HsaINT1011606 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000007174 | DNAH9
Description
dynein axonemal heavy chain 9 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2953]
Coordinates
chr17:11769122-11781174:+
Coord C1 exon
chr17:11769122-11769329
Coord A exon
chr17:11769330-11781008
Coord C2 exon
chr17:11781009-11781174
Length
11679 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGC
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
CCGACTGGCTCTCTCCCCAGCTG
3' ss Score
8.98
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGTCCTGGAGAAGCCTCTGGAAAAGAAGGCTGGCAGAAACTATGGCCCTCCAGGGAACAAGAAACTCATCTATTTCATTGATGACATGAACATGCCTGAGGTGGATGCCTACGGGACGGTGCAGCCCCACACCATCATCCGGCAGCATCTGGACTATGGCCACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000007174:ENST00000262442:38
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.054
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127752=AAA_7=FE(25.4=100)
A:
NA
C2:
PF127752=AAA_7=FE(20.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains