAAACTGAAAATTTGGCTGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCATGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACAAGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGCGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAAGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATTGCGCCACTGCAGTCCGCAGTCCGGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTGAAAATTTTCCAAACTATGTAGTTTCATGTTCTTGTCACCAACCAACACTCATGAAAGATCTCTGTCCAGAAGCAGAGGGCGGAGTGGATGGTTTAGGAGTAGGATATGTTTCCTGTTTATTAACTGAGTGAACTCGGGTGAGTTTCCTCTTCATCTCTAAGTTCCTCATCTGCAAAAGAGGGATAAAAATACTTTACTTGTAGTATTATTATGAAAAGTAAAATTGTAAAAATAGAGCCTTGCACATATTAAGCACTCAAAAAAGGGCAACTATGTAGCAAATTCTATACCATGAGGTGGAAATTATGTAGGAGGGCGAGAGTTTGTAATGGAGTCAGGCAGTTAAGAACATCTACCTCAAGAAACCCAATTAGTACATGTTCCATTCATTCATGGATTCAAGCATTTAAGCCACATGGATTTCAGTGGCTAATACAATAGGGATCTGGGAATATAAAAGGTATCGTCCCTTCCTCCAAGGAGCCTAAATTCTAGTAGCGAGACATATGTCAAAACGTATATAGTACAATTTTTGGTACAATAAGAGGCTATACTAAATTCTGTAAAAATGAATAGAGAAGAAGTGCAGGGATAGCTTGATCAAAGAGGCACCATTTTAGATAAGCTAAAGATGACTAAGTTCCATAAATGTATTCACTAGCTGTGTGACTTTGGACAAATTACTGCTCTGAGCCTCAGTTTCCTCATTTATAATATCCACAGGATGGAGCTGTTTCAGAGATAAATCCAGTAATGTATATAAAACTCCTGGCTTATCCTGGACCACAGTAAGCACTAAGTAAAAGTTAAATAAATATCAAAATTAGGAAGTTGTGTAGTCCATTACTTATTTAATAAATGAAGAACGGAAGGAGAAGAGGAAAGAAAGAAGCAAGAAAGGTGGCAGGCACCCATAGAAAAGAGCATGTCTGGCTGGGCGCCTTGGCTCACACCTGTAATGCCAGCACTTTGGGAGACCAAAGCAAGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGTTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGTACTCCAGGGCGAGAGGGTGAGACTTGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAGAAGAAAAGAAAAGAGAAAAAAAGAAAAGAGCATGTCCAATTGTGGAACTTTGAATGATTGCAAAAATACTGGACTGTGTAGGGCTGGAGGTAGAAACATTGAACTGGGGAGCAGGACTAAAGCCAGATCACAAAACTCCATATCTGCCCTGCCAACTACGGGGCAGAGAAATAACAAAATTTGCTTTGTTAATTTCAAAAGAGTTCCCTGGCTTCATGGCAGATGATCAAAGAAAATAACACTAAAGGCAGGGAAATCTAGTGAGTAGATTCCTAGGTAGTTTGAAGAGATGAGCCTGTTTGCTAGAACGAAGACAACAGTGGTTAAGGTTGGGGCGAGGGGTAGTCCTGAGAGTCACATAGGAGCTGGAAATGATGTGGGGAGTGAGAAAAGGGCACAGGTTTAGGACAGTTCTGCCTCTGGGTTTCTGCCTTGGGTTACTGCATGGATGGTAATTTTGCCTAGATAGAACATCCTGAATACCCTTGTAACCTATCTTGCTGTTGTATACAAAGATAAAAGTTAACACTACAAACTACTCTATATCTAAGAAAAGGAGACCATTTCTTCAGCTCATGACTTCACTGCCACAGAACACAATGGCAAGAATCCACTGATGTAATTGCCTAGGGTCCTCATTTCAGAAGTAATTAATAATTACAAGAAGTGTCAGTCACCTTAAATGCTTACTTTCAAAGATTTCCTGATGCCCAGATGTGATTGGAATTGTTAACAAACATAATATAAGAACCCCAGGGATGTGACTCAGTATCATGTTGTTTATTTGTTCAGAGTTTTACAGAAAAATTTGTTAAAACTATTGAATACAGTCTTGACTGAAGGAGTCTATTTATATACATGGTTAAAGAAAGCAGCAAATAAAATCCCCACAGGGCCTCAGTGTTGGGGACAGGACTGGCAAGACTATAAATCAGAATCTTCCTAATGTTCACGATTGGAATGAGATAATGCATGAGCCAGAAAAGCAAAAAAAGGATTTATGATGATTCTAAATTACTCCCTAACCTGGCTTATGTGTGTCTCGAGTCTTAGAATGAGAAGAAAATTGAAAATAGTCCAGCCTTTCTT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Seq C2 exon
GATACACAGGTGCCCAGTGTGAGATCGACCTCAATGAATGCAATAGTAACCCCTGCCAGTCCAATGGGGAATGTGTGGAGCTGTCCTCAGAGAAACAATATGGACGCATCACTGGACTGCCTTCTTCTTTCAGCTACCATGAAGCCTCAGGTTATGTCTGTATCTGTCAGCCTGGATTCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000134376-CRB1:NM_201253:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0000822=EGF=PD(43.8=29.2),PF0000822=EGF=PU(80.6=52.1)
A:
NA
C2:
PF0000822=EGF=PD(12.1=6.5),PF0000822=EGF=PU(94.1=77.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)