HsaINT0044320 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000186104 | CYP2R1
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily R, polypeptide 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:20580]
Coordinates
chr11:14901682-14907463:-
Coord C1 exon
chr11:14907322-14907463
Coord A exon
chr11:14902315-14907321
Coord C2 exon
chr11:14901682-14902314
Length
5007 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATGT
5' ss Score
9.81
3' ss Seq
ATTTTAATATTTTTTTTCAGGCT
3' ss Score
9.62
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTTCAGTTTAGATCTTGGAGGCATATCAACTGTGGTTCTAAATGGCTATGATGTAGTAAAGGAATGCCTTGTTCATCAAAGCGAAATTTTTGCAGACAGACCATGCCTTCCTTTATTCATGAAGATGACAAAAATGGGAG
Seq A exon
GTATGTTTATTTGCACCTATTTAGTGATTTACTAAGATATTTTAAATCACATTCCTTATTTTAAGTTTTAGTGCATACAGTTGGGATTATTTTATACTGATTAATAAGAAACTATTTATTTACAGAACCTAGTATTTGAGGACCTTTCAGGCTGTACTACACGCATATTTTAGACCAGTACATTGCTAATTCTATTGTGGTCCAGCTCTAATAAGTATTATAAATAATGTTTTAAAGAATCAACACCTAATAACATCTGCAGGTTTTGTGAAACAAGTTAGGAATAAACACATACTTCCACTTGAATCCGAAGTGCCCTTTTGAACCTAGTCTTGAGTACTTGGTGACATTTTTACTATCATTTTACTTATAAGCTTACAGAACTTGAAGCAGCTTTTTTGACTACTAATCACTGTGATTAGTAAGTATAGAGTTGCATGGTTTGTGTAAAGGACTAGCATTCTGTATGGTTTAGTATTGATCAGTGTTGGGGATTCCATATTCAACAAGGGGGAAAGACTGAAAGTTGACAAAATCGGTAAGAAGAAAGCAGCAACAGACAGCCTAAAATAGAATGTTCAGATCACATACAGTGGTTTTAATAGTTAATAGTATAAGAATTTTTACTAAAGTTGTGTCCTAAATTCTCTGAGTTTCACATTTAATTTCAAATAAAAATTTAACAATATCTTGCTTACATAGGCAAAAACTAAAGACATTGGTTGAAAAGGCAAAAATTAAAATCCTATATTACATCACAAAGGAAATGAACTAATGCAGAGAAAGCACAAATTGTAAAAGACTGAATTCTCAGGCCAGAGTATAATGATACTTGAAAGCAGTAATATAAATAAAAAACAAACAATTAGACCAAAGAAGCAGCCACAATTATAATAGACCTTTAAAAAGATGATGAAAATGAAAGATGATGCAATCACAGTAATATTTGAGAAAAGTATATATTTTTCAAAGCTGTAAATTTATTGTTTAGACTGTTTTTATCATAAAGCATTCAACTTAAGATTTTTAAAAACCAGGTAGAAAATTATGTGTTTTTTTATTTCTTTTTTTAATTTTTATTTTTTTAAATTATTATTATACTTTAAGTTTTAGGGTACAGGTGCACAATTTGCAGGTTAGTTACATATGTATACATGTGCCATGCTGGTATGCTGCACCCATTAACTCGTCATTTAGCATTAGGTATATCTCCTAATGCTATCCCTCCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGTCCCCAGAGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAGTTCCCACCTATGAGTGAGAATATGCGGTGTTTGGTTTTTTGTTCTTGCGATAGTTTACTGAGAATGATGATTTCCAATTTCATCCATGTCCCTAACAAAGGACATGAACTCATTATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTCATCCAGTCTATCATTTTTGGACCTTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCCGCAATAAACATATGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAGTCCTTTGGGTATATACCCAGTAATGGGATGGCAGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGTATTCCTAATTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTATGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGGTGAGCATTTTTTCATGTGTTTTTTGGCTGCATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATGTCCTTCGCCCACTTGTTGATGGGGTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGACTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCAAAAATTTTCTCCCATTTTGTAGGTTGCCTGTTCACTCTGATGGTAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTGAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAATTTTGTCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTTTTAGACATGAAGTCCTTGCCCATGCCTATCTCCTGAATGGTAATGCCTAGGTTTTCTTCTAGGGTTTTTATGGTTTTAGGTCTAACGTTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTTGTATAAGGTGTAAGGAAGGGATCCAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCTTTTCCCCATTGCTTATTTTTCTCAGGTTCGTCAAAGATCAGATAGTTGTAGATATGCGGCATTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTCCATTGATCTATATCTCTGTTTTGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTTAGTGTAGCCTTGTAGTATAGTTTGAAGTCAGGTAGCGTGATGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTGGCTTAGGATTGACTTGGCGATGCAGGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAACTTTAAAGTAGTTTTTTCCAATTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTAGCTTGATGGGGATGGCATTGAATCTATAAATTACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCATGATATTGATTCCTCCTACCCATGAGCATGGAATGTTCTTCCATTTGTTTGTTTCCTCTTTTATTTCATTGAGCAGTGGTTTGTAGTTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCACATCCCTTGTAAGTTGGATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAATTGTGAATGGGAGTTCACTCATGATTTGGCTCTGTGTTTGTCTGTTATTGGTGTATAAGAATGCTTGTGATTTTTGTACATTGGTTTTGTATCCTGAGAATTTGCTGAAGTTGCTTATCAGCTTAAGGAGATTTTGGGCTGAGACAGTGGGGTTTTCTCGTTATACAATCATGTCATCTGCAAACAGAGACAATTTGACTTCCTCTTTTCCTAATTGAATACCCTTTATTTCCTTCTCCTGCCTAATTGCCCTGGCCAGAACTTCCAACACTATGTTGATATGTGTTGTTTTAAGGTACTATGTACTGACCTTGGAAGTAGAAAATCATGGCCACTATTAGCCCACTGTGTGAATGGGAAAAAGTTGCCCTTTGGGTGAGCCCAGTGTCATGCCCAGGCACACAGCTTGGCCAGTGTAGGGTTTTTATAAACAGTGCTCCTCTGTACCTTCTTGTGTATATATCCCATGTGCACATATTTCTCTAGGGCTGGTTTCATCTTGGCACCATTGCACTAGCTGTTACCTCTAACTGCAGTGGTCTTTCCTCAGGTATTTGCTTGTCTCACTTCCTCATCTCCTATGAATGTTTACTCAGATGTCATCTTCTCAGTGAGCATTTTGCTGACTACCCTATATCTTTTTACGTGCTGTATAATTTATTTGTTGTTTTGTCTGTCTTTCCTACTAGTGTCTAAGCTCTGTGAGAGCAGGGACCTTTGCTTCTTTTGTTCCCTGATACATTCCTGACACTTAGAACATTGCCTGGAACATAGTAGGTGTTCCACAAATACATGTTAAATGAATATTTGTTGAATGAATAGTCATCTGGGAGTATAGAAAAAAGAATGGACTATGGGAATGTAAGATTGCTACACAGCACTAATGACCCCCTTACAGTAACTTTTTAATAAGTTCTACATTCAAAAATTATTGCACAATAAGTTGTTGGAATGTAAATTTTGTGTGTACCTCATGTACACAAGAGAATGTGACATTTTTCATTGTGGGTTGTGTTAGTCCATTTTGTATTGCTATAAAGAAATACCCGAGGCTGGGTAACCTATAAAGAAAAGAGGTTTAATTGGCTCATGGTTCTGCACACTTTATAGGAAGCATGGTGCTGGCATCTGCTTCTGTTGAGGCCATCTGCTTCTACTGAAGCTCACAATCATGGCAGAAGGCATTGAGGAAAGCCAGCATGTCATATGGCAAGAGTGGTAGCAACAGAGCAAGTAGGGAGAGGTCCTTAACTTTTAAACAACCAGATCTCACATTAACTGAGCGAGAACTCACTTATCACCAAGGGGATGTTGTAAGACCATTCATAAGGGATCTTCCCCTATGATCCAATCAGTTCCCACCATGCCCCACCTCCAACATTGGGAATCACTTATCAATGTGAAATTTATCAGAGGTACAACCGTGTCCCAGTAATGAGTGAAATTTTGAGTAAAGTACATGTTACATAAATATGTGCACTGAAGATGTTGAATTAATTTAAGGGAGAAAATTTCAATAGTAGCAACATCAAAACAGCAGATACATTGTGGAGACTCTGAAATTTTAAGGCAGGCAATATCAGCATTAGAAAAGTTTGAGCTTCATGTTTGCCCTTTTTTTGACTTCAGCATTTCGACTATATTGACAGCTCATTCAGAGTACCCTTACCCCTGTCATAGTTACTTGATTGTCTACCATATCCCTTTAATGGGAGGAAATTTATTTTCTAAAATCCATTCTCTTTTAAGCAGAAAATTTCTAATCCTAGAAGGATGATTTTTTAGGTGTTTGTTTAGTCTAAGATAAAACTTTGTCCATTGAACATGTGGTCATTTGTCTTTGGTAAATTAGGCTTATAGTAAAAGTTGGATAATATAGTCACCTGGGCCTATTTCACCAGGTTAAATTACACAGGACTGACTAGCTTCTTGTGGTGGTGCAATTATAGGCCTTTTCTGCCAGTCCACAGATAAGGAGTAGAAAAACTTTATCTGTTATAATACTCTGGCTAATGAGTTGCTGAGAACAGGACCCAACCATGTAGTTATATAGGAGGACAATTTGGAGAAGGATGACTAACCATCCATTAAAAAAATTTTGTTCCCTTTCATTTTTTAGATACAGAGAAGTAGGAATTATACAATATTTTAATATTTTTTTTCAG
Seq C2 exon
GCTTACTCAATTCCAGATATGGCCGAGGATGGGTTGATCACAGACGATTAGCTGTAAACAGTTTTCGATATTTTGGATATGGCCAAAAGTCTTTTGAATCTAAAATCTTGGAAGAAACCAAATTTTTCAATGATGCTATTGAAACATACAAAGGTAGACCTTTTGACTTTAAACAGTTAATAACGAATGCTGTTTCAAACATAACCAATCTGATCATTTTTGGAGAACGATTCACTTATGAAGACACCGATTTTCAGCACATGATTGAGTTATTTAGTGAAAATGTGGAACTAGCTGCCAGTGCCTCAGTCTTCTTGTATAATGCCTTTCCATGGATTGGCATCCTGCCTTTTGGAAAACATCAACAGCTGTTTAGAAATGCAGCTGTAGTCTATGATTTTCTCTCCAGACTCATTGAAAAAGCTTCAGTCAACAGAAAGCCTCAGCTACCTCAGCATTTTGTTGATGCTTATTTAGATGAGATGGATCAAGGTAAAAATGACCCATCATCTACTTTCTCCAAAGAAAACCTAATTTTCTCAGTGGGTGAACTCATCATTGCTGGAACTGAAACTACAACCAATGTGCTACGGTGGGCGATTCTTTTCATGGCCCTTTATCCTAATATTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000186104-CYP2R1:NM_024514:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(10.2=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(46.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)