HsaINT0049824 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000115423 | DNAH6
Description
dynein axonemal heavy chain 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2951]
Coordinates
chr2:84517819-84525738:+
Coord C1 exon
chr2:84517819-84518051
Coord A exon
chr2:84518052-84525564
Coord C2 exon
chr2:84525565-84525738
Length
7513 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TGTCTCTCTATTTCCCAAAGCCA
3' ss Score
6.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTAAGGATGACTTTTCGGGCCACAGATAGTGAATTTGACCTGACAAATATTGAAGAGTATGCCGAAAATTCTGCACTTTCAAGACTGAATAATATAAAAGCCAAACAAAGAGTGAGTTATGTGACATCCACAGAAAATGAATCTGATACACAAATCCTAACGTTTAGGCACATTACAAAAGCTCAGGAGAAGACAAGAAAACGACAGCAGCCTATAAAACTAGAGCCTTTG
Seq A exon
GTAAGTTCAAAAACCATTGTTTTAGCCTCTGTAGCCACAGAGGAAGTTGTAAAATTGCTTTGGAGGATAGAAGTCATGTCCAGACTCTGAACTGACAAAGAAGGAATGAAAAGCTAAAAGATAATAACTGCTTATGTAGTTGTAAATACGGTAAATATTTATTAAACAAATATTAAGTTCTAGGCACTGTTTAAGTTGAAGGATACAGTGGTGAACAAAGTTTTCAGGCAGATAAGTCCTCTCTAGGATTATGTACAATACAGATACTTAACTATGTATGCTATTAGGCACTTTTAGATATTAGGGTACCATTTAACACTGAGAAGTTTAGCAAATGTTATATTTAGTTATATAGTTTTATTATTTTCAAAGTACATGCCTTTGTATTTAAAAAATTGTGTGCATGTTGAAAATACTTAATTTTTAGAAACCATTTATGCCCTTGGATAATTATAAACGCATGTAAAGAGCAGTGAAAGCGAAAAAATTAAAAAGTAAAAGTTGTCCTCTCCACCATTAGACGTTAGCTACATCTATTTCTCTCTGACGTATTTGCCTTCACTTGACAAAAGTGTATCACTAACCGTTGATGATTAAAGTTGTTTAATTTGTCACCAATGCCATCTACTCATGTATATTAAAAGTTTGTTATGTGCGTACTCTGTGCCAGGGTTTGAGCCATGCTCTGAGGAATGAACAAAGCAAATGAACAAATATAAATGAACAAAATAAACAAATATAAATGAACAAAAATGAACAAAGCAGACAAGATTCCTGTTGACATTCTAGTAATTCTAAATAAGCAGACTGAACAATTTCACCTAGTGATAGTAACTATTTAAAAAATAAGCCAAACGCATGGGCTCATGCCTGTAATCTTAGCACTTTGGGAGGCAAAGGGAGAGGGTCATTGAGCCCAGGAGGTAGAGGCTGCAGTAAGCTGTGCTTATACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGATCCTATCTCTAAAAAAAGAAAAGAAAAGAGCACATGGACTATGGTAGAGACTCAGAAGAGACTGCTTTAGATTGGGTGACTAGAAAGGTCTCTCTGAGGAGATTTTATCTGAACAAGTCTCAGCCAACAGCCTGTATCAACTGACAGATATCTGCAATTTAGGCAGAGCTCAGTGGGGACAGCTTGCCTCTACTCCACTGGGCACCAGCTGAGGCATTGATGCTGTCCCCACTGAGCTCTGCCTAAATTACAGAATTTTTAGCAAAATAAATGTTAGTTTTTAAGTTACTAAGTTTGAGGCAGTATGTTATATACTAACATAACTTGCACAGTATAAATAATACATGAATAAAATAATTCATACAATATTAAAAAATAACAAGGAAAAAAGTGAAAATGACCTGAAGTTTCACCATGCAGAGAGAAAGTAGCTTAATAGTCTAGTGACTAATTTCACACCTGTGGGTGTCTGCAGTTTGACTTCTTTTTATAGAGTTGGTAAGAATGTATTTTTGTTATTGACTTCCCTCCCCTCAACTGCCTTCTCCTCTCCCTTTCCCTTCCCCTTCTTCTTCCTATTCTCCTCTTCCCCCCTTCTTTCCCCTCCTCTTCCTTCTTCTTTTCTTCCTCCTCTCTCTCTTCCCTTACCCCTCCTTCTCCTACTCTCTTTCTTTTCTACTCTTCTTCTTTTACATTTTTTCCTTACCTCCAAATTCCCCAATCTCTGACCCCCTTTTCTATGCCATCTAACATTGATGACATCTAGTATATGTCTTTTCTTGCCTTTGTCCATGCTGAAACAATTTTATACAAATTTATTTGTAATTTTGTAATTTTACAAATGTATGAAACTTACAATTTGTAATTGTGTGTATTTGTAATATTTTCATGAAAATATTACAAATAAATACAATACTCTCCATCTAGCTTTTTACACTTAGTGGTGGCATAGTATCTGATTGTATGAACATTCCATAATTTACTAAATCATTCTCCTCTTTTGAGACATTCAAGTTGTTTTGCCAGTATTTCAAATGGTACAGTAAAATTGTATTATCCTTTTGTATTGGTGCTTATATTCCTATGAGACAGGGCCCTGTGAGTGGTGTTGTGGAGTTGATGAAAAAGTTACATATATGTATAATTGTATTTAATTGTATATTAATTTCCATATAATTATATTTAACATACAATTTTACTTAATTCACACATATTTTACCTGGAAACCAGTTTCTCAATCCAATGTACACATGTTGCCTAAATTAAATTGCATTTTCACCCTTAACCTAAGTTATACTATAATCTCTTCCAACTTTTTGTTGCCTGATCTGCATAGGTGAAACTGCACCTTCACACAGGATGCAGCTAGTGTTTTTATGTGTAACTTTTTTAACGTTTATTTTAGATTCAGGGGTATATGTACAGATTTGTTACATAGGTAAACTGAGGTCATGGGGGTTTGTTGCACAGATTATTTCATCTCTCAGGTACTAAGTGTAGTACACAATAGTTGTTTTTTTCTGTTCCTCTCCCTCCTCACACCCTCCTCCCTCAAGTAGACTCCAGGGTCTCTTGTACCTCTCTTTTTGTTCATGTGTTGTCATCATTTGGTTTTCACTTATAAGTGAGAAAATGTGATATTTGGTTTTCTGTTGCCAAGGATGATGACCTCAAGCTCCATCCATGTTCCTCTGAGGAACATGATCTTGTTCTTTTTTATGGCTGTGTAGTATTTCATGGTGTATATATACCACATTTTCTTTATCCAGTCTACCAATAATGGGCATTTAGACTGATTCCATGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGCAATGAACATACACATGCATATGTCATTATGATAGATCAATTTATATTCCTTTGGGTATATACCCAGTAGTGGGATTACTGGCTCGAATGGGAGTTCTGCTTTTAGCTATTTGGGGAGTCACCATGCTACTTTCCACAATGGTTGTTATTTTTTATTTTAATTTTTTTATTATTTGTCATATTACAAATAAATACAATACTCTCCATCTAGCTTTTTACACTTAATGGTGGCATAGTATCTGATTGTATGAATATTCCATAATTTACTTTTCTATTTTTTTTAATTTTTCAGTAATAGCCATTCTGACTGGTATGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCGTTTCTCTAATGACCAGTGATATTGAGCTTTTTTTCATATGCTTGTTCGCTATGTCTATGTCTTTTTTTGAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTAATGGGTTTGTTTGTGGGTTTTTTTGTAGATTTGTTTGTTTCTTGTAGATTCTGGATATTAGACCTTCAAAGATGCATAGCTTACAAATATTTTCTTCCATTCTGTAGGTTGTTTTTTCACTCTGTTGATAGTTTCTTTAGCTATGCAGAAGTTCTTAAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAATTTTTGATTTTGTTGCAATTGCTTTTGGTATCTTTGTCATGAAATCTTTGCCAATTCCTACGTTCAGAATGGTATTGCCTACGTTGTCTTCCAGGGGTTTTATAGTTTGGGGTTTTACATTTATGTCTTTAATCCATCTTGAGTTAATTTTTGTATATGGTGTAAGGAAAGGGTCCATTTTTAATCTTCTGCATATGGGTAGCCAGTTATCCCAGTACCATTTATTGAATAGGGAGTCCTTTCTCTATTGCTTGTTTTTGTCAGCTTTGTCAAAGATGACATGGTTGTACATGTGCGGCCTTATTTTTGGGCTCTTTATTCTGTTCTGTTGGTCTACATGTCTGTTTTTGTACCAGTACCATGTTGTTTTGGTTACTGTAGCCCTGTAGTATAGTTTGAAGTCAGGTAACATGATGCCTCCAGTGTTCTTCTTTATGCTTGGGATTGCCTTGGCTATTCAGCCTCCTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGATAGTTTTTTCTAGTTCTGTGAAGAATGTCATTTGTGTTTGATAGGAATAGCCTTATATCTGTAAATTGCTTTGCACAGTATGGCGATTGTAATGATACTGATTCTTCCTATCACGGAGAGCATGGAATGTTTTTTCATTTGTTTGTGTCATCTCTGATTCCTTTGAGCAGTGCTTTGTAATTTTCATTGTAGAGAACTTACACCTCCCTGGTTAAAATATTCCTAGGTATTTTAGTCTTTTTTATGGCAATTGTGAATCGGATTGGGTTTCTTATTTGGCTCTTGGCTTGACTGCTGTTGGTGTACAGGAATGCTAGTAATTTTGGTACATTAATTTTTGTATCTTGAAACTTTGCTGAAATTGTTTATCAGCTGAAGAAGCTTTTGGGCAGACTATGGGGTTTTCTAGATATAGAATCATGTCATCTGCAAACAGGGATAGTTTGACTTCCTCTCTTCCTATTTTGATGCCCCTTATTTCTTTCTCTTGCCTGATTGCTCTGGACAGGACTTCCAATACTATGTAGAATAGGAGTGGTGAGAGAGGGCATCCTTATCTTGTGCCGGTTTTCAAGAGGAATGCTTCCAGCTTTTAACAATTGAGTGTGATGTTGGCTGTGAGTAATATATGGCTGTTATTTTGAGGTATGTTTCTTTGATACCTAGTTTATTGAGTGTTCAACATGAAGGAATATTGTATTCTATCAAAAGCTTTTTCTGGATCTGGTGAGATAATCATGTTTTTTTTGTCTTTAGTTCTGTTTCTGTGATGAATCACATTTATTGATTTGCATATGTTGAAACAAACTTGCATCTCAGGGATAAAGCCTAATTGATCATGATGGATTAGTTTTTTATGTGCTTCTGGATTCGATTTGCAAGCATTTTGTTGAGGATTCTTGCATCAATGTTTGTCAAGGATGTTGGCCTGAAGTTTTCTTTTGTGTGTGTGTGTCTCTGGCAAGTTTTCACATCAGGATGATGCTGGCCTCATAAAATGAGTTAGGGAAGAGTCCCCCTTCCTCATTTTTTTTAGAATAGTTTCAGTAGGAATGGTACCAGCTC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Seq C2 exon
CCAGTGCTAAAAGTCTACCAAGATCATAAGCAGCCAGAATACATACATGAACAGAACCGATTTCAGTTAATGACTGCAGGAATCATTAAACGTCCAGTAAGCATAGCAAAAAAAAGTTTTGCCACATCATCTACTCAGTTTCTTGAGCATCAAGATGCTGTGAAAAAAATGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115423:ENST00000237449:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.325 A=NA C2=0.016
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development