Special

HsaINT0047324 @ hg19

Intron Retention

Gene
Description
diacylglycerol kinase, iota [Source:HGNC Symbol;Acc:2855]
Coordinates
chr7:137271843-137282653:-
Coord C1 exon
chr7:137282593-137282653
Coord A exon
chr7:137271957-137282592
Coord C2 exon
chr7:137271843-137271956
Length
10636 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAGGT
5' ss Score
10.15
3' ss Seq
GGCCCCCGATACGCCTGTAGGTG
3' ss Score
5.51
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTGAATTGTATAGGAAAGTACCAAATCTGCGAATTCTGGCCTGTGGTGGGGATGGAACG
Seq A exon
GTAGGTCCCTGAGAGAGAATCCAGTTCTCTGCCAATTCTATCTTTCTTATTGTTTTCTTGTGGCACTTCTTTTTATTCGTTGCTCAGTCTTTCTAATCCCCTAACACATGTATATCTCTCATGTGAATCATAGCCCCTAAGAGTAACAAGGGACTTTGTTATTGTCCTTATGAATACATACTTGATCCTTCTAATGTGTGCTTCACTCCTTCAACTATGCTGTATTCTTTTGTGTGCCATGAAGTAGGGATGTGGTCAAATCCTTAAAATGAAGATTATAGATAGATAAATTCCTTTTAAAATATAAGCTGAACTGTTTCCATTTATTCTTAATAATTTGGCCACAGTAGGGAGAAATACGTGGACACAATTGAATTATTATGTTTTTTTTTTTACTAGTGGGAATAAAACTCAGAATATTGAGTGTTGTTTTGCCTTAAAGATTATTAATTGGTCCTATTTATGTTCTTTTTTGTTGACATACTTTACCTGTATATGGGGTATGTGTGATATTTTGTTATATGCATAGAATGTATAATGATCAAGTCAAGGTTTGGAGGTATCCATTACCTAGGCTATCATTTCTATGTGTTGGGAACATTTCAAGTTCTCTTTTCTAGCTACTTTGAAATATATAATACATTGTTGCTAACTGTACTCACCCTACTCTGCCATTGAACATTAGAACTTATTCCTTCTGACTGTATGTTTGTATTCATTTATGAAAAAAAGGTGGAATTGGGCTGAAGGTTAATATCATGGATATATTTTCTCCTGTTTATTATGCCTCATCGGTTTTCTCCATTTGGCCTCTACTTATGGTGATATATTTAACAAAGTAAAGAATTGAGAATCATGACATTTAGATTGTGTTGTCTGGTTCTTTTTCTTCCGGATTTGGAATCTGATCTCATAGGATCTACGAATGTATTATGAACTATCTTTAGCTTTTCTCTAATTTCCCTAATTAGAATGTTTTATTCTCAAAGGTAGCAACAAAATCTTCGAATACTATCTCTCTTAGCACATAAGCACTTAATGTAGGGTTGGATACACATTATATACCAATAAATGCAATGAGAATGAAATAGAACTGTGATTTTTATTGGTCTCTCAGATACTGTGTGGAGAGTAAAAACAATGTTCAGTTGGGAAAAATAGTCTTTATCTTTCTTCAAGGTTCATATTACACATTATTAGTTTATAAAATTCATTATAATGTCTTACAGCAAAGAAGCCAAACCTATTTAACTTTTTTAAACCCAACGTTTTTCAAAATTATTTGGCCATGGAATTTTTTTCCCCCACACAATACCAATTTCAATTGATTTTAGTGTTCTAGGGAGATCAATTTAAGGGATATGGTAGGGCAAAATTTCCCAACTTTCTTTAGTAAGAATTACATCCAAATGAACCCTCTGAGGATGGATATACTGTGTTCTTCCTAACTCAAGCATCCCCCAGCTTAGTTATCTTTAATGAAAGGGTAAACTCACTGTGACTCTTTACCATACCCATAGTTATCTTCCTTATTTTAGCATCTACTTGCCTTCTCATATGACTTCAGCATCTCACTCACATCTTTTCTCCTTTTCTAAACCTCAGTGACAAAAACAGATAAGTTGAGGATGTCGTCCTTCCTCTTTCTTAACTCAAATCCACATAAGCTATGCATAACATCCCCAGATCTTGGACTTCTTTGTTGCCTTGGGTGCTCCACCTCCCAGGCCTCCCTTTCTCCATGGAAACTCCCATTCCACCTCTCCCTCCCTCATTCTCTCTCCTTTCTTCTTCCTTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCTTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGTTGGGACTACAGGCACGTGCCACCACAGCGGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGATGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAACCACCCTGCCTGCCCGTTTTCCTTCTTTACTCAGCAGATATGTGGAGGAAGCACTGTGCTAGGTCATGTAGTATTGAGATATTCTCTGCAATTAGATGAATATTTGAAAGTATGGGATTCCAATGAATAAAAGATAAAGAGGAAAGAGAGCCAAGTCCACACACTTGTGAAATGTATAATTATGGGTCCGGAGCCAAAGTCCAAAAGGAAAATAAATGAAAAAATAGAAGAATAGGACAGCCACCAGTCTGTTCTGTCAAGTAAACAAACCAAAAAAGGAGTTTCAAGAAAGAGGCAGTAGTTACATTTTTAAGGAGAGACTGAAAAGTTACCATTGAATATGGAATTTCAAGAAAGCAGTTTCAATAGAGTATGTGGGGCAAAACCCAGAATGATGAGTAAGTGAAAGTTGGTACAATCTTAATAAATTCCTAATGGCCAGATCCGATTACAGTTTCGAATGTCTGTGATCTCTCTGATGCCATTGTCAGCCTCCTGACATGTAGACTACCTACTTCTCCTATTTTTCATATCCAGTCTTTTCAAGCAACTCTTCATTAATGATAGCATAACTATGAGTATTCCATAAGGGTAACTAATTTTTTTAATGTGGTAGGTACCTTTTCCTCTTAGGGACATTATCTATATTTTAACATCTGTTTTTACCTCCTCTGATGTAATTCACAAATGTACTAGTCATTTACACTTGGGTGCCCCATGGCCACTTGCATTCAGCATGCCTAAAATAAAAGTAGTACGTTTACCCTAGAGTTGGCACATTTAAACTAATTATTTTTGTCAGTGGTAACATCTGTAGTTAAAATACTTAGAATCAAAACTTTGCTTATCTTGTACCTTATGTAAACCCAAGTTTTATTTAATTTACCTTGTTAGGATAAGATGTTTTGTGAAAAACATGGGGTATATGAAATGTTTGTCATGGTATGTGATTGATTTTTTTTGTTTTGTTAGTTTAGAAAATGAAACTTTTAATTGTGGGCGGAGGCAGAGTTTATATAGAGGAAACAGCCTGAGGAATTCATGAAGAAAACTGCTGGCTTTAGGCAAGTGGAGTATAATTCTGAATTCAGGTATATATTTGACACAAGGTATTCAGCCTTTCGTTAGTGAGCACATCTGTCACTGTAGAAGCTGGCAGAATGCTGCCAGTAAAGTGACAAAGCTTAGGGAGAAATCAGAAATTGAATATTTTTCACTGACTGGGATGAGGCTATATTACCCCATAACCGTATTAGTTTAAATTAAGAGTATTATTTAAGGTATAGAAAGTATTATTTAAGGTATAGAAAGTTTGCATTACTTTGGAAAAAAGTTCTTAGGCTTCAATATTAGCTACTTTAATTGTATATTATTTAAAAAATACATGAAAGGCCAGGTGTGGTGGCTCACGCCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGAGCACATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGATCAGCTTGGCCAATCTGATGAAACACCATCTCTATTAAAAATATAAAAATTAGTCGGGCATGGTGGTGCACACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGTTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGAAGGTGGAGGTGGCAGTGAGCTGAGATTGTGCTACTGCACTCCAGCCTGGGTGACACAGTGAGACTCTGTCTCAAGAAAGAAAAAAATATGAGAAAGCAGAGGGAAACATTCCCCAATAATGCACTTGGAAGTGGAGGTGAAAGAGGTGGTTCTGCTCTCATTTCTGTGACCTTTGGCAGGTTCCTTAACCTCTTTTGAGACCTTCTGAATCTACAAAGAAATGCATTCAGATCTCTAAGGTTCTTATAGCTGTAGCATTATAATAATATAGGCTATTGTTCAAGGGAACTTTAATGCAAGCCACATTTGTACAATTTTGAATTTTCTAGAAGGTACTTTTAAAAAGGTAAAAAGCAGGTGAAATTAGTTTATAATATATTTTATTTATCTAAAATAGTATCATTTCAATATGTGTTAATTTATAAACATTGTTAAGATATTTTATGTTCTATTTGTACAGTCTTCAAAATCTAGCATATATTTTATACTTACAGCACATCCAATTTGGATTAGCTATATTCGAGTGCTGGATCACCACATGTGGCCAATGGCTGCTGCGTTGGACAGTGCAGGTGTAGTCTCTTTGTTACTGGCTTGCACAGTTCAGAGGCTGTCACATAGTTACAGCTGTCAGATGGTCTGATCCCATTTTCAGATCTCTTGGCTGCAATAAATTCAGCTCACTCAAGAATGATCTCAAACCTTCATGTTTATAAATGAGAAATAGCCTGTCTTTGGTCATGTGATAAATTTGTATTTTCTCACTTCCTTGGCCACGTTGACACCTATTCAACTCCTAATGGCTGTCACCCTGCTGAAATATTGACGAGCACATGAACTGATCTCCTGAGGCTCACGTACTCTCATTATGGTTCCTTAAGGTGTGTGACCCATGGTCCCTATCTATCTGGCTCCTGACTTTGGTGAACTTGGCTGGATCTGCAAGTCCACCTTTAACCATTTTAATTATTTCCAAAAGGCCTGACATTAAATTGACTCCAGCCATCCACTTCATGCTTATTTCTTGTTCTATTGGCTTTTCTAGATGAAAAAGCATCCCAAATGGTAGACATCCCCATGCCCTGACTCACCACAGCCAATGCAAAGAAGGAAGTATTATTTTCCTTTAATTGATAGGGACAATCCCTCATCCTAAGCCCCTTTCCTCATTCATCCTCAGCCTAGTTATATTTCATCCTCTCTCACTGAGTAAGCACACAGTGTACCTTCAGTGTGGATTCTATATTGTTTCAAGAAAAGGTCATATTCTGATTTTTATCTTGATTTCTT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Seq C2 exon
GTGGGCTGGATCCTTTCCATCCTGGATGAACTGCAGCTGAGCCCTCAGCCTCCTGTGGGGGTCCTTCCTCTGGGGACTGGGAATGACCTGGCTCGAACTCTCAACTGGGGAGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000157680-DGKI:NM_004717:12
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.026
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0078119=DAGK_cat=FE(16.0=100)
A:
NA
C2:
PF0078119=DAGK_cat=FE(29.6=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development