HsaINT0044228 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000197408 | CYP2B6
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily B, polypeptide 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:2615]
Coordinates
chr19:41497204-41510068:+
Coord C1 exon
chr19:41497204-41497381
Coord A exon
chr19:41497382-41509905
Coord C2 exon
chr19:41509906-41510068
Length
12524 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGA
5' ss Score
9.21
3' ss Seq
GGTGTGGATGTGATTGGCAGTTC
3' ss Score
1.49
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGGACCATGGAACTCAGCGTCCTCCTCTTCCTTGCACTCCTCACAGGACTCTTGCTACTCCTGGTTCAGCGCCACCCTAACACCCATGACCGCCTCCCACCAGGGCCCCGCCCTCTGCCCCTTTTGGGAAACCTTCTGCAGATGGATAGAAGAGGCCTACTCAAATCCTTTCTGAGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTCCGAGAGAAATATGGGGACGTCTTCACGGTACACCTGGGACCGAGGCCCGTGGTCATGCTGTGTGGAGTAGAGGCCATACGGGAGGCCCTTGTGGACAAGGCTGAGGCCTTCTCTGGCCGGGGAAAAATCGCCATGGTCGACCCATTCTTCCGGGGATATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197408-CYP2B6:NM_000767:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.105 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=PU(5.7=45.6)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(11.8=100)
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)