HsaINT0042246 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000164796 | CSMD3
Description
CUB and Sushi multiple domains 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19291]
Coordinates
chr8:112383567-112390788:-
Coord C1 exon
chr8:112390664-112390788
Coord A exon
chr8:112383664-112390663
Coord C2 exon
chr8:112383567-112383663
Length
7000 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGA
5' ss Score
7.61
3' ss Seq
CTGTAATTATTATTTCACAGGTG
3' ss Score
8.78
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCCCTGTGGTGGAATTTTAACTAAGCGCAAAGGGACTATTTTGTCACCTGGATACCCTGAGCCTTATGACAACAATCTGAATTGTGTGTGGAAGATCACAGTGCCAGAGGGAGCTGGCATTCAA
Seq A exon
GTAAGAATATTTAAGTTTTTCTTCTTTTCATTGTATGTGTGTAGTTAATCTTTTCAGAGATGACAGAATGAACATTATTTCTAAAAGTTTAGCAAGTGGTTTTGACTGACATGGTTGAAATGAATAGAAAGATATTTGTTATTAATTTTTTTCACGTAGAATTAACAGAAAGCCAATTCAAGATGGCATAAGCAATACAAAAAAAATGTGTTAACCCCATATAACATGGAATCTTGAGGTAAGCAGATTTTAAACATTATTTCAGGGGTTCAGTGTGTCTTTCCTCACCCACGTTATTTCCATCTCTCTGTTCTGCCATGCTCAGCCTGTTGGTTTTAGTTCTTAGACACCTTCTCCTGAGGTCTTGAGGTGGCTGCAAAAGCTCTAGGCGTAACAGCCCTACATAGCAATGGCCAGCAGCTAAAACAGAATGTCCCTATGTTATGTACCATTTCAGTGGTTAAGAAAACTTTTCAGGAAACCTGCCAGCAGACTTTCCCTCCTGTTTTATTGACCAAGATTGCAATCATATCCGTTCCAAACCTATGCAATGGGCAACAACCAAAGATTTACTATGATTTGGCTCAAATAAAACTATATTACGTATCAGGAGTAAGCAATAAGTGCAGCCTCCTATTATGCACACATCTCTCACTTAATTGAACTAAGCCAGATCTGTGTTAGCAAGGAAGGAAGATGCTCTTTAAAAATAGGTAATCAACAGTGACTGTCCTGTTATTTGAATTATGGCTATTTTGGGGGCTGCTATTTGACCAGTTATTCTGTTTTACATAAAGATATATATTTTTTCTGGATGAATTGATAATATTTTACTGCAGAATCAGTATATATATCCTATGAAAGGTAATTATGCTTCATAAATATTATCTAGCCTTCACAGATATAACTTGATTACTTCTCTAATTGATTTGTAGAGTTTTTCTTTAGAAACTTGAGACATATAAGAGTTGTGGAAAAATTAGCCAAGATGCCATGCATTAATAATGAAATTAGATTGAAGCATAATTTTTAGTAAAAAAAATCAGCTTCATGGATTTATAATTGTTCAGACGTTTTAAAAATTACTTGACAGGTGTTGGGAGTAAAATATGCCAGCAAACCAATGACAAAACAAAAAGCATGTACATTTTCAGAGTTTTAAGGCCATCCAAAGATTATAGATGCATACTTACATTCTTGCTAGTTTATAGACAATTTGTCAAATTTGAAGATAACGAATCAATCCTATCTTATTATAGTAGAATAATAAGGATTTTGGGATTGCCCATGCTCCAGCTTGTATAGAGGATCTGAAATGATATGATACCTTTAGAATCTTCATAGAACTTTTACCACATCATCTGGTTATAATCTTCTCAAGGTTATTCAAGAGCATCTATATATTAAATCAGCTTACTTATTTCCATCTAATCTTAAAATTTTGAAAACCCTGACATGTTTTCTTTAGTTATCATCTTCTCTTTTTGACCCACTGCAATGTGGCTTCAGCAACTAATACTCTAATAGAGCCAGTCTCATAGTGAAGATCTAAATATGATTAAATCCATTGTGTGGTTCATCTTTCTTGCTCTGTCAGCAGCTCTCTATCTTGCTGTTCCTCCCCTGACTCCTAATAGACTATTTTTTTCTCCTTAGATCCTAGGACACCAATATTTTCTTGGATTTTGTTTTGTTTTCTCTTCTACATCTGTAGCTCCTACTTCTATATCTACTACATGGTCTCCTCTTGCAATTCAATCCATTGTTCAAATATTAGTGTTTATGAGATTCTGTGGCCTTTGTTCATTTCACTTTACTCTCTCTGGGACCTTGTCTAATTCCATGGCTTCAGCTACTTTTATGTGTTAGAGATGTCGAGGACGTAAATCATAATAGATAATCAGAAAACATATTTTTGAATGAGGGACTGAATAAATGATGACATGCAGACCTAAATATCTAACTCAGACCTCTCACCTAAGCTGCAAAACATATGTCCGACTGCCCACTGGACATTTTCAGCTAAACTTCTTGATGGCTTGTCAAATTCAACCTCTAAAACTGACTTCATAGAATTTTCTCAAAACTATAGAACTTTCTCAGTGTTCTCTTTCTCAGAACAACTTCCTCATCCATTAAGTTACACAAGTCAGAAATTTTGATTCTTTTCTGACTCTTACTCGGTACAATGAAATTCGTCAGGTTTGTCTTTCATAAATCTCTTAAACAAATCTATATCTCTCCATTCACACTTTTACTACCCGAGATCAGATAGCATCACCCTTGTCCCAGGTTCTTATTCTCCTGCAGTCTATTCCCTGTACGTCCAGTAGAGTAACCATCTGAAAGTAAAAATCTAATACTATCATTTTCTTGTATCTAATACCTCAGTTGTCTCCAATCTCCTTATCTCTTTTGACACTGTCGATTATGCCGTTGTGCTCTGTTCTCATTTTGTAACTATTCTATCTGCACTATTTCAGCTCCTTATAAAAACCTAGCTTCATTTTGCCTCTGGACCCTTTGTGCATGTTGTTCTTTCTGTGAGCACTCTCTATGATCTCCTTTTATGTTGCTTATTCTTACTTAACATTTCTGTCTCAACTTAAATACATTTTCTGTGGAAGACCTTCCATGAACTTGAGACAAGGTTAAGTTCTCCATCATATTTCAATGTTACTACTAATTATCTGTAAGCTCATGAGGACAGTGCCAAGTCCATTCTGACAACTAGTACAGTGGAAGTACATGCTGCACAGTGCTTGGCAGTGTATTCTCAGTAAATATTTTTAGAACGAATCAATGAATACTTGCACAAGTGGAGTTTTGACTATTTTAGAGTTAGCAGGCATAACGAACTACTAAGATGTTTGCAGAAAAACTGTGTTATATATCACTTATCCTAGGCAAACACTATTCAAAACTGGACACATATGAATAACACTAAAATCTTTCACTGAGGAAGGACTTTGTTTATTGACTGTACTTTAGAAAACAAAATTTGAGTTTAGCAGCACGTTTAGCAAACATATAGTGTGTAAAGCATTTGGGGCTTTTAATTTTAAACACGCTAAAAAAAAACTATCAAGGACCTTTTTCTAATTAACCATTTACATGGATGCTAGTTTTAGACATATCACTGAGTCATAGAAACTTGTAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATAATATATGACTTACATTTGAAACTTCATTAAATTTACCTAAAAGCTATCTGGCTACTACCCTAGGTTTAAAGCAATGTTTAATATTTTTCTCTGTTGGGCCAAATATGTGTGTGAATAAAGAATTGTATGAATATTCAATAAATCATATATGAGATAAAGTGGGATAATCATTCTTGAAAAGAGGAGAAAAGAAGAAACATATGGAATGCTGAAAAATTACAATAATATAGAATAATTGAACATTCTTTGGGAATTACCTGAACAAACAATTTGTTAATATTACATGAGAATTTCCCACTCTTTGTGGCAAAGAGTGGATTCATTTGTTTGTTTGTTTATTTTAGCAGGGTCTATTGGAGAATTCCAGTGCAGCTACATTCAAAATTAGCAGTGATAGCCATCAAGAAAAGGGAAATATTTATGTAATAAGCCATGGGGGAAAATATGTTGGCTACATTATTGTATCAATTTACAGCATGATTATCGTGATTTTATATAATCTAAAGTAAAATGTAATTTGAACAGTTATATGATAGATGCCTAGTTTTAATGATTGGAAATTCATTACCTCATGAAGCTATTCCATTACCATGATGGACAACTATATCTAACGCAAAGTTACTCTGAACACTGAATCAGTATTTACCTCTTTTAAAATCTTTAGTTGGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGGGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATAGCGACCATCCTGGCTAACATAGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGACGTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTAAGATCGCGCCACTGCACTCCATCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCTGTCTAAAAAAGAAAAAAAAAATCTTTGGTTGGCTTTCATGTGTCTTCTGTCATAGTGAGTACTCGATCATGTATTTGAGTCCCTTAACAAATCTCATAGCATTGTCTGCCAGTTCTTCTGGCCAAATTCTGCTTCTACACTCTTTATATTTTTATTATGCCAAACTACATTCACAATGTACCTCGAATCCCAGTGGCAAATTATATTACATCTCTCTGGCTGCTGTAACAAATTACCATGAGTTTTATAGTTACAAACAACAGATTTTATTTTTTTCCTCATAGCGCTGGAAGCAAGAAGTCCAAAATCAGCTTTACTGCACTGAAATTGAGATGCTGGCAGAACCTCTCCTCCCTCGTCCCTGCCCACTTCAGGGTCTCAGGAATGACAGCATCTCTTCCTTGGTTTTTTCCAGCTTCTAGTGGCTGCTGGCATTTGGATTCTGGCCACATCACTCCAATTTCTGCCTCCGTGTTCACATCGTCTTCTCTTCTATGAATGTCGAATCTCCTTTGGCCTCTTTTCCCCTTTCTCAAGATTCTTAAATTAAGCTCATCTGAAAGACCCTTTTCCATATACGGTAGTATTTAGAGGTTCCAGAGATCAGAACCTGATATCTCCAGAAGCCATTATTCAGCTATATACACTAGACACATGTATCCAGAAGTAAACTGACTTTCTTTCTCCCACCTAGGCAATAGATTTTCTTGGAGATGTCTACATTTTTGCTCTTGCTACCCCACTACTCTCAATAACAGAAAAGAAAATAAATTATTCTCAAATTTTTCCTTTCACTTCCTCCCCTATTCAAATCACACAAAATTTAATAACTTCCTCTACAGCAACACATGTGACGT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Seq C2 exon
GTGCAAGTTGTTAGCTTTGCTACAGAACATAATTGGGATTCTCTGGACTTTTATGATGGGGGAGACAACAATGCTCCAAGACTTGGAAGCTATTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000164796:ENST00000297405:36
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043115=CUB=PU(36.8=92.9)
A:
NA
C2:
PF0043115=CUB=FE(30.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development