MmuINT0042030 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000063681 | Crb1
Description
crumbs homolog 1 (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2136343]
Coordinates
chr1:141211148-141219943:-
Coord C1 exon
chr1:141219804-141219943
Coord A exon
chr1:141211331-141219803
Coord C2 exon
chr1:141211148-141211330
Length
8473 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
TCTAAACTTTTATCCTGCAGGAT
3' ss Score
9.95
Exon sequences
Seq C1 exon
TTACCACTGTGACTGCACAGGTAGTGGATTCACAGGGATGCACTGTGAGTCCTTGATTCCTCTTTGTTGGTCAAAGCCTTGTCACAACGACGCGACATGTGAAGATACTGTTGACAGCTATATTTGTCACTGCCGGCCTG
Seq A exon
GTAAGTGACAAATACTTTATCGGGTTTTTGGTTTTTGTTTGTTGGTTTTTTTTCTTCATTTTTACTGACAGTAGAAACAAGTTGCTCATAGAAAGCAAAGTGAAAATTATTGTCATTAAAGCTACTAAGCCAACACTTTCTTCAGCTTTACTCCTTGAGTGGCACTCATCATTGTCCACGTAGTATTGATATTATACTATACACTGTATAAGGCCTACAACCCCAGCACCAGTAATGACTGGACCCCTCTAAGTTCAGAAACATGACAGTGGAAGCCTGAACTCCACATAGTTTTCCTGAAGAAACATTCGCCAGGTTTGTTTTCATCATCTACCTATTTTCCAGACACCAGAAATAAATAGAAGCAATGTGTTAACCTTTTAAGAGTTGCTCTTGTAATTCATGAAGTTAGTCAAGCTTATAATTATGCTGCCCAGACAATGTTATCAAATGCTTCCCCCAATATATAAAGGATACAATGGGCATTCTTATAAGATCAACAAGAATATAGGTTAAGCACATAAAAAAAAAAAACCTAGAGAAATAAACATATACCTAGAGAGTAGAGATGTTACAAGAACCATCATAAAGCAGATGGTAGTACTTGAGAAATATTTTTTGATACCCTCCCTCCAATTACTGAGAAATATTATTGGTAAGTGGAAAATATTTTATTTATTCTGGACAACAACTTAATGTGTTTTTAAATTTAATTTTCTTAATAAGATTTTGTTAATAGAAATGGCAACTATAGTATTTTCCCTCTGTTCTCTTTTAATCCACTAAGAAATATTGAAAGCTTATGAATACTCCATATTGTATAAAATAGACTAACTGTGTATCTAACACTGTTTCTACTGATTTTTTTATTCTTGTAAAAAAAAGAAAAGAGTTAACCCTGTATTGGAAAGCAGTCATGAGATGAGCCAATCCAGTTAGTAATAGCCTCTGGTTAAGAAATGTTTATTGTCTAGGGAATATTGAATAATACTTTTGATCAATGAACAAAAAGGAGTTTTGAATTCCCTGGTTTGCAAATTTCAGTATGCTATGTTTTCCTGTTTCAAAAAATGAATAGGAGATACCTGCTGTCCTCTGGTCATTGTTATGTTATCAAATACTGGTTTAATAAAAAACTATATCATTCTGTATTCTCATCACAATAAATTCAGTGTGAATGACACATTTAAAAGTATCTGGGAGCCAAAAGGGCATATGTAATTCTGACAGTAGTATAGTATGCTAAAATAGAAGTTGGGTACATTAAGGAGTTATCATGAAATTATATTAAAGAAAATATTACCATTTAGAAAATATGATTGAACATATATCATAAATGGACTCACTGACTCAAAGACTTTGAACAAGTTACACAGCTACTTTTCAGACTGATAGTTCACTCATTAAAAAGGCATTGACAATAGTGTTCACCCCCTTGAGTTGTTTTAGAAAAAAAAACAAAATCCAGTAATGAAATGTACGAATCTTAGCTCCGCTTAGAACATAGAGATCATTCAACAAACACTAACTAGTTAGTAAAATGGGATTGATCACTCTATGCCATATGATTAGCATCAAGCAGCATGCTATTTATTTTAGGAAGGAAGTGAGGGAGGGAAGGGGGAATGGAAAGGAAGAAATGTTGTAGGTGCACATTGAAGGGGCCTTGTCCCACCATAGAACTTTGGGTGGCTGTTGAAGACCATTTGACTGTGTTGGCTGGTGGTGGGGAAGTGAGGATGGGGAGAACAGCAGCCAGAGCTCAGAGACACTTGTGTACACTGCAAACATGGGTCAGGGGAGTCACATACCCTGACCTATTGATTTACAAAGAGTTCTCTTACTGCTTAGTGTAAGCTAGTTGAGTGAAATAAAACTAAGGAAGTGAGAGATTTTTATTTTTTTAAATATTTTTATTACATATTTTCCTCAATTACATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACCCTCCCCCCCACTTCCCTACCCACCCATTCCCATTTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATACAGTTTGCGTGTCCAATGGGCCTTTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTAGTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTACATCTGGGTCCTTTCGATAAAATCTTGCTAGTGTATGCAATGGTGTCAGCGTTTGGAAGCTGATTATGGGGTAGATCCCTGGATATGGCAGTCTCTACATGGTCCATCCTTTCGTCTCAGCTCCAAACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCATGGGTGTTTTGTTCCCAATTCTAAGGAGGGGCATAGTGTCCATTATTTCTAACATTTAGTCCTTTCCACTACAGGTTTCTGCCACCTCTGAGTGAGCCCCCCCCCAAGCCTTCCCTATTGTCATAGTCTCTAGGATACAAAACTATTTGTTTATATGTTATGGTATTTTTTTTAATCACATCTATGAAAAAATACCTAACAGTGGCCAGAAGAGTCATGTAAGAGGTACACTACATGGGTATATTTAGCACTAATCCAAATCCGGGTATCTGTCTGAGATCACTGTGTGGATGGTGTGTTACCCTAGGTAGAAAAGTAAGGATGCCTTTGTACCCTTGCTCGCTGTTGTATATAATGAGATTCAGTGCTACAAACCTTTTTATAAGTAGGAAAAAAAAAAAAAAACAAACTATTGCTCTGATGGTAAAAACAGTCCTAAAGAACACGTTGGCAGAAATCACGGCTGCATTTGTCTAAAGTCCTTATTTCAAAAGTAAATAATTTTTTAGAAGTATCTCAAAACTTTATCACAGATGCTCAGATGGAATTGAATATGAAACAAAACAAAGCAAAACAAAACAAACAAACAATCCACATGCCCAGAGGATCTGATCCAGTCTCGTGGTGTTTCTTTGTACAGAGATTTATAGGGAAACTTGTTAAAAATATTGACTGCGGTCTTGACTGAAGGAGTCTATTTATATCTGGTTAAAGAGAACAGCAACTAAAATTCCCTCCAGAGCCTCGGTGGTGTGGACAGAACCGGCAAACACATAAATCAGGACTTCCCCCATGTTCCCTATTGAATGAGATAATGCACGAGCCGGAAAAGCAGGGAAGGATTTATTATAGTTCTAAATCTCTTCCTAACCTGCCTGGTGTGTGAGTCTGGAGTCTTAGAACAAAAAGAAAACTACAAGCAGCCTGTGCATCTTTCTTTCTTAATTTATCTCTCTCTCTCTTTCTTTTCTTCCTTCTTTCCTTCTTTCTTTCCTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTCTCTTTCCTTTCTTTCTCTCTCTCCCTCTTTCTCTTCCTTCCTTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTTTCTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTCCGTTCCTTCCTTCCTTTTTAAAGAAAGTCCACTATATCAAACAAATCCTGACACAGAGCAACCTACTGTGAAGACTATTGTTTAGTAGTAGTTTATAAGTATGTAAGTATGAAGTGAAAGTGTTTTAAAAGCAGGCACTCTCATTGAAGACACACGAAGGGTTCTTTGGGGAGCGCACCATAAAGAACTGTGAGAGCTCTATCTGACCTGTTTCTTAGTTCCTTTATCCAATGCTTGAGTTTCTTCTTCAGATTGTTGAGAAAGGCCCCATGGGTTACATAAAATAAATATATTATACTATGGTGAAAGAAGATTTATGCTGTAGTTATTATTTGAAATAGGATCCACTCAAGAGTTTATTAGGGTTACAAAATGAGCAATCATATTGTTTTCTCATTACTGGCTCATTAATAGTTAATTCTCTAGTTATGCACTGAGCAGGTTTTAATTCAGTTGTTGTCATTTTAACCATTAATTAGTACTATTTATTCTCACTCAGCCATTGATTGAAGGTCAACTATTTATGTATTGCTGGGTAGTGAAGTGTTGAATAAAATACACACAGCCCTATTTATGTGGAGCTGACAATCTGTTGAAGCAGGCAACTATACACGCAAATAAACACATCATTAAAAGTTGTCAAAAGAGCAATGGAAGAAAAAGACTGAGAAAACTGACAGGAAACCAAGGCATTCTATTGTGTTGTGATCCGAGTAAGAGAGAAAAGTAACGTGAGGCAAAGTCTGAAAACTGAGGAAGAGTTGGCCAAGAAAAGGCTTGGAAGGGAATTTCCCAGGAGGAGAGAGAGCAGTTGTTAAGTCTGTGGGTAGGAAGCATCCTCAGGGAGAGTGGGAAGAGCGGACCGGGGTGGAAAGAACCCATCCAAGGGAGCTCTTAGGTTATATTAAGGATGTTATCCTATGTGAAAACAGGAAACAATGTTTATTATTTTAAACTAAAAAAAAAAGGCTATGGTTTGATCTCCAAGTTTTGTGAGTTAGGGCTATGAATTTTACCTTAACAATAAGTTTCTCGGTGAACTTAAGTCAACATTCCAGACGTTATTGGGCTGTAGGTCTGTGTCCCTTGAAAGACTCCCTGCATTTGTTGTACCGGCTTACAGAGTAACTGATGCTATTCAGTGTCCACCATCATAATGTCAGTATCCTGATTCATTTATATTTGGGGGTTCACACTACGCACAGCACAAGCAAACAAGATAATCCTCGTAATGGATAAAACATGAAAATGATAGAAAACATTTTGGGGACCAAATCTATTAACCTTGGTAGTAACTAGGGAAAATAACTAAAACAACAAAAGATCCGAGGTGATTTGGTGACAGCAAATATCCAATAAGTATTTAGATCTACTTGTGGGTGATATGACAGTGGTGCTGCCTTGGTGGCATCTGTCAATCTTGGCTACAATGACAAACATGTATAACCTAAAACACAGAAGCTCCACTTTCAGGCTTCAACTTCAAGGTTTTACCAAGACACACACTATTTCACTGTATACCTTGTTTCAACCTGTAAATGAATGCTTACACAGTCACACATTTTGGGACTCCTAGTGATGACGTATGAGTTAGATCTGTCATAGGAACTTAGAGTGAACAGGGAGTAAACACAGTAAGTCGTGAAAGGTAACATGGGAAACAATTCATTTATATTAAAGCCCGTCCTACACACTATAACCATATTTTTATAGATAGATGTGTGTAAAGACATGGAAGCAGATTGCACAGGGAAATTTTTTTGTGTTTGATATCTTAGTTTCTTATAAAATGGTAAGCCATTTATTTTTAAATTCTTAGCTGTAATTAAATTACCTAGCTAAATCTAGGAAGGTATAAAATAATCTACTTCTGCATGCTGGGTGGTAACGTTGACCTTACTCTGACCTTTAAGGGAAATCTTAGAGTTTCTATTGGTATGATGGCACAACATGACCAAGGCAGCTTAGGGAATAAAGGGTTTATTTTGTTTATATTTCCACATCTAGTTCATCACTAAAGTGACAATCTCTAACAGGGCACCAAACTGGAGGCAGAACCCATGGTGGAAAACTGCTTACTAGCCTGTTCCATCCTCAATGATGTATCTAGCTTGCAGCAAATTGACATAAATAGTTTTATGTCAGCACAAACTGACCTCTTGTCAGCTTGACATACATTCATGTCACTTGCTAAGAACCAGTCTCAGCTTGGAGAAGGGTTCTAAAACAAGGGGCATTTGAGAGCAGCGAAACAAACAACTCAAAGTCAAATCAAGTGTTACCAGCTGATGGCTGTGTTCTGCTTGAACACTGCTTCCCGAGTGTTCTCTCTGTGTTCTCCTTTCTCTGGAGATCCCCAGCTAGCTCTTTGCTTCAGACAGCATTTTTGCAAATCTAAAACCTCTCTGGATTACTCGTTTCTTGCAGATCAAAAGCCCAGTCTTTTATTTACATAGCAACTCAGTCTTTATTCCAGGTTCCTTTTTGATTACTCCATGAATCAACACCCCATGACACCAGCTCCTTGATTCTTAGAGAGAGCAAGTATAAGCACAGACAATAAGATAGCTGGGTGGGAGCCTGTCCTGAAATTACCATTCCTACCATGTCTGGGCCTGGACCTACATTCCCTCTGTTCTAGGTTGACCTTGAATTCAGAAATCTGCCAGCCTTTTGTCTGCCTGTCTTTGTATCTTTATGACAAGTTGGCTCATAGTGCAGCTGCCTCTGTTCCTTTAGATCTGTGAAGCAGCTCCTTATAAATTCATATTGTATCCTTATATTTTGCACAGTTGGGAAGTTATATATTTTCAAACTCATGTTCTCAGCGTTCTTTCTCACGGCTTTAAGGGGTGTCCTGAAGGTCACAGCATTCTCCATTTTGCTGAGACATAGTGTCTTCACCTCCTGGTCTCTTGCTGTCTCTAATTATTATAGTGTCATTAACCTTGACAGAGAGGACATTCCTCAAAGGAGGAGTGTGAAAATATGTACATTATTATAAAACAAACCTTTCATCCACAGCGACCAGCTACACTTGTGGAGGCCCACTCTCTGCTGGCTCTATTCAAGGGGAACAAGCGGTGTCATAACGTCCCTTATATATGGTCAAGCAGGACATGGCAATCACTGTTGAGTTGTAACTTTGCCTTCCTTGTTCATCCCCAAGATCACACCTTAGTATAAACACAATGTGAAACATTTTTACAAATGTAAAAAGTCCTACAGTCTCTTTTAAAATCTAAATTCACTCAAGTGTTTGTTCCTATAAAATTAAAACAAATTAAGTTAAATACTTTCCTATTTCAAGAGGTAAGAATAAGTGAATAGTCACAATAATACCAAAGCAAGACAATACAAATCACTCAATATTTAGTATCTGGGATGTGCTCATGATTTTCTGGGCTTCTTCAAAGGGCTGCAACTTCTTTGGCTCTACCCTCTGCAAAACACACAGAATATGTCCTAGGCTCCTGCTGGCTCCACTCCATACCTGCTGCTATCCTTGGTGGCTATCCAAGAATTGACAACTCTAAAATGCTGGGGTCCTTCGCTGCAACTGTGAAGTACTCTCACCAATACCCTCTCCTGGGCTTTCCTTCAAGGATACCATCCCTGAGACATGGTGCCAAAACTCAGCTGCTCTCCATGACCCCTTCATGCCTTCAAAACCAGTACCACTTGGGTGACCCTTACGCTACCAAATTAGGCTCCAGGCATAAAGTATAACCTTGGTCAGCTCTGAAACACAACTTGAATGTGTTGACTCTAAGGAAATAAATACTTCTCAGAAGATTCCACTTCAATACTGCTGGTCTCTTGTTTAATCTATATATATATATATATATATATATATATATACACATACATATACACACACACACACACACACACATATATCAAAGATTTTACTTCAGTTGTTCTGGTATCTTGTTAACCACAGCTGATTTTTCTGCCCCAGATAAACTGAACCATAGAGTCTTAACTTAAAATAGCACACAGCCACGATAGAGCCATTAAGAGACTTTCGAACTTCCTTCTGAAACTTTACAAGGCAGGCTCCAATGTGTGCATTTCTTTCAGTTCTATTATCTTCCAAACTCCCACACAACAGTCCACCAAGCTTTGAATGCCCAACAGCTTTTCGAGCCCAAAGGTCCAAAGTCTTTCCATCGTCCTCTCCAAAACAAGGTGGTCAGATCTCTGTCACAGAAATACTCCACTATACTGGTACCAATTTCTTACTCTAACCTTTAAGGGTACCTTAGGGTTTCTGATGCTGTGATAAAAATACAGTGACCAAAGCAACTTGTGGAGGGGAGGGTTTGCTTAGCTAGTACTTCCATATCTAGTCCACCAATGAAGAAAGCCAGGGCAGGAACTCAAACAGAGCAGGGACCTGGAGGTGGGAGCTGATAGCGAGGCGAGGCAGTGGAGCAGTGCTCGCTGATTTGCTTCTTCCTTGCTGATGACTCAAAAGGGACTTGGGGTTGGCTATGCGGATCCTGCTGCCTTTTCAGATATTCTCTTTAAAAGTTTCATTTTAAAAAATGATAAATTGAAGTTAATGGTTTTCCATTTTATGCAATGTTCAGATTAAATCATGCCTACCTTGAAATTCTACTATATTTCAAGCCTCATAGGTTAAACCTTTCTAAAAAAGTATTGACCAAAATCGTACATTTTTAAAAAATTTATTATGTATCCCTTATCCATTGCTACTAGAATCTGCTTCCATGTAGTATCCTGTTATTGGCTTCTCCTGCTAGCTTTTTTGAGGGTGGGCACCTTGCTAATTGGCACCGGCACAGTGGTCAGCCTCTTCTAAGACATGTGCCTGGCATTCCTGAGCTTTGACTAAGCAGCTTCTCTAAACTTTTATCCTGCAG
Seq C2 exon
GATACACAGGTGCCCTGTGTGAGACAGACATAAATGAATGCAGTAGCAACCCCTGCCAATTTTGGGGGGAATGTGTCGAGCTGTCCTCAGAGGGTCTATATGGAAACACTGCTGGCCTGCCTTCCTCCTTCAGCTATGTTGGAGCCTCGGGCTATGTGTGTATCTGTCAGCCTGGATTCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000063681-Crb1:NM_133239:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0000822=EGF=PD(41.9=27.1),PF0000822=EGF=PU(78.1=52.1)
A:
NA
C2:
PF0000822=EGF=PD(16.1=8.1),PF126612=hEGF=PU(69.2=14.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: