MmuINT0051233 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000056752 | Dnahc9
Description
dynein, axonemal, heavy chain 9 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1289279]
Coordinates
chr11:65806206-65818711:-
Coord C1 exon
chr11:65818504-65818711
Coord A exon
chr11:65806372-65818503
Coord C2 exon
chr11:65806206-65806371
Length
12132 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
CTAACTGGATCTCTCCTCAGCTG
3' ss Score
6.43
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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AACACACCCACCTCTAGACTCCCTCATGTCCTTTGATAATCCTTTACTGTCTCTCTTTCCACCCTGCCCTATGCCAGACATCCACCAATCTTCCTTCAGAGCTGATGAGTTTGTATCGTCGATTATTTTATAGACCAAAATAGCATATATGCTCCTTTTTATGTTTGTCTCCTCACTCAGCTGCATTTTAGAATAATCCATGTTATTCAATGTCAATACTTCATTTTTTTCACTCTTGAATAAAATTTGTAAATCACTCCAGATGACTCCTAACACACAACTGCTTAGTAGGGGGAATCTATTATTATAATAATATTAACAAAAATGTCTGTCAAAGTTAAGAGTCTACATTATACCATCCTTCATAAGCCACAGCTGCCAGAATCAAAAGAGCATAAACGATTTTTTCTTACTTAACAAAGAAGCCAAACAAAAATATACATCTTGTTTTAAAAAAAAAAAGCTAATATTTTTGGAAGAGATGTTTTTGCTTTGAAATAAGAAATAACCCCACCTCACAGGCTAATCCCAAGGGATCTCAGGAACATTTTGCAGCTCACACATTGTTCTAGTCCAGCAAATGCTTTTTTGCTCCACATCAGAAGCTCTTGTATAGAGAAGGCAGCTGCTGACTGTACCTGCCTCTCTTCTCTCTCAAGGCATCCAGTTCTGGACTCTCCATTGAGTCCTCTTCAAAGTGACTGAAATGCAAATGAGGAATGTGCTTCAGGCCTTTCCGCAGCTCACATAGATGTATAGACAGCACAAATTCAATGTTAATGTGGTCAGCCTTATGCTAAGAACTCCATCTGTTCCCTCTTTAGTTTACTTAATCCCCCAGCCCATCCTGTAATGGATTACTTTATTGGTAATGCTTTTGGTTGTAAGTAGCAGAAAAACTAATGTTGGTAGCATAGAAAATACATACACACCAGCAAGTACAAAGTAAACAATTACAAACTCTAGACCCATTGTTTAATGACACCAGTATTAAATATTTGTTATTCCCTTGGTTTATCATTCAAGATGACTGAATGACTTCTGCTTCATCCATTATATTTTCATTCCAAAGAGGGCAACATAGCTGCAGTAAGTGAATCAAAACAGGCTATATACTGGGCTTTATGGGGCAACCCAATATAGATGGATACATGCATAGATGTGGAATGGATTCATGGCTGGGTAGGTAGATGGGCAGAACACTCGAGAATATCATAGGTTTGTACATGTGTCTCATTCTTCACACTATGGTCACCCCAGCTAGAAAGCATCAAAAGAGCCATTAAAAGAGTCACAGCTCTGATGGTGACTTTCTTTCTCATAAGATGAGCACATAAGACTTAGGGTTTTAAATGTGTCTCTTGTCAGAGTTAATGGCAAAGTCGCCTGATTTTATCAAACTATATAACCCTTCAATTGTGATACCCTGTAAGGCATGCATCTTTATCTTCATAGTAGAATGCCTGGAGTGTGCTCATATCTTCCTCTTTGACTGACTATAACAGGACCTCCCTTCATCCCTTAAGAAGCTGCTCTCCCTTCCATGCACAGCCATGCTGGCAAGGCTACAGCTATCGCTGAGGTCTCTGATCTCCAGCCCACCAGACTCTTCACAAACCAGGTGTATAGTTTTACCTCCTTTTGCTAAACAAGTGGTTTATCCTTGGGGTCTGTTGCAGGTCACTATGATGAAAGCTCATCTTAGCTTTATTTTAATATCTTCTCTGTTGAAGACCATTGTATAGCCTGATATCTCCGTTGTGAATAACTATGACCTATACCTTCAAGAATTTGTCACCTGAAACAAGTTTTCATTTAGAAGAGGTGGGATTATCCTGCTAATCTAAGAAGTTGTGGTTACTGGAATTAAACAGAGAGCTTTCAAAAAGGTGGTTCATAAAGGCAAATGTGAGATAAGTATCATGGGTTATAATAACTATGTCATCTTAGATTACTGTGACAAATATCTCTCTTTCCAAATCCCTTTGTGGTCCCTTTTGGTCTTTGGTTTCATAGATTTGTTTCCCTGTCTCCCCCATTTGCTCTCTTCTCATTCTTTTTGAAAATGTGAATATGTTTTTAATTTTTTTTAGTTCTAAACCATATCAATAATCACTTTAATTGTCAGTGCTCTAAATATATCAGTTAAAAGAAGATTGTCAAAATGAATTTAAAAAATTAAAAAAAAAACAAGACCTAATTATATGTTATTTAAATACAAACCCTCTCAACTGGGCATGGTGGCACTTGTTAACCATAGCCAAAAAGAAACTAGAGTAGTCATTTTTGCTTCAGATGAGATGTGAATAAGTTTTTAAAATAATAATAATAAAATAATGCAAAGAGCCAGAGACTGACCACGACAGAAAAGGGGGAGGAAAGCACTTGGTGAAGGTCGATGGACTCAGAAGGAGCTGACTGGCTGACCCTCGTGCTCATGATAACCCTGTATTCCCTTGTCGTCTGACTGAGATTTGAATTATTAGTTTAACAAATACTTTAGTGCTTAATTGTACTAATTAAAGAGGAAGTCAGTTGTCTGAAAGTGTAAGATGAGTCTCTGTAACCTGCCCATTAAAACTTAAGGTTACTGGTTACCTTCAAAGGTCTACACAAATATCTGGCTCAAAGGAGTATTGTGCTTACACTGCTATAGGTAGATGGCTTTCTTTACTCAACATCTTCCTAAAGGGAAAATGACACAAATTAATGCTAGGTCCTCTGCAATTCATCATCTAGTGAGCAAGAATTCAGCTTGGAATTTTAGGTGACTGAAAGCACAGTGAAACTGTGAATCCCACCTTCAGACAACAGAAAAGTCATCCCATAAATTATGAAGCATAGCACAGCCACGCAACCATTAAAATCATGCTTTAATCAAATCTTTATTATCAGATGGAGAAATTTGCCATGGAACCAGACATGATGGCTCACATTTTCAATCCCAGCCCTCCAGAAGTTGAGGCAGGAGGCTTTTTAGTTTAAGGCAAACCTGCATTTTATACTGAGATTCTGTTGCCAAAAAACCTGATAATAAGAATTATATAATATATTAAATGAGAACTGATATATATGTATATATATAAGCAATATGTTCAGAATGATTATGATTTGTAGAGATTTAAAAATCTAATAAAAACTAGTATCTCGAATAAAGCACAGGACACAAGAATTTTGAAGGAATTGCTAACTGCTAGGTGAAAAAATTTTGGTCAATTGTCACTTTCATCACTGTGAATTTTTATGCATTCTAATCTTTCCAGAATGAATATGTATGATTTTTATAGTCATGCAAACCAAGCTATTTCTTGAAAGAATACATCAAAAGACCTTACAGATACAACCAAAAAGTTTTAACATATGAAAAACTTAAATAATCTGAAAGGAAAATAGTTCAAACACAAGTACACAAATCATGCGATTGCAAGGAACGCCATGATTAATTATTGATGCTATCTATAAAAGATAGGGAGCAGGCAATGAGCTGAGAATTTCTAAAGGCAGAAAGCAGATTAGAGGCCTGCACAGTCTTGGTTGGCAGCTGTGGTTTCCTGAGAGTCTGCAACTGAGCAGACTTGAGGTAAAGCCCTTGCTTTGCCTCTTTGTAGTCATTTGATCTTGTAAAAACCTCTTGATTTTTCTAAAGTTCAGTCTTCTCTTCTGAAATAATTTTTAGAGGTAATGACAGTTCGTGGGGTGGAGGTCTAAGAATAATCAGTAACACAGTGCATGTCAACTGCTCACCACAGCAAGTCTCTGGCATACCATATGGATGCGTGGATGTATCACTCTTGAATCTAGATACTGGAGAACCAGAATGGTCAGGAACAACCCAGAGAGGCTGGGGATGAAGGCACAAGGTCTCACTCACTCACTCAGTGTGATAGCTAATATTTATTGTGAAATTGACAAAATATAGAATTACCAAAACCACAAACATCTAGACATATCTATGAGGTATTTTCTAGAATTGTTAACTTAGGTAGGACAACCCACCCTCAACATGAAAGGCGCTTTTTATTCAGGCTTGGGTCTTGACCTGAATAAAAAGGAAAACTAAATTCACCTCTCTCTGCTTCCTGAAAATGCTTGCAATGGACCAACTACTTTCTGCCTCCTTTGCCATGATGGACTAGACTCTCAAACTTTTCCATCAAGTAGTTTGTTAGAGTAATCAGAAAAGTCACTCCCATGTCCAGTGAGGAAAAATAAATGGGATCAATAGCTAAAGATCTAGATTCTGGTTTCAACAAGTAGCATACCCTGCCTTGCTTAACTCCTGTGCCTTTAACTCCAATTGCATTTGCAGTTTCTCAGGGCTTGTTATAATATATTCATCCATCCCTCAACTGAATAAACAATTCCTAAGCATTCTTCTGTGTGCTAAAGAATGTGTTAGAAAAAAGCAAAATAATCTCTGTCCTCGTGTTTGTTATCTCACCCGCTCTTAGATAGGAGAATCTAAGCTCCTGAGGGTAGGAATTTCTAAATAGTTACGAGTGTTAAAAAAAAAAAAAAGAGGTAGGGAAAAGATAAGGTCTTAGGGTTTTACTGCTGTGAACAGATACCATGACCAAGGCAAGACTTATAAGGACAACATTTCATTGGGGCTGGCTTGCAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATTATCATCACACTGGGAACATGGTGGCATCCAGGCAGGCATGGTGCAGGAGAAGCGAGCCTTCTACATCTTCTGAAGGCTGCTTACAGAATACTGGCTTCCAGGCAGCTAGGACTATGGTACTAAAACCCACTCCCACAGTGGCACACCTACTTCAGTAAGGCCACACCTACTCCAACAAGACCATACCTCCAAATAGTGCCACTCCCTGGGCCAAGCATATAGAAACCATCACAGATAGGGTCTCTTAATTAGAGTACCGAGAAAGTCTTACTGGGCAAGGGGCATATCTGGGTAAATAAATGAGGAAGCAAAGTAGGCTGGCATCTGGAAGACACAGACATGAGGCATAGGAAACAGCC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Seq C2 exon
CTGTCTTGGAGAAACCTCTAGAAAAGAAAGCTGGCAGGAATTATGGCCCTCCAGGCAACAGGAAACTCATCTATTTCATCGATGACATGAATATGCCCGAGGTGGATGCCTATGGCACAGTACAGCCCCACACTGTCATCAGGCAGCACCTAGACTATGGCCACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000056752-Dnahc9:NM_001099633:38
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.065
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127752=AAA_7=PU(24.8=98.5)
A:
NA
C2:
PF127752=AAA_7=FE(20.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: