HsaINT0050074 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000007174 | DNAH9
Description
dynein, axonemal, heavy chain 9 [Source:HGNC Symbol;Acc:2953]
Coordinates
chr17:11672439-11684491:+
Coord C1 exon
chr17:11672439-11672646
Coord A exon
chr17:11672647-11684325
Coord C2 exon
chr17:11684326-11684491
Length
11679 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGC
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
CCGACTGGCTCTCTCCCCAGCTG
3' ss Score
8.98
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGTGTTTGGTGCACACGAGTGAGACCATCCGTGTGTGCTACTTCATGGAGCGGTTGATGGCGCGGCAGCGGCCTGTCATGCTGGTGGGCACGGCTGGCACTGGCAAGTCGGTGCTGGTGGGAGCTAAGCTGGCCAGCCTTGACCCCGAGGCATACCTGGTGAAAAACGTGCCATTCAACTACTACACCACGTCAGCAATGCTGCAGG
Seq A exon
GTAAGCAGCCCAGGGCACCTGGGGTGGGGGGCATCTGGGTGGCCGTGTCACCTGACACAGAGCTGAAGCCAAGCGTCAGGTGCCTGCCTGACTTGAGTTCTGCATACCCCAGCACTGCGCACTTCCTCCCACACGCCCCTTCTCACCTCTCCCTACACACCTCTTTCTGGCTCCTCCAGCACCCCTTAGCACTGCTTCTGGTCTTTCTTTCTACATTCCTCCCTGGTCTGTTAAATTCCTCAAGAGCAAGGTGTTCAACACAGAGCAGTTCAGCACCTTGATGACAAAGAGAGCTACAAGCCATGGAGAGATTTGCAAGAACTTGCAGACTTCCGGCACTGAAAGTATCTCTAGAGATCATTTAATTCATCTCTCATATGTTATGGGTGGGGAAACTGAGGCTCAGGTAAAAGGATGTGATTGCCCAAAGTCACCACCAAGTGGTGAGGCAGGCATGACACATCTGGTCTGACTCCACCTGGGGCTTGCTTTTCCCCGGTGTTTACACACAGAGCTCCCAAATAGACATGGGCCACCGGTGATGTTTTACCCTTGCCAGAGTCTCTCTCCCCTTAACTCATTTACGACACAGTCTCCTTTTTTATGGAAACAACACATTAACTAAAACAGCTTTGTTTTGGAGAAGCTTCCAAGCCATTCTTCCAACAAAATGAGGGGAGAGGCAGGGCTGGGGAGAAACCCTGTTCTTACTTCCCAAACACCGACAGCCTTGTCCCACTCTGTTACTTGGTCTGAGCTTTCCCAGGTGACACTGCAGTGCCTCCCCACACCTAGATATGAGCTGTTTGCAGCTGGATAAGTTAGGAGCCATAGCTTATAATGTGAAAAGTGAACCTGGCACTCTCGTTATCCGCTACATCACCCAGGCCTTAGGCCAGCAGACTTGCAAAGCAGGCTTCGTGTGCACCACCACTTGCTCTGCCATGACCATTTTACCCAGTCTTTCTGCCATCCCTGCCTGGTGTAAACCAGAGTCAGCCCGCGATGTTGCCTCTGCTGACACTCTGCTTTCCCCAGTGCCCCTGGGGGAATTCTTTCTGCAAAGTTTTGCCAGCTCTTGTAGGATTAGGGTCTAGCCAACTCAAAATGCTGATGGGGGGGAGCACCACCTCTGCTCTCTGCCCCTCAGAGCAGCTAGGTGCCTGGAGCATGTGGACAGAGATTCCGGCTTCCCCCCACCCGCCCTTCGATGGCAGAGACTTCTTCACCTATTTCAAACTCACCTCTAGACTTCATCCACTGCTGAGCCAATCCCAATCCAGCAACTGACTGTAGTTCAGACATGAAAATTAACAAGTAAGACAAAATGAAGCAACAAAGATTTACATCAGAACTTTACTAGTTTGTCAAAGATGTAAACATCTTCTATTCAAGTACTGAAGGAATCGTTCTTCCATTTTTTGTGCTCTTCACAATGTCACAGCAACAAGCATGACATACTTTTAAGTATAATCTGTATTATTAACATTTTCCTTATATTTTCACAAGTCTACAAAACAAATCAAACCCTGGTTTGTGGTGTTTGCCAATTTCCATGGTGTAAATACTCCCACCGTGGCCAATTGTAAGCTACCAATGCAATGTCAGTGAACAAGGAGTCAGGAAGAGATACACAGTAGCACACCATTATAAACATTTCCACTTCACAGATACAATGGATGAAAATAACCTCCAGTATACACATGATAGTAAATGTCATAAAATGTGATGAGTTTTGAATATTTATTACCATGATTTTCAATATAATTTACTTAATTTTAAGTTTATCTATACCTATTTATTTATTTATTTTTGAGATGGAGTTTCACTCTTTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGAGGCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCTTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCAAGACACCCAGCTAATTTTTGGATTTTTAGTGGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCAGCCAGCCTAATTTATTTTTTAATAATGGTCATGTTTAACAACCAGCTTGCACAATTCCCTTGGTTTCAATAATCAGCTCCAATAAACCACTGGCTTAGTCCTTACTCCATGAAGCCTCAATACTATCATATCTTAACCTTCCATCAAGGCCGAAGTCATCACATCAGCACCTGGCAGTGGCCTTAAGCCGACTTCACCTGTCTGGCTAATTTAAATCTTAGCAGTTCGCTGTCTGCCTCATAGAATTCCTCTTTCTTGTTCAAATATGTACCCTTATTTTCAAGCCTTGAGTCCAACAACTGATCAGATTACCAGCTCTGCCCATTTACCTCAATTCTTACTACTGTTACAACTACACTACTACTACTAATAATAATAATAATAGCAACAACAACAACTGACATTTATCAAAGACTTATCAGGAGTGTGAATCTGACTTAGACTTTTACACTTTTCTCTTTTTTTACTTCTTAAATCTTGTACAGCCCTGTGAATAAGAATTTGTATTACCTTCATTTTATACATGAGAAAACTAAGGCACAGAGAAGTTAAACAAGCTACCTTATGACACACAGTAAGTTGGGGAGCCAAGGTTTGACCCCAGAGAGTCTGACTTCAGAGCCTGTGCTCTTAACCACTAGGCTATACTGCTTCCCTGCTAAGAAAATACTTTGAAAGCTGCAATAAATATTCAACATTATTACTATTATCATTAGGAGTACTATTCAAGTATTCCAGAGGAATGTTTTTGTATTTAATTGATTTTCTATTTAAATGATTTTCTATTTAATTTTACTAAATAGAATAATAATTTATTCTAAAATTATTAAAATTAATAATCTAATAAAATTAAACAGAAAAAGTGATTTAATTCTATTAAAGTGGTTTTATAATATTTTTAAAATATCCTTTAAATAGAGGGTAAACATTTGGAAGCAAGGAAGAGAAGATGAGTTTCTCACACTGCCCTGACCTGTCATTCTCACTCTGGATCTCTCACCTAGAGGGCTTTCTCCTTCCCTCCTGTTAGAACACAGAGAATTTCTTTTTTTCTTTCTTGAGACAGAGTCTCGCTCTCTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTAATCTTGGTTCATTGTATCCTCTGCCTCCTAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGTGACTACAAAAAAATCTCAAAATGCTATTAAATAGGGCCGAGATGAAAACTGGCTCTCACTGTAGCTGAGCATTCACCAAAACCCAACACTTTCTGTTTCTTGTTAATTCCCTAATGGCCTCTTGGTAACGTTAGATCTTGAAGCCAACCCTCCTAGCACACTAAGGGATGGAGAAAGCTACTGTTCCATAACCTCTCCTGTCCAGAGGCAACCAGGAATTGGGGAGTCAGCCGAAGCCCAGAGTAGCAGCATATATGTTACAACATTCATGCAATAAAGCTCAGATCCTTAACTCTGAAAAATGCTGTATTCCCTTATGGGAACTTCCTTCCTCTTGCCTTGTTCACAGTGCAAACAATCTTGATTATTTGGGCTTCTTAGCCCAAGACATTTTAAGAGCAACAAAATGGCAGAAGAAAGGGTGTTACCAACGATTTAAAAAGTGACAGCTAGAAACCAGGTATCAAACAGGAATTTGGAGAATCAGCTGAATGTAAGAGAGATGTGTAAACTCAAAAGACAGCTGCTCTAGTATCATTCAATGAAGAGGCAAACTGTTGCACCTCCTTCATGAACCCGTTAACTCATTTTGCAGCCCAGTGTCTTAATCGTTATTTGCACTTGAGACCCTGTGTATTTAAGAAAAAGTTGGATGTGAGGTGGCATAGTCTGCTTGAAAGGACAGTTAGAACACCCAGACAGATGTGCAAATTTATGTTTATAATGTGTCTGTAATGGTAAAAGGGGAGAAACAGCCTAATTGTCTGTATGATAGAATACTAAGCAATGTTGGAAAGAATGAGAAAATTCTGTAGGCACTGAGTTGGAACTATTTCCAAAATTTTGTTGAGTGAGAAAAGGAAGATATAGAACAGTATATATAGCATGCTCCAAACTGTATCTTGTTTAAAAAGAAATATATAAAAATTTACTCACTTATATGATTTTTTAAAATATATATAATATATACACATACACATAATTTATGCTTATATAAAAACTTAGACAATCTCCAGAAGGACACAAAAGAAACACAGACAGCAGTTGTCCCTGGCAAGGGAAACTGACTGGGTGCTGAGGGTGGAATAGAGAATTATTTAAACCTTTTATGTTTAATTATAAAATATTTCAAACATGTACAAAAGTACAGAAAACAATATAACAGATGCCAGTGTAGCACTATCCAGATTTAACAGATGCTAAAGTGTTAGCATTATGCTAAATGGAACTTAGCCTTATGAGTGCAGCTAATAAGTGGGGCGTGGAGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTATCAAAAATACAAAAAAAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGTGCGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTAAACCTGGGAGGTTGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACATCACTGCTCTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGATCCCTGCCACAAAATAAAATAAAATAGAATTAAAAACAAGTACAGCTAATACACCACCCCTGTCGCTCCTTTCTCCTTCCTGCCCCTTATTAACTAGAGTACTAAACTCAATGTGTATCATTACAAGTTTACACTCTTGAAACAAATATGTAGCCATAAAATACATAGTGTTGCATACTTAAACTTTAAATTTGCCATACTAT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Seq C2 exon
CTGTCCTGGAGAAGCCTCTGGAAAAGAAGGCTGGCAGAAACTATGGCCCTCCAGGGAACAAGAAACTCATCTATTTCATTGATGACATGAACATGCCTGAGGTGGATGCCTACGGGACGGTGCAGCCCCACACCATCATCCGGCAGCATCTGGACTATGGCCACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000007174-DNAH9:NM_001372:38
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.054
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127752=AAA_7=FE(25.4=100)
A:
NA
C2:
PF127752=AAA_7=FE(20.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)