MmuINT0048824 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038665 | Dgki
Description
diacylglycerol kinase, iota [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443430]
Coordinates
chr6:36984584-36998180:-
Coord C1 exon
chr6:36998120-36998180
Coord A exon
chr6:36984698-36998119
Coord C2 exon
chr6:36984584-36984697
Length
13422 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAGGT
5' ss Score
10.15
3' ss Seq
GGCCCCCAATGTGTCTGTAGGTG
3' ss Score
7.86
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038665-Dgki:NM_001081206:12
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.026
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0078119=DAGK_cat=FE(16.0=100)
A:
NA
C2:
PF0078119=DAGK_cat=FE(29.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: